纽约-基因组检测初创公司GeneMe正在将增强型等温分子诊断技术应用于COVID-19的即时检测。这家总部位于波兰格但斯克的公司声称，其无萃取环介导等温扩增(LAMP)测试的检测上限为每毫升20个病毒拷贝，使其成为世界上最敏感的分子检测方法之一。
该公司目前正与维珍航空公司合作，对机组人员进行快速测试，并计划采用基于pcr的快速唾液测试来开发自动化自测亭。本周，GeneMe从天使投资者那里获得了520万欧元(合700万美元)的种子基金。最近也是合作与冻干公司Biolyph合作，以支持进一步扩大其测试规模。
GeneMe目前商业化的检测方法被称为FRANKD，是用于COVID-19检测的快速、可靠、准确的核酸检测试剂盒的首字母缩写。该测试使用在标准热循环器上孵育的口咽拭子样本，并配合英国Yoti公司的数字健康应用程序，大约30分钟内将结果发送到手机。
FRANKD的核心vwin德赢ac米兰合作技术是标准RT-LAMP化学技术，通过修改酶促反应得到增强。具体来说，该公司用一种蛋白质修饰聚合酶，以提高反应的速度和准确性。
在一次采访中，负责协调GeneMe商业化的咨询公司NextD的创始人科林·布朗(Colin Brown)指出，苏格兰国家卫生服务机构(National Health Service of Scotland)对FRANKD检测方法的分析评估显示，该检测方法每毫升检测出的病毒拷贝数限制为20份。
该公司还在开发一种称为鼠尾草扩增病毒检测(SAVD)的检测方法，这是一种基于唾液的检测，使用快速RT-PCR。布朗指出，对该测试的评估显示，它的LoD为每毫升2份。
布朗说，GeneMe还在开发一种名为“流感COVID有效检测”(ICED)的测试系统，用于多种SARS-CoV-2和流感评估。
对于FRANKD RT-LAMP测试，GeneMe最近加入了一个名为gLAMP的全球合作小组，该小组正在对基于lamp的SARS-CoV-2测试进行故障排除。
威尔康奈尔医学院(Weill Cornell Medicine)的基因组学研究员、gLAMP的创始人之一克里斯·梅森(Chris Mason)在一封电子邮件中证实，GeneMe报告的LoD将与基于实验室的PCR检测水平相当。
“这个LoD，如果得到证实，是相当令人印象深刻的，”梅森说。“如果他们真的每微升有0.002份，或每毫升有2份，那么这代表了市场上最好的lod之一，”他还说。
然而，梅森也指出，a自然生物技术vwin德赢ac米兰合作他参与撰写的研究证明了当其他人使用测试时，报告的LoD与实际检出限之间的差异。他说，这种变化可能是一到两个数量级，而目前市场上测试的lod总体上的对数差异为5到6倍。
GeneMe的Brown意识到了这些问题，并引用了最近美国食品和药物管理局的数据小组评价，在核酸扩增试验(NAAT)检测单位(ndu)中报道。
Brown说:“对于相同的测试，制造商公布的每毫升LoD拷贝数和FDA的每毫升LoD NDU衍生值可能存在相当大的差异。”
例如，“雅培的ID NOW LoD由制造商公布是每毫升125拷贝，但当FDA用他们自己的试剂进行测试时，他们得出的LoD为每毫升30万NDU，”而另一项对同一测试的独立评估显示，它的LoD为每毫升2万拷贝，他说。
因此，在整个行业中，似乎在缺乏校准的参考标准的情况下，“‘真正的’LOD值在哪里是有争议的，”Brown说。他说:“FDA的‘每毫升NDU’LoD单位并没有特别回答这个问题，只是允许在测试之间进行更可靠的公平比较。”自然生物技术研究。
也就是说，也有其他令人惊讶的检测极限的报告lamp的测试SARS-CoV-2。例如，哈佛医学院的一个团队利用RT-LAMP和一种被称为“玻璃牛奶”的萃取化学物质，最近在《科学》杂志上报道PNASLoD低至每微升1个病毒RNA拷贝，也就是说每毫升1000个拷贝。
最近的一份报告medRxiv描述了对Bst酶的修改，旨在降低基于lamp的SARS-CoV-2检测的LoD。德克萨斯大学奥斯汀分校的研究小组报告说，增加融合域可以将LoD提高到每3微升50个拷贝。并且，如中所述bioRxivUT团队开发了一种用于检测唾液中的SARS-CoV-2的多重测试，可以使用端点荧光可靠地在样品中发出低至10个基因组RNA拷贝的信号。
