纽约(基因组网)- Asuragen公司的一种检测与肌萎缩性侧索硬化症(ALS)和额颞叶痴呆(FTD)相关的最常见基因突变的检测方法，在宾夕法尼亚大学的研究人员的评估中被证明比实验室开发的检测方法具有显著优势。
Asuragen公司对C9orf72基因中富含gc扩增重复序列的研究用PCR检测，是对极难扩增区域进行基因分型的不断增长的菜单的一部分，该公司认为这对研究人员和药物开发人员都有价值。
这份评估报告发表在本周的《分子诊断杂志这项研究是在宾夕法尼亚大学病理学和检验医学教授维维安娜·范·迪尔林(Vivianna Van Deerlin)的实验室进行的。
范·迪尔林的实验室研究神经退行性疾病，如肌萎缩性侧索硬化症、颞叶萎缩症、阿尔茨海默病和帕金森病。她在一次采访中说，她与神经病理学家和临床神经学家合作，以确定和研究与疾病风险、临床和病理表型、病程和预后相关的遗传因素。
该小组使用全基因组基因分型和下一代测序来识别风险因素和新突变，然后整合来自这些遗传研究、RNA表达分析、临床表型、生物标志物、成像和神经病理学的信息，以帮助更好地了解疾病的发病机制。
她说:“最终目标是能够在发病或进展前预测谁有患病风险，并在患病的情况下预测潜在的病理蛋白，以进行靶向治疗。”
她说，作为这项研究的一部分，Van Deerlin和她的团队需要筛查患者已知的致病遗传变异，包括C9orf72，以确定患者及其家庭成员是否有资格进行临床研究和未来的治疗试验。
在这项工作中，她开发了C9orf72的LDT - GGGGCC重复序列发现由两个独立的研究小组在2011年进行的研究，可以重复数百次，导致ALS和FTD病态它的GC含量通常超过98%。
然而，她的团队在托拉斯研究AsuragenAmplidex PCR/CE C9orf72试剂盒表现几乎和LDT一样好，但也有显著的优势。
Van Deerlin说:“AmplideX-C9测试在一次反应中进行了基因特异性扩增和重复引物检测，需要更少的DNA输入来实现更高的峰值强度，并且可以提供高达140个重复的扩增尺寸，而LDT大约为70个。”
此外，由于其更高的分析灵敏度，AmplideX-C9检测使她的团队能够检测镶嵌性，以更大的特异性评估序列变化，并放大一些福尔马林固定的石蜡包埋组织DNA样本的膨胀。
然而，LDT仍然具有略高的临床敏感性，她说，“因为在设计中包含了反向重复引物试验，以检测序列变化阻止标准重复引物试验工作的情况。”
Van Deerlin和他的实验室已经在几个分子诊断项目上与Asuragen公司合作多年。她说:“他们联系我合作进行C9orf72测试开发，因为我处于一个独特的位置，既有研究又有临床实验室，可以进行C9orf72测试。”尤其值得一提的是，Van Deerlin和她的同事获得了通过不同方法评估的大量样本，并且他们有临床试验验证的经验。
“C9orf72试剂一上市，我就想看看它们与我为C9orf72优化的LDT相比如何，”她说，并补充说，“我对它的性能印象深刻。”
Asuragen公司研发高级副总裁Gary Latham在接受采访时表示，C9orf72试剂盒的开发最初是由Van Deerlin等科学家推动的，他们联系了Asuragen公司，寻找基于pcr的技术来对具有挑战性的六核苷酸重复进行基因分型，“当时已知的方法无法扩增超过30到60个重复。”
Asuragen的技术vwin德赢ac米兰合作最初是为了定位FMR1中的CGG重复区，这是一种脆性x相关的扩展。莱瑟姆说:“我们立即意识到，这项技术将在与重复DNA有关的其他疾病中有更广泛的应用。”vwin德赢ac米兰合作
他说，这种方法结合了专门的试剂、最佳的热循环条件和软件。他解释说:“我们在PCR缓冲液中有一些专有组件，这对提高能力很重要，但我们也依赖于如何将其与其他组件结合起来。”
Van Deerlin和她的同事计划继续使用Asuragen AmplideX-C9检测来研究C9orf72基因的镶嵌性和序列变异，以及它与ALS和FTD临床表型和疾病进展的相关性，她说。她说，有C9orf72扩展患者和高危家庭成员的队列，针对C9orf72的临床试验正在开始，“因此对C9orf72进行临床验证的测试很重要”，“有能力轻松启动测试并在实验室中标准化测试”。
