上周，位于圣地亚哥的雷迪儿童医院宣布Stephen Kingsmore将成为雷迪儿童基因组学和系统医学研究所的首任总裁兼首席执行官。他在堪萨斯城的儿童慈善医院(Children’s Mercy Hospital)工作了近5年之后加入了Rady。在那里，他是儿童基因组医学中心的创始主任，并开创了快速基因组测序的先机，以诊断患有疑似遗传疾病的危重婴儿。
该研究所于去年春天成立，由雷迪家族的1.2亿美元和雷迪儿童医院(Rady Children’s Hospital)提供的4000万美元资助。雷迪儿童医院是一家拥有520张床位的非营利性组织，为圣地亚哥地区的儿童提供服务。
Kingsmore本周开始了他的新任命，并加入了这个新生研究所的许多新成员。该研究所旨在将科学家和临床医生聚集在一起，加快研究发现在儿科医学中的转化和实施。今年4月，该研究所宣布了首位教职员工蒂娜·钱伯斯(Tina Chambers)，她是加州大学圣地亚哥分校(University of California San Diego)的儿科学教授领导一个项目为圣地亚哥县患有不明原因出生缺陷的儿童进行基因组测序。今年夏天，该研究所聘请了乔·格里森(Joe Gleeson)引领外显子组和基因组测序诊断神经发育障碍，担任神经科学主席。他还将成为加州大学圣地亚哥分校的神经科学和儿科学教授，以及霍华德休斯大学的研究员。
在Kingsmore在儿童慈善机构的最后一天，GenomeWeb采访了他，谈谈他对雷迪儿童基因组学和系统医学研究所的计划。以下是经过编辑的对话内容。
新研究所的使命是什么?
该研究所的使命是在医院部署基因组和系统医学。我们的任务不仅仅是转化研究，它实际上是实现科学。它把我们在儿童慈善所做的原型，扩展到企业层面，让它们越来越多地被采纳为儿科护理的新标准。
有一件事我认为很多人都没有意识到，那就是雷迪儿童医院与加州大学圣地亚哥分校的儿科密切相关。当我看到这个研究机构时，它不仅仅是一个伟大的儿童医院的问题，它还涉及到(加州大学圣地亚哥分校)就在我们的门口，以及所有的系统生物学、干细胞技术和数学建模。加州大学圣地亚哥分校医学院的院长是新研究所的董事会成员，这是一个关键的联系，对我来说是一个关键的拼图，因为加州大学圣地亚哥分校丰富的知识，我们可以让事情迅速发展起来。但不仅仅是加州大学圣地亚哥分校;索尔克研究所、斯克里普斯诊所和其他机构都是雷迪的合作者。所以，是的，我们宣布成立一个新的研究机构，但这将是一个高度合作的，以圣地亚哥为重点的努力。
你能谈谈你计划的一些具体项目吗?
我们想做的第一件事是扩大nih资助的NSIGHT(新生儿基因组医学和公共卫生测序)项目新生儿重症监护病房的基因组测序．雷迪儿童医院拥有圣地亚哥地区唯一的四级重症监护室，该地区有900万人口。此外，Rady新生儿学家为圣地亚哥地区所有的NICUs提供支持。因此，这是一个难得的机会我们26小时的STAT-seq基因组测试并将其扩大应用到新生儿护理中。
我们将把目前国家卫生研究院资助的项目的资金分配给雷迪和儿童慈善机构，这样工作就可以在这里(堪萨斯城)继续进行，但我们将在雷迪有一个非常大的新场地。我们的目标是做一系列关键的随机临床试验，以确定哪些婴儿应该获得快速基因组。它将开始参数化基因组序列如何转化为新生儿的精准医疗。这是一个全新的研究领域——没有随机的前瞻性证据基础。
在接下来的三年里，我们将做一些研究来问一些非常实际的问题，比如，“针对哪些适应症应该进行基因组检测?”应该是单例还是三例，应该是非常快的协议还是稍微慢一点的协议，比如HiSeq X Ten上的协议?这又如何影响护理计划呢?
在新生儿重症监护室里，很多患有遗传疾病的婴儿都会死亡。我们的论文在柳叶刀呼吸医学显示57%的我们通过基因组测序确诊的婴儿在第100天就死了。所以我们真的需要从提供基因组序列测试到提供与婴儿情况相关的临床实践指南。有些婴儿需要改变管理方法，有些婴儿目前没有治疗方法。在那里，重点转移到与父母讨论临终关怀。因此，我们突然参与到医学实践中，我们需要一些方法来扩大新生儿学家能够理解的基因组测试。这意味着使用临床实践指南、人工智能和电子支持，这样他们就可以在这些婴儿的急性管理中最大化利用基因组信息。
在接下来的三年里，你计划招募多少患者参加你的研究?
