纽约——Decode Genetics最近的一项研究在血浆蛋白质组学领域引发了争议，该研究表明Olink的Explore平台优于SomaLogic的SomaScan系统。
没有参与这项工作的科学家，以及SomaLogic的一名官员，对这项研究的发现提出了质疑，声称其实验设计和程序存在缺陷，并质疑所展示的数据是否真的证明了Olink系统的优越性。
位于瑞典乌普萨拉的Olink公司和位于科罗拉多州博尔德的SomaLogic公司是高通量、高复用血浆蛋白质组学亲和性分析的两大主要供应商。Olink的Explore平台通过该公司的邻近扩展分析技术可以测量多达3000个蛋白质，该技术使用与DNA链相连的抗体对，当抗体结合时，抗体对被拉近，然后通过DNA聚合酶扩展，创建一个新的序列，可以vwin德赢ac米兰合作用作目标蛋白质的替代标记。SomaLogic的SomaScan使用该公司的Somamer试剂(适配体的一种形式)测量了大约7000种蛋白质。
很少有研究直接比较这两个平台。也许最值得注意的是一个项目去年发表于自然通讯由剑桥大学领导的团队完成，该团队包括SomaLogic首席医疗官斯蒂芬·威廉姆斯。这项研究并没有试图评估两个平台中哪一个更好，但确实看到了它们数据之间的巨大差异。具体来说，该研究发现，大约36%的蛋白质-表型联系仅被两种系统中的一种观察到，作者写道，这表明“两种技术捕捉到蛋白质生物学的不同方面。”
Decode的研究，上个月作为一项研究发表BioRxiv预印他观察了一对使用这两个平台之一进行的大规模蛋白质基因组项目的结果。在其中一项研究中，英国生物银行的研究人员在奥林克的Explore 1536平台(测量1459种蛋白质)上测试了47151个欧洲受试者的样本。在另一个在美国，Decode的研究人员将35559名冰岛受试者的样本放在SomaScan平台的5000个蛋白质版本上进行了测试。
在这两项研究中，研究人员都在寻找蛋白质定量性状位点(pqtl)，这意味着遗传变异和血浆蛋白质水平之间的联系。pqtl已经成为Olink和SomaLogic平台上研究的一个主要焦点，因为这种联系可以帮助研究人员，例如，确定与疾病发展相关的有前途的药物靶点或蛋白质表达模式。Olink和SomaLogic平台提供了在大规模人群研究中寻找这种联系所需的蛋白质组学覆盖范围和吞吐量，从而使这类研究成为可能。
pqtl通常有两种特征独联体这意味着pQTL位于编码该蛋白质的基因附近反式这意味着它位于距离编码蛋白质的基因更远的地方。虽然两者都有潜在的意义，但发现独联体pQTL提供了强烈的迹象，表明平台对特定蛋白质的检测是特异性的——事实上，它是在测量它所要测量的目标。
对于Olink和SomaLogic提供的高复用亲和力分析，特异性是一个固有的问题。在他们的预印本中，Decode的研究人员发现，Olink Explore平台上的绝大多数(84%)分析都具有独联体pqtl，表明它们正在检测其指定的目标。研究人员发现，只有38%的SomaScan检测结果具有阳性反应独联体pQTLs。
这些研究结果证实了先前存在的关于SomaScan平台特殊性的问题。Olink的Explore——以及大多数其他基于抗体的平台——使用两种抗体来检测目标蛋白，这提高了检测的特异性。另一方面，SomaLogic基于sommer的方法只针对每种蛋白质使用单一的捕获剂。这导致了一些圈子对这项技术的特殊性的担忧，也成为Olink在讨论这两个平台及其功能时的一个话题。vwin德赢ac米兰合作例如，在Decode研究报告发布之前，Olink总裁兼首席执行官乔恩•海默在上个月的一次采访中强调，“特殊性”是“我们截然不同的主要要点”。
somamer是核酸适配体的一种改良形式，是一种能够结合蛋白质或其他靶标的核酸试剂。然后可以通过PCR、微阵列或下一代测序等技术读出这些基因。SomaLogic致力于将两种形式的特异性结合到试剂中，通过开发分子，使它们从目标上表现出较慢的解离速率——在真正命中的情况下为一小时或更长时间——而在脱靶结合的情况下为几秒钟的快速解离速率。
结合分子对目标分子的亲和力，在单个分子中提供了两个维度的特异性，该公司表示，这意味着他们可以提供高度特异性的检测，而不需要像三明治免疫分析法那样需要二级检测分子。
