纽约——某一基因变异对一个实验室的意义可能与对另一个实验室的意义不一样，这就需要基因咨询师来进行解释。
在今年的全国遗传咨询师协会年会上，德克萨斯大学西南医学中心的遗传咨询师Brian Reys展示了他和同事Sayoni Lahiri进行的一项关于差异变异分类的调查数据。大多数——大约88%-基因咨询师受访者表示，他们评估了他们收到的差异变异呼叫的实验室结果。90%的人说他们检查了所有意义不确定的变异，43.5%的人说他们检查了所有阳性结果，47.5%的人说他们检查了如果分类与患者的表现型不一致。
这些分类上的差异甚至在美国医学遗传学和基因组学学院、分子病理学协会和美国病理学家学院之后仍然存在2015年发布指导意见用于解释和评估对变异进行分类的证据，并为这些分类建立标准术语:致病性或可能致病性变异、意义不确定的变异和良性或可能良性变异。
正如Lahiri所补充的，“在这些指导方针中有很大的主观空间。”
但是，虽然差异变异分类不一定是每天都会遇到的，但大多数遗传咨询师确实会遇到它们，而且它们会影响患者的护理。此外，还作出努力，不仅改进不同的解释，而且鼓励分享不同的分类。
不常见，也不罕见
最近的一项分析检查了ClinVar数据库中生殖系变种分类的一致性，该数据库是实验室提交变种解释的数据库，许多遗传顾问求助于该数据库来衡量共识。
分析发现，实验室可能会就大多数变种的分类达成一致。纸,出现在医学遗传学2017年来自Invitae研究人员的研究发现，在数据库中，81%的人对致病性完全一致，89.3%的人对变异的致病性一致。
他们发现，差异更有可能影响旧的分类。对于2014年以后多次提交的变体，98.4%的变体具有多数一致意见，97.2%的变体具有完全一致意见。
阿拉巴马大学伯明翰分校的遗传顾问、“我的基因顾问”的遗传临床操作主任梅根·法默说，她说这些结果让她放心。她说:“这表明，临床检测实验室最近的变异分类在许多临床领域确实具有很高的总体一致性，特别是在遗传癌症方面，这是我的临床专业领域。”
然而，共识因临床区域而异，遗传癌症的多数共识率最高，而心脏病和代谢疾病的多数共识率最低。
但大多数基因咨询师在他们的职业生涯中确实会遇到不同的解读。一项调查显示报道医学遗传学2019年她和同事们发现，约有三分之二的受访者表示，他们在某一时刻得出了与测试实验室不同的关于变异分类的结论。但许多人表示这是不常见的情况——78%的受访者说这很罕见，19%的人说不经常发生。
然而，德克萨斯大学西南分校的Reys说，遇到这种差异的不同解释可能会影响临床决策。他补充说:“作为一名临床医生，任何影响你向患者提出建议的不一致都是一件大事。”“在一个由6名基因顾问组成的团队中，他们每年要接待6000多名患者，即使只有1%的时间发生的事情也会真正繁殖。”
这些分类上的差异可能引发伦理问题，例如，如果具有相同变体的患者的治疗方式不同。德克萨斯大学西南分校的Lahiri说:“当你根据检测报告，有一个病人的结果是致病的，那么你可能有另一个病人的结果是不确定的。”“所以，你就会有这样的冲突，哪一种解释是正确的?我该如何管理这些病人?当他们有完全相同的发现时，给他们不同的建议合乎道德吗?”