但是，LoD与预分析问题相互作用以影响敏感性和特异性的方式在现实世界中有点像一个黑盒。一种可以检测到少量病毒颗粒的测试可能是高度敏感的，但采样和工作流程也很重要。
例如，GeneMe指出FRANKD测试的灵敏度为97%，特异性为100%，尽管据称它的LoD比几乎所有的金标准PCR测试都要低。
核心技术，未来方向
GeneMe的首席技术官Kasjan Szemvwin德赢ac米兰合作iako表示，该公司的核心技术也可以应用于其他类型的基因分析。VWIN娱乐网站他说:“我们已经开发了自己的聚合酶，这些酶用于细菌、病毒或我们自己的DNA的所有遗传诊断。”
Szemiako说，这种聚合酶在检测单个突变时“提供了非常高的特异性和敏感性”，并与一种名为NeqSSB从Nanoarchaeum equitans能与双链和单链DNA结合并使聚合酶附着在目标核酸上的古细菌。他说:“它升级了聚合酶的特异性和递进性，这意味着我们很快就能得到结果。”
GeneMe已申请国际专利对于这个方法。
Szemiako说，GeneMe在3月份迅速调整了其技术，通过添加逆转录酶并使其适vwin德赢ac米兰合作用于RNA来满足COVID-19检测需求。该公司正在从不同的供应商采购任何非内部生产的LAMP试剂，尽管它没有使用共同的LAMP试剂来源New England Biolabs。布朗说，到目前为止，GeneMe还没有与LAMP技术的开发商艾肯化学公司就许可证问题进行谈判。vwin德赢ac米兰合作
布朗说，该公司在7月份向FDA提交了FRANKD测试以获得紧急使用授权，但迄今为止没有取得太大进展。尽管FDA已经呼吁进行更多的即时检测，但布朗将这一延迟归因于GeneMe是一个“弱者”，而不是一个成熟的“大型制药公司”。
他说:“我们是波兰的一家小公司，但我们已经生产了世界上最准确的两种COVID-19检测方法。”
该公司的FRANKD测试目前被用于测试维珍航空公司在伦敦希思罗机场的机组人员。
具体来说，它用于前往亚洲某些国家的航线，在这些国家，船员在抵达时接受检测，如果检测呈阳性，他们必须隔离两周。布朗说，在大流行的早些时候，“他们的机组人员已经不多了”，因为该航空公司基本上几周都不能让机组人员回来。
英国现在也推出了由合作者运行的“测试和释放”计划歌集团以及瑞士空港，布朗说，将机场测试扩大到停车场的旅客和其他机场。
布朗说，FRANKD测试套件可以在各种仪器上运行，但GeneMe还创建了一个小型等温测试仪器，只有午餐盒大小，制造成本为250美元。
该公司正在为SAVD开发一种类似于ATM机的大规模测试仪器，预计将于3月底推出。
该机器将包含并行执行19项测试的设备。他说，这个测试亭理论上可以用于机场或医院，在18个小时内处理5000个唾液样本，旅行者或游客可以下载一个应用程序，将样本投入测试机器，30分钟后就能在智能手机上得到测试结果。
布朗说:“我们对未来的愿景是，它在医院之外，但充满了一系列不同的测试。”
在唾液测试中，该团队正在调整SalivaDirect测试耶鲁大学为COVID-19测试制定的协议。
耶鲁大学研究SalivaDirect的安妮·威利(Anne wylie)评论说:“基于lamp的测试是改进PCR测试的一种极好的方法，因为它可以更快，在某些情况下可以使用更简单的机器。”
威利说，GeneMe为耶鲁大学的团队提供了一些FRANKD测试，尽管目前还没有正式的合作，也没有足够的带宽来评估它们。威利还说，耶鲁大学团队已经授权26个州的56个实验室进行SalivaDirect测试，目前正在努力连接更多的PCR仪器、功能等效步骤、自动化、更多的唾液收集设备、家庭收集和训练有素的观察。
Brown说，在未来，GeneMe计划使用其技术再进行240次检测，目前已经开发了40次。vwin德赢ac米兰合作其中包括更多的传染病测试，以及肿瘤学和健康测试。
总的来说，SARS-CoV-2大流行似乎有可能在一段时间内改变诊断检测的格局。耶鲁大学的威利说:“看到不同技术的快速发展，这是令人难以置信的，这些技术可能会永远地改变公共卫生的未来，使之变得更好。”
布朗表示同意。在诊断方面，“COVID完全改变了社会和科学规范，”他说。“我们发现我们的最佳点是高度准确，但速度快。”