SomaLogic的首席执行官Roy Smythe对Decode研究人员的研究结果和对SomaScan系统特异性的普遍担忧提出了质疑。他说，在至少18个月的时间里，该公司一直在检查其检测菜单，并进行质谱下拉实验，以确定其somamer是否与预期目标结合。斯迈斯说，到目前为止，它已经完成了大约一半的菜单，并指出在Decode研究发现的大约三分之一的目标食品中没有独联体pQTL, SomaLogic有下拉数据显示其测试正确地击中了这些蛋白质。他还表示，SomaLogic正在探索将两个somamer用于某些蛋白质靶点，以解决人们对特异性的担忧。
Smythe补充说，这项研究比较了两种平台在两种不同人群中使用的结果，并指出，理想情况下，比较应该着眼于同一研究队列的结果。
“你从两个基因不同的人群中提取了两个不同的样本集，”他说。“我们实际上也知道，样本处理存在一些问题，可能会影响这两个样本集中的一个的蛋白质组学。所以你是在两个不同的样本集上运行两种不同的蛋白质组测量方法，这些特征既没有被控制，也没有被作为研究的潜在缺陷(在论文中)公开讨论。”
他还表示，Decode的研究人员没有按照SomaLogic推荐的方式将SomaScan数据规范化，并指出，如果不这样做，可能会导致生物事件的遗漏，包括独联体pQTLs。
克劳迪娅·兰根伯格是剑桥大学和柏林健康研究所的研究，网址是Charité，他是2021年研究的资深作者自然通讯她说，她认为尚未经过同行评审的Decode预印本是“一篇相当糟糕的论文”。
她说:“我很惊讶，因为(Decode首席执行官和研究的资深作者)Kari Stefansson是一位了不起的科学家。”“他让那份(报纸)发出去，这相当令人惊讶。”
兰根伯格和斯迈思说，他们听说Decode集团正在考虑撤掉预印本。投资银行Stifel的一份研究报告也暗示，这篇论文可能会从预印本服务器上删除。根据BioRxiv根据政策，发表在网站上的手稿不能被删除，但作者可以在他们认为作品有缺陷的情况下将他们的论文标记为“撤回”。Stefansson没有回应对这项研究或Decode将其标记为“撤回”的可能性的置评请求。
Langenberg同时使用这两种系统，他注意到，当只观察两种平台测量的蛋白质时，差异在独联体pqtl变窄，87%的Olink分析检测到a独联体pQTL与SomaLogic测试的59%相比。她认为这一比较比较恰当，应该在文件中更突出显示。她指出，另一个考虑因素是，尽管Olink试验检测到的比例更高独联体pqtl, SomaScan平台，具有更大的检测库，仍然检测到更多独联体总的pqtl——Olink的1459占84%，SomaLogic的4907占38%。SomaLogic的平台目前有7000种蛋白质的检测，而Olink只有3000种。这两家公司计划在不久的将来将他们的平台分别扩大到10000和4500种蛋白质。
兰根伯格说:“如果从7000个pQTL开始，你得到50%的pQTL点击量，这比从3000个pQTL点击量得到50%要多。”“所以这是一个考虑。Decode的研究人员并没有真正讨论这个问题。他们只是谈论相对数字。”
Langenberg同意Smythe的观点，认为根据公司的建议，SomaLogic数据的规范化改进了独联体pQTL检测。她引用了她的团队所做的SomaScan数据与Decode数据的比较，前者是标准化的，后者则不是标准化的。
“尽管Decode(数据集)几乎是它的三倍大，但我们有独联体pqtl使用他们看不到的规范化数据，”她说。
然而，她说，SomaLogic数据规范化的需要“是一件令人头疼的事情”，她指出，这使得比较跨平台的结果变得困难，除非所有实验室都规范化他们的数据，以比较不同小组执行的SomaScan实验的结果。
Langenberg说:“如果你有一个分析，规范化数据和非规范化数据给出的结果非常不一致，那就不好了。”“这使得交叉研究比较非常困难。”
她说她的团队已经决定只报告在标准化和非标准化SomaScan数据中看到的关联否则你怎么验证，怎么复制?”
除了科学问题之外，人们还需要考虑Decode的论文是否会对这两家公司的股价产生影响。这两个Olink而且SomaLogic去年上市。投资银行的研究报告褒贬不一，SVB Leerink分析师Puneet Souda将这篇论文描述为“推动Olink在高复杂性蛋白质组学竞赛中领先”，而Stifel分析师Daniel Arias则对Decode的结果持更怀疑的态度，他引用了外部研究人员提出的类似Smythe和Langenberg的担忧。
在2月20日发布预印本后的几天内，SomaLogic的股价下跌超过10%。在周二的纳斯达克早盘交易中，该股收于8.26美元，较公告发布前最后一个交易日的收盘价9.40美元下跌12%。同期，Olink股价上涨9%，从15.74美元升至17.09美元。