纽约(基因组网)-快速全基因组测序已经被用于诊断危重婴儿但这种方法的成本仍然很高。作为一种潜在的替代方案，GeneDx最近在其诊断实验室实施了一种名为XomeDxXpress的快速外显子组测序测试。
上周，在坦帕举行的美国医学遗传学和基因组学学院年会上，GeneDx整个外显子组测序项目的负责人简·尤索拉(Jane Juusola)介绍了前100例病例的结果。
分析表明，这种平均在5天内提供初步结果的测试具有相当大的临床效用:47%的患者接受了明确的分子诊断，这在许多情况下导致了医疗护理或管理的变化，避免了额外的诊断测试，并促进了计划生育。GeneDx目前正在与供应商合作研究该测试对整体医疗成本的影响，该测试的定价比标准外显子组测试高出50%左右。
该测试分析了患者-父母三人组的外显子，并需要临床信息，适用于可能受益于快速遗传诊断的患者，特别是重症监护室的儿科患者。
Juusola告诉GenomeWeb:“在新生儿重症监护室或PICU的情况下，医生和家庭正在寻找答案，需要为病情严重的孩子及时做出决定。”“他们越快得到诊断或排除某些疾病，就能越早实施治疗决定，从而使孩子不再住在昂贵的重症监护室。”
她说，快速外显子组测序需要与订购医生密切协调，这样当样本到达时，就可以尽快对它们进行测序和分析。
她说，实际测试与GeneDx提供的标准外显子组测序测试相同，但在工作流程的每一步都优先考虑快速外显子组样本。
在对外显子组数据进行临床回顾后，明确的诊断结果以及56个acmg推荐基因的次要发现将在5 - 7天内口头报告给医生。随后是可报告的变异的桑格确认和进一步的医学审查，并在14至16天内发布最终报告。
到目前为止，GeneDx已经完成了大约150例快速外显子组病例，Juusola上周报告了前100例的结果。
患者年龄从2天到17岁不等，但绝大多数小于2岁，一半的患者小于1岁。29例患者来自近亲家庭。
大约一半的患者，主要临床指征是多发性先天性异常。其他包括心血管、免疫、神经和血液学问题。
许多家庭寻求快速诊断结果，因为患者病情严重，在新生儿或儿科重症监护室治疗。还有一些是国际患者，他们只在美国呆了一段时间，希望在回家之前得到结果。一些家庭既有受感染的孩子，也有正在怀孕的孩子，他们希望得到快速诊断，以便能够对怀孕做出决定。其他人则需要决定是否进行干细胞或器官移植，在这些方面，基因诊断将会有所帮助。
对于47%的患者，快速外显子组提供了明确的诊断，基于已知的致病变异与其表型相关。在另外25%的测试中，该测试在可能与其表型相关的基因中发现了未知意义的变异，而在8%的测试中，该测试检测到先前与疾病无关的候选基因中的变异。对于20%的患者，没有检测到可能与他们的表型相关的变异。
在确诊病例中，常染色体隐性遗传病24例，常染色体隐性遗传病20例新创常染色体显性疾病，3例遗传性常染色体显性疾病，3例x连锁疾病。其中3例患者接受了两次单独的分子诊断，没有患者出现二次发现。
快速外显子组检测的诊断率接近50%，比标准外显子组检测的诊断率高得多，标准外显子组检测在GeneDx检测的病例中提供了约30%的诊断。根据Juusola的说法，有几个原因:首先，快速外显子组被用作一线测试，而接受常规外显子组测试的患者通常有显著的先前诊断检查。然而，她说，实验室在快速外显子组中没有发现很多“低垂的果实”，这意味着可以通过单基因测试或基因组检测到的突变。
与标准外显子组相比，家庭三组方法可能也提高了诊断率，标准外显子组有时只分析患者的DNA。
快速外显子组检测的初始口头结果的周转时间为3天至10天，平均为5天，而书面报告则在4至18天内发布，平均为10天。
较长的时间有时与技术问题有关。Juusola说，例如，一份报告迟到了，因为生物信息学管道在周末更新了，而在另一份报告中，样本失败了，需要重新测序。此外，有时需要一段时间来确认最终报告的拷贝数变体。
结果对患者及其家属产生了多方面的影响。在GeneDx可获得随访数据的58名患者中，22名患者改变了医疗护理，25名患者避免了额外的诊断检查，12名患者讨论了姑息治疗。在28个病例中，结果促进了携带者检测和未来怀孕的规划。
为了说明该测试的临床应用，Juusola介绍了两个患者案例。在一名新生儿患者中，该测试发现了BRAT1基因的纯合突变，这导致了致命的新生儿刚性多局灶性癫痫综合征的诊断。这导致取消了预定的肌肉活检，并允许婴儿提前离开医院，在家开始临终关怀。这家人还接受了关于复发风险的遗传咨询，将来可以选择产前检测。
在第二个病例中，一名儿科患者接受了双重诊断:Wiedemann-Steiner综合征和Niemann-Pick C综合征，基于NPC1基因和a的复合杂合突变新创KMT2A基因突变。因此，该家庭能够考虑使用一种已被许多国家批准用于治疗鼻咽癌的药物进行治疗，并参加另一种药物的临床试验。它还接受了计划生育方面的遗传咨询，并能够让一个哥哥接受这种疾病的检测，这种疾病有时只在较晚的年龄才会出现症状。
展望未来，将需要研究来证明快速外显子组检测不仅具有临床效用，而且具有成本效益。Juusola告诉基因组网，在一些情况下，这种测试避免了侵入性手术，使患者可以比其他方法更快地离开重症监护病房，从而节省了资金。
她说:“我们现在正在与临床医生合作，收集详细数据，以证实我们的观察结果。”她补充说，该公司有兴趣与供应商合作，对快速外显子组检测如何影响整体医疗成本进行前瞻性和回顾性研究。
她说，目前，这项测试是重症监护室病人护理的一部分，由所谓的诊断相关组(DRG)代码覆盖，而不是作为一个单独的项目向保险公司收费。
GeneDx是实施快速诊断基因检测的几个地方之一。堪萨斯城儿童慈善医院的研究人员2012年率先进行快速基因组测序但这种测试的周转时间可能只有26个小时，成本仍然很高最近估计每个样本大约八千美元．此外，贝勒医学院(Baylor College of Medicine)去年报告称，其诊断实验室已经有了实现了“闪电外显子组”测试，周转时间不到三天。