休斯顿大学健康中心(UTHealth Houston)的基因顾问阿尔蒂·拉姆丹尼(Aarti Ramdaney)讲述了一个案例发表在医学遗传学2018年其中一个差异变体可能会影响病人的护理和决策。
一名接受携带者筛查的孕妇被告知，她是贝克尔肌肉萎缩症(一种x染色体相关疾病)可能致病变异的携带者。因为胎儿是男性，她有50%的风险怀孕。
但当Ramdaney和她的同事深入研究这种变异时，他们注意到了不一致的地方。在联系报告实验室后，他们发现文献中的两个受影响的个体实际上是同一个人。此外，当Ramdaney与另一个实验室交谈时，她被告知该实验室会对这种变异进行不同的分类。
Ramdaney说:“要想具有致病性，理想情况下，它的致病性应该高于90%的阈值，即该变异是真正致病的。”“我想这就是为什么我对这个实验室对这种变异的分类方式如此惊讶。我真的感觉不到这一点。”
Ramdaney后来了解到，实验室将这种变种重新归类为VUS，但那时，这个孩子已经3岁了。
她补充说，差异变异分类可能在产前领域特别麻烦，因为临床医生可能利用较少的生理线索来支持他们对变异的解释。她说，在这种情况下，这对夫妇本可以“决定进行产前诊断，或者如果他们改变了管理计划，情况就完全不同了。”
努力解决
虽然像ClinVar和ClinGen这样的数据库已经帮助收集了对变异的不同解释以及变异与表型之间的关系，ACMG、AMP和CAP的指南也帮助了对变异的解释，但仍然可以进行改进。
在盖辛格的韦恩进行的一项调查中，遗传顾问说，改进的实验室报告和增加向ClinVar等数据库提交的实验室报告可能有助于支持变异解释。UTHealth Houston的Ramdaney进一步指出，虽然实验室向数据库共享数据，但并不总是一致或实时的。
“我绝对支持百分之百负责任的数据共享，”韦恩补充道。
德克萨斯大学西南分校的Lahiri表示，如果实验室之间相互合作，很多差异的变异分类问题都可以得到解决。他补充说，研究表明，当实验室之间相互沟通时，绝大多数差异结果都可以得到解决。她说:“当这些实验室聚在一起时，他们能够通过讨论和分享他们的内部数据来解决许多差异。”
Rachid Karam是Ambry Genetics公司转化和临床研究的研发主任，他说有这样的举措，他是ClinGen公司CDH1基因(导致乳腺癌和胃癌的基因)变异解释委员会的联合主席。在会议期间，来自不同实验室的人交换数据，试图就该基因的差异变异解释达成一致。
“但你可以想象，这是一个具有挑战性的项目，因为它是志愿者工作，”卡拉姆说。“我们每个月见一次面，变异的数量是巨大的，而我们谈论的是一个基因。”
与此同时，管理不同解释的准则可以得到改进。“ACMG/AMP指南是向前迈出的非常重要的一步，”Wain说。但她补充说，它们只是一个起点，并指出它们已经适应了不同的基因或各种特定疾病的考虑。
她说:“最初的指导方针并不是每一个组成部分都完美地适用于所有情况。”
卡拉姆也专注于改进变异分类，通过折叠额外的数据和证据级别。
他指出，Ambry的CancerNext RNAinsight测试包括DNA和RNA分析，这可以提供额外的一层支持证据，证明变异是致病的。例如，如果DNA结果显示变异影响RNA剪接，RNA分析将提供进一步的数据，以确定它是否影响RNA剪接。“很多时候，”他说，“这会把分类”推到一个或另一个类别。
卡拉姆和他的同事也在使用基于crispr的方法来确定某些变体的影响，以开发一个目录，当患者携带该变体时可以查询。他们报道本周在美国人类基因杂志抽搐他和华盛顿大学(University of Washington)的同事们研究了这样的数据是否有助于解决意义不确定的变量。使用BRCA1、TP53和PTEN中的VUS作为测试案例，他们发现复用功能数据可以重新分类BRCA1中近一半的VUS, TP53中69%，PTEN中15%。
但卡拉姆指出，虽然这些努力可能会改善变异分类，但如果其他实验室没有采取类似的步骤，它们也可能导致分类的差异。
目前，处理差异变异解释的工作落在遗传顾问的肩上。作为她调查的一部分，Wain评估了遗传咨询师是否对不同假设的患者情况做出了恰当的反应，她发现遗传咨询师通常正确地应用了证据。
一般来说，正如德克萨斯大学西南分校的Reys和Lahiri所做的调查所发现的那样，大多数遗传顾问(87%)求助于ClinVar这样的公共数据库来评估变异，62%联系报告实验室，这些发现与Wain之前的分析发现相似。
Wain说她的发现表明变异解释是遗传咨询师临床实践的一个关键部分，他们应该承认他们在变异解释方面的专业知识。她说，她的意思是，当基因咨询师是一个多学科团队的一员时——尤其是当他们可能是在场的唯一遗传学专业人员——当解释中出现错误或解释中的细微差别被忽视时，他们应该站出来说话。
她说:“这就是我认为我们认识到这种做法以及遗传顾问如何将这种专业知识引入临床团队非常重要的原因之一。”
卡拉姆补充说，他乐观地认为，变种分类的差异最终将得到解决。“我相信最终我们会有足够的数据来对大多数变种进行分类，”他说。“我们正处于基因检测的初级阶段。”