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Atila生物系统瞄准低资源环境,快速,高通量HPV基因分型系统

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位于加州山城的分子诊断初创公司Atila生物系统公司开发了一种HPV基因分型测试,可以检测出15种高风险的人乳头瘤病毒亚型,并允许一名技术人员使用一种名为AmpFire的低成本便携式仪器在一天内检测多达800个患者样本。

该公司还为宫颈癌筛查做了一种HPV检测,能识别出HPV 16/18和其他高危类型。尽管关于AmpFire系统的公开数据很少,但研究HPV流行病学和癌症预防的研究人员目前正在对其进行评估,特别是在低收入和中等收入国家。

Atila成立于2009年,但首席执行官王友祥在接受采访时表示,该公司去年才开始在美国推广其测试。“我们是一家非常小的公司,过去我们专注于中国……所以没有多少人听说过我们的技术。”vwin德赢ac米兰合作

王是一名生物化学家,在核酸扩增和芯片实验室技术方面具有专业知识,他一直致力于开发该公司专有的核酸扩增技术和仪器,以及一系列肿瘤分析和无创产前检测。

王说,在其HPV检测中,Atila使用多重等温分析和实时荧光检测,使用单管反应检测15种高危HPV基因型。

该测试也可以作为宫颈癌筛查测试运行,每个样本的成本足够低,可以用于统计测试,而不需要用户等待一批积累。

筛查测试通常会报告HPV亚型16和18——这两种亚型引起了全世界大约四分之三的宫颈癌——然后报告了其他高危亚型的存在,但没有加以区分。

消除这是世界卫生组织的目标筛选全球35至45岁的女性中有70%使用“高精度检测”,如HPV检测。大约90%的近30万人死于子宫颈癌每年都发生在中低收入国家。但是,在资源匮乏的环境中检测数亿名妇女可能被证明是昂贵和耗时的,因为使用目前可用的技术将需要拥有复杂设备和熟练人员的实验室和临床医生来收集样本。

在全球范围内,截至2015年,有193种不同的HPV检测可用于宫颈癌筛查,大多数使用基于聚合酶链反应的检测。

但王说,Atila是唯一一家使用等温分析法检测HPV的公司,他将这一差异化因素归因于该公司的多重等温扩增结合实时检测的能力。

他说,Atila正在使用的特殊等温技术是专利技术,但vwin德赢ac米兰合作他指出,其他等温方法,如环介导扩增(LAMP)、重组酶聚合酶扩增(RPA)或解旋酶依赖扩增(HDA),对超过两个或三个靶标的多重复制具有挑战,而且由于扩增温度过低,引物-二聚体也可能存在问题。

竞争激烈的HPV筛查和基因分型市场

美国食品和药物管理局清除Qiagen Digene Hybrid Capture 2, RocheCobas人乳头状瘤病毒Hologic Aptima HPV和BD Onclarity HPV。类似的检测,如造父变星Xpert HPV和雅培实时高风险HPV,也在国际上用于研究目的。

Qiagen CareHPV检测是在低收入和中等收入国家经常使用他说,尤其是在印度和中国的农村地区。该化验通过了世卫组织的资格预审,其开发得到了1300万美元的支持资金来自比尔和梅琳达·盖茨基金会。

但是,CareHPV需要将样本收集到凯杰的液体标本传输介质(STM)中,每次运行需要近3个小时,其中有一个小时是手工准时完成的。为了节省成本,该测试通常是80个样品批次进行。此外,它不能识别检测到的高危亚型,也不是基于核酸扩增的检测,而是使用与HPV DNA互补的全基因组RNA探针、特异性抗体和化学发光检测,所以它的灵敏度略低。

也有一些HPV检测方法可以进行完整的基因分型,并检测和区分更多的高危HPV亚型。这些测试通常用于研究目的,包括罗氏线性阵列(Roche Linear Array)等测试,这是一种行业标准测试,可以检测37种HPV亚型,在临床和流行病学研究中得到了广泛评估。

来自GeneFirst也是一种单管多重检测,使用标准qPCR仪器检测和区分14种高危亚型。一个测试的Zeesan生物技术使用单管多重PCR终点多色熔融曲线分析和公司自己的实时PCR仪器SLAN-96检测和区分所有14种高危HPV类型。

由国家癌症研究所和描述今年可以检测出所有51种高风险和低风险亚型。以及下一代基于测序的测试华大基因研究院基因组学HPVseq已经被纳入中国的筛查项目中,该公司也有一款产品已经对自我收集的患者样本进行了验证。

