纽约(基因组网)-美国国家癌症研究所的临床蛋白质组肿瘤分析联盟(CPTAC)正与维多利亚大学基因组英属哥伦比亚蛋白质组学中心合作开发靶向蛋白质组学分析。
此次合作的目的是增加CPTAC分析门户网站中多种反应监测分析方法的数量，使研究社区能够获得验证良好的MRM质谱分析方法。更普遍地说，蛋白质组学中心主任Christoph Borchers说，这是一个更广泛的努力的一部分，以改善可及性，并推动使用MRM质谱进行靶向蛋白质定量。
CPTAC的分析门户是实现这一目标的几个蛋白质组学资源之一。例如，上周，基因组网报道了最新发布的SRMAtlas这是一个由系统生物学研究所和苏黎世瑞士联邦理工学院开发的靶向质谱分析集合。vwin德赢ac米兰合作
该资源包含166,174个蛋白肽的数据，并允许对UniProtKB/Swiss-Prot数据库中20,203个注释人类蛋白质中的20,123个进行量化，以及数千个蛋白质异型和翻译后修饰。它为有兴趣开发特定蛋白质分析的研究人员提供了他们可以使用的多肽和过渡的信息。
CPTAC分析门户在覆盖范围方面不太全面，目前提供约900种分析方法，但这些分析方法都经过了严格的分析验证，测量了检测和定量、线性和可重复性等限制，并包括指导研究人员如何最好地实施它们的详细协议。
“如果你想开发一种分析方法，SRMAtlas是非常有用的。这是一个很好的起点。”“但这只是一个开始，”他补充说，并指出执行所需的分析验证和开发MRM分析协议“是一项巨大的工作。”
Borchers说:“目前有很多MRM检测方法，但它们并没有全部开发(达到CPTAC检测门户的标准)，因为这需要时间、精力和金钱。”“但重要的是不能偷工减料，而是要(确保)这些(分析)是严格制定的，我们所呈现的结果是可重复和准确的。”
他还指出，有许多开发完善、经过彻底验证的MRM分析方法，但它们不一定能被更大的社区所使用。CPTAC分析门户的最终目标之一是为收集这些分析提供资源。
他说:“许多实验室已经完成了(MRM开发)工作，我认为把它们联系起来非常重要。”“因此，想要量化特定生物标本中的蛋白质的生物学家可以访问一个网页，看看谁为他们感兴趣的蛋白质开发了MRM试验，并知道它将具有一定的质量水平。”
CPTAC和维多利亚大学的合作关系是朝这个方向迈出的第一步，Borchers是CPTAC联盟以外的第一个将分析添加到门户的研究人员。Borchers在MRM开发方面有相当丰富的经验，他是蛋白质组学中心的负责人，也是MRM蛋白质组学公司的联合创始人和首席科学官，该公司开发和销售用于蛋白质定量的MRM检测试剂盒。
到目前为止，Borchers和他的同事已经向门户网站贡献了大约100个化验结果，他们最终将添加大约2000个化验结果。其中许多试验将针对小鼠蛋白质，博彻斯指出，这是他的实验室感兴趣的领域。
Borchers说，由于与传统免疫测定法相比，MRM质谱对样品的要求较低，因此对小鼠中靶点的MRM测定“引起了社会的极大兴趣”。他说，因为老鼠的血量相对较少，研究人员对每只动物进行的免疫检测数量有限，MRM质谱仪允许更高水平的多路复用。
Borchers说:“很难进行多重ELISA，因为每次检测需要20到200微升的血浆。”Borchers和他的同事使用MRM质谱仪可以在20微升的血浆中测量大约200种蛋白质。
“所以这是这项技术的一个巨大优势，”他说。vwin德赢ac米兰合作
Borchers指出，从少量样本中进行大规模多路复用的能力可以帮助进行各种各样的实验，例如，从单个动物中进行高度多路复用的纵向蛋白质测量。他还强调了研究人员对评估经过CRISPR/Cas9基因编辑后的小鼠表型的兴趣。
他说:“人们在问，我们在老鼠蛋白质组中引入了什么样的变化，我认为我们正在开发的这些MRM分析可能对那些想在基因编辑后对老鼠进行表型分析的科学家有用。”
Borchers说，与一般的MRM分析一样，存在许多对小鼠蛋白质的MRM分析，但不是所有的都得到了很好的验证，它们也没有收集到单一的、容易获得的资源中。他说，他和他的同事已经获得了一项资助奖，以支持他们的小鼠MRM开发工作，但他还不能公开细节。
Borchers说，他希望CPTAC分析门户发展的下一步将是私营公司的参与，他们可以在门户中进行分析，并将其作为试剂盒大规模提供。他指出，MRM蛋白质组学提供了这样的套件，但只是有限的选择。
他说:“你有一个完全开发的(化验)门户，你可以自己使用它们并[实施]它们。”但更好的是“拥有社区可以轻松购买的套件”。
他认为，这将是将MRM质谱仪的吸引力扩大到蛋白质组学之外的关键。
他说:“生物学家、临床医生和医学界可以购买试剂盒，到他们的蛋白质组学中心进行检测。”“我认为这是下一步。”