很难给出一个数字。我们告诉NIH的数字是1000，我认为这个数字低估了。我们试图弄清有多少患有遗传疾病的儿童生活在雷迪集水区(以及这些家庭中有多少有资格或可能同意全基因组测序)，这个数字相当于每年大约需要24000个基因组，为所有儿童实施基因组医学。显然，这些孩子大多数都不是NICU，所以NICU的数量较少。但这让你们对未来五年的总体愿景有了一个概念，从新生儿重症监护室到儿科重症监护室，心脏重症监护室，遗传疾病的住院病人，遗传疾病的门诊病人，然后到围产期护理为在产妇诊所由胎儿儿科医生诊治的妊娠中期或晚期的母亲。
来自NIH的INSIGHT赠款是儿童慈善基金会和雷迪儿童医院合作的起点。但我们的目标是，在接下来的六个月里，迅速建立一个由志趣相投的儿童医院组成的联盟。对于任何一家儿童医院来说，这项任务都太艰巨了。而且变化的速度太快了，一项研究可能需要五年的时间才能完成，因此需要几家儿童医院合作，并有足够的数据来及时进行临床试验。我想我们已经有了这个基础。在今年剩下的时间里，将会有许多令人兴奋的消息发生，涉及到我们如何资助它，以及谁将参与其中。
除了全基因组测序之外，你们是否计划开发和部署其他基因组检测?
我们是基因组测序的坚定信徒。STAT-seq对一些有紧急情况的儿童很重要，无论是癌症紧急情况还是重症监护紧急情况。但对大多数儿童来说，在HiSeq X Ten上进行(较慢的)全基因组测序将是更好的选择。对这些孩子来说，一个月的周转时间是可以接受的，对他们来说，进行这种类型的测试更划算。
但我们想要的不仅仅是诊断，我们还想要研究对儿童很重要的次要发现。这包括药物的药物基因组学指导。许多用于儿童的药物都没有通过FDA的正式测试，但相反，针对儿童的成人剂量是按比例减少的。这些药物中有许多从未在儿童身上进行过证明其有效性和优化给药剂量的随机试验。药物基因组学的指导是非常需要的，而对于那些还没有发育出所有药物代谢酶的新生儿来说，这就更加复杂了。
医生不习惯处理药物基因组信息，所以他们并不真的需要，比如说，一个CYP2D6基因型——他们需要的是剂量指导。同样，我们需要建立在医疗记录之上的临床实践系统，允许医生在实际的病人管理中使用这类信息。
还有很多儿童遗传疾病值得对患者进行调查。比如骨骼疾病，代谢紊乱，内分泌紊乱，这些信息都与孩子的护理高度相关。所以，孩子可能会得到一种疾病的基因组序列，但我们想要确定其他的，次要的发现，这些发现将在孩子长大后的护理中使用。
你们将如何进行基因组测序测试——你们是计划建立自己的设施，还是将测序外包?
搬到雷迪最令人兴奋的事情之一是，圣地亚哥可以说是美国的基因组学之都。有像Human Longevity这样的公司，拥有X Ten仪器，专注于临床市场。当然，Illumina的总部就在那里，在我加入Illumina之前，Rady和Illumina之间的关系就很好。我没有一个明确的答案，但我知道在圣地亚哥地区有大量的测序能力。这将是一个与各种组织坐下来，找出圣地亚哥儿童的最佳利益的问题。所有这些组织的员工的孩子实际上都从Rady那里获得了医疗保健，所以圣地亚哥的人口有一个独特的机会，他们是全国第一个真正享受到圣地亚哥制造的技术的人。
基因组测序测试的报销一直很困难。这将如何改变?
报销是艰难的。在过去，只要证明一项检查的诊断效用，就可以获得报销。今天，在2015年，我们需要展示临床效用和成本效益。这就是为什么我如此渴望我们做一系列随机的前瞻性临床研究，利用Rady先生给我们的捐赠，做那些多中心的研究，以便得到证据，向支付人表明，对于特定的儿童子集，这与更好的结果和成本效益有关。
我们的创始天赋的美妙之处在于，我们可以用10年的时间来看待我们的目标。我们不需要考虑今年如何报销测试费用。相反，我们可以确保我们考虑的是孩子们的需求，以及我们如何把解决方案落实到位，让现实世界的医生可以日复一日地使用。然后，我们如何在接下来的十年里积累证据，从而真正改变儿科护理。
基因组检测以外的努力呢?
我不想让你们觉得这只是基因组学的问题。我们所有人现在都意识到，我们今天对基因组的理解不足以仅仅依靠基因组。我们需要一个代谢组，一个蛋白质组，一个转录组，和一个自然语言处理的医疗记录，才能理解基因组。对于基因组中的大多数变异，我们并不了解其影响。因此，通过添加其他“ome”，我们将有机会整合信息，并真正了解更多关于基因组的含义。
你有具体的计划吗?
我们与SomaLogic有一个试点项目。他们进行基于适配体的蛋白质分析，可以在70微升血浆中测量近5000种蛋白质。这是一个很好的例子，我们可以从一个婴儿身上取一份血液样本，同时得到5000个蛋白质测量值，还有基因组。例如，通过整合这些信息，我们将[学习更好地理解]意义不确定的变量。