支持更多的自收集样本测试

样本制备是HPV检测的一个关键瓶颈。王说,因为提取效率可能不同,大多数系统需要使用自动化方法来保持灵敏度,这增加了资本设备的成本。

另一方面,Atila测试的样品准备包括在裂解缓冲液中放置干燥的样品拭子并摇晃它,然后添加底漆混合料和主混合料,这是任何技术人员都可以在没有培训的情况下完成的。

有效地检测患者自己在家收集的样本中的HPV在一定程度上依赖于使用一种进行扩增的测试。这是因为,与临床医生可以收集的宫颈内样本相比,患者通常收集的阴道样本中的病毒浓度可能较低。

自我收集的样本可能是筛查项目的一个好处,因为它们可以对那些原本避免接受检查的女性进行检测。在一项对病人的研究中在巴布亚新几内亚例如,使用这种类型的筛选和造父变星GeneXpert,自我收集产生的结果类似于医生收集的样本。

通常,阴道和宫颈内样本必须收集到含有甲醇的液体运输介质中,甲醇是一种易燃和危险的物质。这在一定程度上是病理学联合检测的残余,其中样本被收集到液体细胞学培养基中,典型的是Becton Dickinson的SurePath或Hologic的ThinPrep PreservCyt溶液。

但由于Atila测试可以从干燥的棉签样本中运行,样本可以由患者在家里安全地收集,干燥的收集刷可以简单地放置在邮件中,王说。

妇科癌症专家杰罗姆·贝林森(Jerome Belinson)大约一年前开始评估Atila AmpFire HPV检测,他在一次采访中证实,Atila的无提取工作流程可以直接从原始样本进行检测,这是他多年来一直试图完善的成就。

除了担任克利夫兰诊所的外科教授和预防肿瘤国际Belinson致力于将HPV检测带到低收入和中等收入国家,这是一个致力于提供人道主义护理和帮助开发新的癌症筛查技术的非营利组织。他之前开发了一种方法,通过将干燥的样本涂在卡片上运输,他的团队还评估了家用自我收集样本的漱口水,根据一篇发表的文章,“这是一种可接受的HPV DNA检测无毒保存介质”研究

但是,他说,其他正在开发的技术也存在问题,原始样品中的菌群会干扰检测结果。他说,有了Atila技术,细菌vwin德赢ac米兰合作过度生长的情况“完全不会影响到这一点”。

贝林森说,他“在全世界范围内专注于筛查22年了,没有什么能与这种检测相比。”

目前,他的团队正在与中国的研究人员合作,使用华大基因基于下一代测序的HPV检测进行基因分型。他说,他们最近用华大基因的测试在29天内评估了18.8万名患者,使用的是自我收集的样本提出了美国阴道镜和宫颈病理学会年会上的数据描述了10885例患者,将BGI SeqHPV检测与Cobas 4800 HPV检测进行了比较,这些检测均针对自采和直接收集的液体标本,结果显示两种方法在诊断宫颈异常增生(CIN 2+)癌前水平时具有相似的敏感性和特异性。

贝伦森说,华大基因的测试很好,但在他看来,它可能是有限的,因为它基本上只能在华大基因进行。他说:“这在中国的全国范围内筛查是很好的,但我目前看不到它在其他任何地方的实际应用。”

另一方面,Belinson说他知道Atila最近已经在美国疾病控制和预防中心等地方演示了它的技术,而且它也得到了其他HPV专家的评估。vwin德赢ac米兰合作

“每个人都为它疯狂,”他说,部分原因是它“与其他任何东西都非常不同”,而且“非常简单”。Belinson说,该系统解决了目前困扰研究人员的许多问题,这些研究人员希望在没有复杂实验室的地方以一种经济有效的方式对大量人群快速进行HPV基因分型。

其他早期的用户

加州大学旧金山分校的Joel Palefsky是HPV基因分型和肛门癌方面的专家研究的影响感染艾滋病毒的人在全球范围内。

他使用了AmpFire HPV基因分型系统,专门为研究目的在诸如卢旺达基加利的卢旺达军事医院和津巴布韦大学卫生科学学院等地点对肛门标本进行了基因分型。

在一次采访中,Palefsky说他和他的团队选择了AmpFire系统而不是其他系统,因为它提供完整的基因分型,与其他HPV基因分型方法相比,它更经济。

它“相对便宜,容易做,相当可靠,而且很快,”他补充说。

该组织还在靠近被研究患者群体的实验室建立了该系统。他说:“我们将在拉丁美洲启动一个新项目,我们希望把这台机器真正放在诊所里,提供患者的实时信息。”他说,有可能提供当天的结果。

Palefsky和他的团队将样本收集到液体介质中,这样他们也可以做细胞学。Palefsky说:“如果不需要这种方法,那么我认为(Atila的)干拭子方法是一个很好的方法,因为它更简单,运输成本更低。”相比之下,罗氏线性阵列基因分型检测“对于常规使用来说太贵了,”他说。