由Van Deerlin这样的关键意见领袖对该测试进行评估，现在可能有助于研究和制药领域的采用。此外，用于C9orf72区域的后备方法是Southern blot，它在输入、工作流程和分辨率方面有局限性，Latham说，但该公司的试剂盒现在可能使实验室切换到只使用pcr的工作流程。
Latham指出，在毛细管电泳平台上运行的检测设置了可以进行基因分型的扩增长度的上限——大约900个碱基对——但用户可以对试剂盒进行轻微修改，并在琼脂糖凝胶上运行，以检测更长的产品。Latham说，描述检测多达950个六核苷酸重复序列的工作目前正在提交发表。
他说，尽管如此，该公司仍然在PCR/CE技术上进行了大量投资。vwin德赢ac米兰合作“我们发现它的可扩展性可能比一些人想象的要大得多，它正在迅速地将我们的菜单扩展到其他重复的扩展。”Asuragen目前正在利用PCR/CE技术开发一种与亨廷顿病相关的CAG扩增试剂盒，并希望在今年年底推出该产品。
Latham说:“我们对这种特殊的PCR技术的应用感到兴奋，因为它解决了这个领域中一个真正的利基和新兴的生物标志物。”vwin德赢ac米兰合作已知有30多种与孟德尔疾病有关的重复型标记，“但它们没有被PCR和下一代测序等传统方法检测到，因为能够成功地扩增和检测它们只是一种粗略的操作。”
Latham说，自从该公司开始为难聚合酶链反应区域开发试剂盒以来，长读NGS等技术已经上线，使研究人员能够挖掘基因组中的“暗物质”，这些“暗物质”是GWAS时代遗留下来的，当时使用的方法无法提取重复的DNA。他说:“除了已经建立的标记之外，我们正在更多地了解这些类型的标记。”他指出，这为未来更多的重复标记在诊断环境中发挥作用提供了机会。
Latham表示，开发C9orf72试剂盒的整个过程已经为Asuragen带来了商业利益。他说:“这证明了我们如何从FMR1扩展到在神经退行性疾病中可能很重要的新出现的标记。”该测试已经成为一种临床研究工具，莱瑟姆说，该公司在美国和国外都有应用，并补充说，“生物制药公司对这种技术表现出了兴趣，可以在动物或细胞模型等领域使用”，以促进药物开发项目。vwin德赢ac米兰合作
Asuragen推出了一款RUO工具包DMPK基因可以有超过1000个CTG重复，与一种肌肉萎缩症有关，FMR1扩增重复的试剂盒已经被证实使用证明重复次数与疾病严重程度之间的相关性，以及检测试剂盒poly-T多态性与阿尔茨海默病有关
莱瑟姆表示，该公司仍在考虑针对这些测试的美国监管策略。“我们正在非常积极地监控市场，”他表示，“一旦事实和情况证明投资是合理的”，我们可能会寻求美国食品和药物管理局(fda)的批准。
Latham说，FMR1试剂盒有CE-IVD标记，并已获得加拿大、澳大利亚和韩国的监管许可。该公司还在其DMPK试剂盒上获得CE-IVD。
Asuragen还在肿瘤领域开发和销售检测技术，并在a上有CE-IVD标记bcr - abl工具包及其QuantideX下一代测序技术肿瘤学面板例如。
它最近还推出了一个SMN1工具包作为协作在赛默飞世尔科学3500 Dx系列基因分析仪CS2仪器上开发和商业化基于毛细管电泳的测试。该测试测量与脊柱肌肉萎缩有关的基因的拷贝数，是对准父母进行的一种常见的携带者测试。
Latham说:“Asuragen公司正在研究一种可以结合SMN1和SMN2拷贝数的检测方法，可以在CE盒上非常精确地定量读出。”该公司还在开发可以将CNVs、重复序列、SNVs和indels组合成“可能是NGS之外第一个真正统一的工作流程”的分析方法，可以查看与携带者筛查和生殖健康相关的常见标记。
Latham说:“你可以想象，在未来，将FMR1试剂盒与SMN1、snv和indels结合在一个单一的工作流程中——这些都是最常用的载体基因筛查，可以为实验室运行这些类型的分析创建一个非常简单的方法，并实现巨大的经济和操作规模，使用的方法远不那么复杂，而且对于这些目标，远比NGS更可靠。”