纽约——罕见遗传疾病诊断公司Praxis Genomics希望通过Bionano Genomics光学基因组图谱和测序数据的结合，解决那些经过多次分子检测仍未确诊的患者的问题。
这家位于亚特兰大的初创公司由分子病理学家彼得·纳吉(Peter Nagy)于一年前创立，并于7月初投入运营。
Nagy是该公司的首席医疗官和实验室主任，他在哥伦比亚大学医学中心个性化基因组医学实验室和MNG实验室(去年被美国实验室公司收购)任职，拥有丰富的临床基因组测试开发经验。
例如，在哥伦比亚大学，他帮助启动了一项针对遗传性遗传疾病的外显子组测序测试2013年，然后是癌症的外显子组和转录组联合测试第二年．在MNG，他也参与其中启动了几项基因组测试包括转录组和甲基组分析，以提高罕见遗传性神经疾病的诊断。
随着新型基因技术的出现，特别是Bionano的光学测绘平台，他看到了一个独立创业的机会，并成立了一家公司，他希望能够为50%左右的罕见遗传疾病患者服务，这些患者尽管通过经典细胞遗传学、微阵列、基因面板和外显子组或基因组测序进行了广泛的测试，但仍未能获得分子诊断。
纳吉说，在大多数情况下，大型诊断实验室不为患者提供这种尖端技术，因为他们不愿意采用这种技术。vwin德赢ac米兰合作原因包括缺乏补偿或分离长DNA分子所需的专业知识。Praxis Genomics没有这样的限制，因为它拥有专业知识，最初将不依赖保险，而是直接向机构和患者收取服务费用。
该公司由私人资助，拥有一个由四名全职员工和两名承包商组成的团队，其中包括纳吉在哥伦比亚大学的前同事。该公司在7月份获得CLIA认证后，已经开始接受患者样本进行临床测试。该公司正在等待美国病理学家学会(College of American pathology)对其实验室进行检查，这次检查因冠状病毒大流行而推迟，但预计将在明年1月15日之前进行。
该实验室目前配备了Bionano Saphyr仪器，并于上个月成为Bionano认证的服务提供商，是第一个获得此称号的CLIA实验室。它还可以使用隔壁公司拥有的Illumina NovaSeq测序仪，将来也可能开始使用邻居太平洋生物科学公司的测序仪，或者收购自己的PacBio机器。
Nagy说，Praxis Genomics与其他采用Bionano平台的诊断公司(如PerkinElmer和GeneDx)的区别在于，它结合转录组、外显子组或基因组测序的测序数据分析光学测绘数据。患者通常会带来自己以前测试的基因组数据，或者Praxis可以为他们生成这些数据。Nagy解释说，结合这些数据类型，公司可以在序列水平上解决结构变异的断点，这对临床解释很重要。他补充说，Praxis使用Genoox分析管道来解释和注释来自不同技术的发现。
他说，总的来说，Bionano平台对于确定不会导致拷贝数变化的结构变异特别有用，比如易位或倒置，特别是在测序无法检测到的大小范围内。此外，光学作图可以确定复制片段在基因组中的位置，这是单独的拷贝数数据无法确定的，以及大重复扩展的大小。他补充说，它看不到的是横跨着丝粒的整个染色体臂的大型易位，但经典细胞遗传学很容易识别。
作为他的团队能够使用光学测绘和全基因组测序解决的一个复杂病例的例子，Nagy引用了一位患有不寻常症状的先天性肾上腺增生症的患者，他们在该患者身上检测到CYP21A2的纯合子剪接位点突变，该基因的部分重复，以及拷贝数中性染色体易位。对于另外两名患有肌强直性营养不良症的患者，他们分别使用全基因组测序确定了DMPK和CNBP基因中的重复扩增，并通过光学定位确定了重复的大小。
荷兰内梅亨大学医学中心(Radboud University Medical Center)基因组技术和免疫基因组学副教授Alexander Hoischen说，他可以证实Bionano的光学绘图可以帮助诊断未解决的罕见疾病患者。
到目前为止，他的团队已经解决或发现了20个病例中的5个的有趣线索——每个病例由单个患者、一个家庭或多个独立样本组成——这些病例之前已经进行了广泛的测试，包括CNV微阵列、外显子组测序或基因组测序。他说，Bionano的无偏倚全基因组结构变异检测“将为常规细胞遗传学检测提供改进，并为未解决的罕见疾病患者提供显著的产量。”
不过，这种检测并不便宜。目前，Praxis Genomics用Bionano进行样本分析的费用为2000美元，转录组分析的费用为1000美元，但家庭三人组和批量订单可享受折扣。纳吉说，官方的周转时间是四周，但目前大多数样品都在两周内完成。该公司不仅提供临床报告，还提供咨询服务，与患者和他们的医生讨论结果。
纳吉说，Praxis接受来自世界各地的样品，亚洲和南美洲的国家对它很感兴趣。在临床诊断方面，该公司目前专注于遗传性疾病，包括携带者检测，但未来可能会增加癌症检测。
Nagy表示，该公司正在与Bionano合作，生成数据，以支持未来光学测绘测试的报销。他也相信Bionano将致力于使其系统更易于使用，更符合常规临床实验室的要求。Bionano的最近收购他说，该公司收购了诊断服务提供商Lineagen，并聘请了其首位首席医疗官，这表明该公司“明确做出了进军临床诊断领域的决定”。
Bionano公司自己也在吹捧其Saphyr系统最近被临床实验室采用，并希望即将进行的临床验证研究将证明其作为其他细胞遗传学技术的可能替代品的价值。
纳吉表示，他未来几个月的目标是让公司“以合理的速度”增长。理想情况下，他希望获得足够的样品——每月大约100个——以保证购买第二台Bionano Saphyr机器。
除了临床测试，Praxis还在Bionano平台上为想要分析患者队列的科学家和临床医生提供研究服务。纳吉说:“我认为Bionano有很大的潜力来治疗那些非常顽固、难以找到解决方案的疾病。”“这些疾病几乎是孟德尔式的，但我们仍然没有找到病因。许多这些疾病最终将是由于重复扩张或由于尚未确定的结构变异引起的调控变化。”