帕莱夫斯基在一次会议上意识到Atila系统,并找到了王。“这是一家有着宏大计划的小公司,”他指出。

泽维尔·博斯和他的团队癌症流行病学研究计划大约两年前,该公司与阿提拉建立了合作关系。

博世实验室的实验室主任Miquel Pavón Ribas在一封电子邮件中说,其他检测的成本和复杂性使它们难以在低收入和中等收入国家实施,这是面对世卫组织呼吁消除宫颈癌的挑战。

他说:“我们必须为检测HPV提供更多的选择。”他还指出,AmpFire测试使用了一种简单的方案,而且价格更低。

在加泰罗尼亚肿瘤研究所的感染和癌症实验室,Ribas使用HPV检测进行宫颈癌筛查、HPV相关肿瘤诊断、临床护理和流行病学研究

“我们根据它们的特性、成本或我们需要检测的基因型使用不同的技术,”他说,并补充说,“我们使用Atila系统的经验表明,该技术可能是基础设施或有限的实验室或临床部门的一个很好的选择。”vwin德赢ac米兰合作Ribas还说,该系统可以在低收入和中等收入国家“容易实施”,但也可以在分散的环境中用于接近目标人群的测试。

他说,除了宫颈癌筛查和细胞学样本分析,该实验室还在继续验证该技术在其他情况下的应用,包括将其用于口咽肿瘤中含有福尔vwin德赢ac米兰合作马林固定石蜡的样本。

他说:“在这种情况下,拥有一种每次测试分析少量肿瘤但使用快速方法的技术尤其有价值,因为结果可以用于帮助临床决策vwin德赢ac米兰合作。”

Atila也一直在与其他组织合作,以验证和传播其HPV检测技术。vwin德赢ac米兰合作AmpFire系统正在印度尼西亚雅加达帖木尔的干细胞和癌症研究所以及埃塞俄比亚的亚的斯亚贝巴大学健康科学学院等地方进行评估。

而在加纳沃尔塔地区北通古地区的Battor天主教医院,AmpFire仪器被使用了捐赠由当地议员Okudzeto Ablakwa主持的宫颈癌预防和培训中心。

王说,这在该地区引起了很多媒体的关注,新闻报道也顺便推广了检测系统支持的宫颈癌筛查的当天筛查和自采样。Ablakwa支付了16000美元的AmpFire仪器费用,这意味着医院不必将资金成本转移到接受筛查的妇女身上。这使得妇女必须支付的筛查费用从相当于约28美元下降到约19美元。

而且,由于该检测是等温的,并且运行在基本的qPCR热循环仪上,有5个荧光通道,它也可以进行其他测试。

Belinson指出,除了HPV外,开展其他类型的性传播感染检测的能力在低收入和中等收入国家尤其有用。例如,Atilla销售一种单管等温多重检测四种STI病原体沙眼衣原体,淋病奈瑟氏菌属,阴道毛滴虫,尿道支原体

AmpFire仪器也是便携式的,因为它可以在推车上移动,一旦移动就不需要重新校准,王说。他说,该公司还开发了一个拥有96口井的四通道等温仪器,但尚未开始生产。

王说,HPV检测是最成熟的产品。该产品已获得中国食品药品监督管理局的CE认证和批准。他说:“我们在中国已经卖出了100多万份测试包。”

此外,该公司还开发了一些其他化验以及套件,包括一种多路无创产前检查,王说这是同类产品中的首创。

迄今为止,Atila的技术还没有发表同行评议的描述,AmpFire HPV检测的临床评估也没有发表,只有一些海报摘要,最终vwin德赢ac米兰合作还需要前瞻性的临床试验来了解它在现实世界的临床环境中是否真的有用。

贝伦森对来自中国一个村庄的2000名患者样本进行了回顾性研究。他说,这些样本最初是作为试验的一部分收集的,在该试验中,患者进行了罗氏Cobas HPV检测以及细胞学、华大基因的SeqHPV检测,并提供了自我收集的样本和临床医生收集的样本。

贝伦森说:“这2000名患者基本上给了我们4000个样本——我们用AmpFire测试了所有样本,结果显示AmpFire表现非常好。”然而,为了增加阳性样本的数量,他和他在中国的同事们现在正在测试从另外两个村庄的患者中收集的另外8000个样本。如果测试结果显示该测试和他假设的一样准确,Belinson说他肯定会采用该测试。“我会尽可能多地使用它,”他说,并指出他计划很快公布研究结果。

展望未来,王正在考虑如何获得非政府组织的资金,以进一步发展该系统。这个月他将会见适宜卫生技术组织,这是一个全球卫生组织,帮助开发了CareHPV,并正在进行中扩大项目扩大HPV DNA检测的覆盖面,特别是在中美洲。他还与NCI的研究人员进行了交流,该公司已经通过约翰霍普金斯大学申请了资金护理点技术研究网络vwin德赢ac米兰合作进一步发展性病测试。

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