Preferred Medicine,一家位于加州Burlingame的两家日本公司的合资企业,已经开始了一项多中心试验,以进一步验证其基于microrna的血液检测对乳腺癌的早期检测。
该公司由全球企业集团三井物井和人工智能公司Preferred Networks于2018年推出,已经开始了一项新的验证研究,名为DROPLET-BC,以优化其预测算法,以最佳地检测乳腺癌,并进一步证明其敏感性。研究人员在西北大学、MD安德森癌症中心和罗斯威尔公园综合癌症中心招募了大约1200人,平均分为被诊断患有乳腺癌的女性和健康对照组。
近年来,类似的病例对照研究已成为新兴早期癌症诊断的支柱,其目标是各种分析物,包括游离细胞DNA的突变和表观遗传改变,或者在某些情况下,RNA、蛋白质或其他生物标志物。
Grail已经成为最引人注目的参与者之一,在市场上推出了泛癌症分析6月以来以及正在进行的前瞻性介入验证试验。
基于其早期的概念验证数据,Preferred Medicine认为其miRNA方法有潜力超过基于dna的技术,至少在乳腺癌方面,该公司的miRNA分类器在其试点研究中表现最好,但这对其他新兴技术来说是一个更大的挑战。
例如,Grail在其最近公布的一些数据中报告说,对乳腺癌的敏感性只有30%左右,特异性为99%。以DNA甲基化为基础的技术在晚期乳腺癌中的表现较高,但相对而言,在早期病例中似乎比vwin德赢ac米兰合作较困难。
相比之下,Preferred Medicine公司报告称,它可以达到接近57%的灵敏度和99%的特异性。
这些数据尚未以同行评议的形式发表,因此其结论仍然有限。在今年的美国临床肿瘤学会年会上,该公司的唯一研究报告描述了对乳腺癌、结直肠癌、肺癌、胃癌和胰腺癌患者的临床血清样本的分析,这些样本被分为一个机器学习训练集和一个较小的测试集。
作者报告说,他们可以以平均88%的准确率检测癌症,并且无论癌症阶段如何,灵敏度都保持很高,但他们没有详细分析分类器在不同癌症阶段的表现。
Preferred Medicine公司现在正寄望于它可以复制甚至改善这些有限结果的可能性,因为它正在推进DROPLET-BC。
该公司商业战略和业务发展主管Raees Ebrahim表示,最初的概念验证数据来自冷冻的生物样本。有了新的多中心合作伙伴,该公司将从更多样化的人群中测试新鲜的患者样本。因此,所得数据将更有可能反映真实的临床敏感性。
易卜拉欣表示,该试验可能会扩大,但以目前的形式,它应该在2022年第一季度完成。
他说:“我们希望明年由ASCO推出我们的LDT测试,[然后]我们将启动一项大型临床效用研究。”
阿比吉特·帕特尔是耶鲁大学医学院的教授,也是基于ctdna的早期癌症检测工作最终,Preferred的测试证明自己是必要的,这需要在预期用途队列中验证,而不仅仅是病例对照数据。
然而,他在一封电子邮件中说,早期数据看起来很有希望。
他写道:“在许多先前的研究中,使用循环microRNA生物标志物实现高癌症特异性已被证明具有挑战性,但最近一些结合机器学习分析的研究显示出了良好的前景。”
例如,丹娜-法伯癌症研究所的迪潘扬·乔杜里领导的研究人员公布的数据2017年的一项研究显示使用神经网络分析收集miRNA特征,用于上皮性卵巢癌的检测。团队现在调查方法为高危妇女的早期发现.
根据Patel的说法,由于基于ctdna的早期检测方法明显“不太容易控制”乳腺癌,因此它们是microRNA特别令人兴奋的靶点。
Ebrahim说,microRNA的无所不在是它是一个有吸引力的目标的部分原因,只要使用适当的工具来收集预测签名。
“microRNA的力量在于它实际上……更多的存在于血浆中,这就是为什么我们认为它是一个更好的标记。”
然而,Ebrahim认为,从收集、样本保存和稳定性的角度来看,mirna很难处理。“仅仅是为你应该观察的东西找到正确的物种标记”是一个挑战。
“确定正确的MIRs至关重要……而你能做到这一点的唯一方法是通过非常强大的模式识别机器学习。”
尽管识别预测性miRNA签名存在挑战,但其他几家公司在这一领域看到了早期的商业成功。其中包括新加坡的MiRxes它是新加坡科学技术研究局和一家美国公司的分拆公司vwin德赢ac米兰合作米尔科学该公司销售一种用于前列腺癌检测和预后的测试。
测序公司Caris Life Sciences也准备推出一种全面的基于血液的检测方法,尽管它不是针对microrna的同时针对DNA和RNA该公司认为,它可以将其转化为微小残留疾病和早期癌症检测的分析。
根据Ebrahim的说法,Preferred Medicine考虑了将microRNA和无细胞DNA分析结合起来的可能性,但认为针对这两类分析物过于昂贵和不切实际。
首先,“在处理和分析方面有非常不同的工作流程,”他说。“NGS是无细胞DNA的标准,但我们实际上正在尝试开发一种非NGS的miRNA平台,我们认为这对我们的技术更好,也更成本敏感。”vwin德赢ac米兰合作
该公司还没有透露这项技术的细节,但Ebrahim说,它是基于流式细胞术和专有试剂方法vwin德赢ac米兰合作。
他补充说,尽管Preferred Medicine也在关注其他应用,包括肺癌,但最初对乳腺癌的关注既反映了该公司在试点研究中对这些肿瘤的更高表现,也是一种公司战略。
易卜拉欣说:“从商业角度来看,当你审视乳腺癌时,(美国预防服务工作组)在指导方针等方面已经有了很多可信度……所以已经有了很多积极的势头。”