纽约(基因组网)——由乳腺癌慈善机构Side-Out基金会资助的一项临床研究的新数据表明，多组学分析能够提高转移性疾病患者的治疗效果。
根据George Mason大学应用蛋白质组学和分子医学中心的联合主任、该研究的领导者之一Emanuel Petricoin的说法，第二项Side-Out研究的初步结果表明，使用分子数据指导患者的治疗延长了转移性乳腺癌患者的无进展生存期。
这与第一项Side-Out研究的结果一致，该研究发现，在25名受试者中，使用对患者肿瘤的基因组和蛋白质组学分析选择的治疗方案中，13名受试者的无进展生存期与患者最后的治疗方案相比延长了30%以上。
Petricoin说，这一发现是值得注意的，因为典型的无进展生存期随着患者选择不同的治疗方案而降低。
他说:“我们在第一次试验中报告的是，实际上超过一半的患者的无进展生存期增加了。”他补充说，虽然他和他的同事仍在完成第二项Side-Out研究的数据分析，但结果似乎与第一次研究的结果“一致”。
假设新的结果确实显示无进展生存期有类似的显著改善，它们将不仅支持一般的多组学分析，而且支持磷蛋白组学数据，因为这是第二项研究中用于指导治疗的主要数据类型。
两项研究都使用了反相蛋白阵列来测量癌症信号通路中蛋白质的磷酸化水平，使他们能够评估这些通路是否被激活，以确定它们是否可能成为治疗的靶点。然而，第一项研究也使用了广泛的基因组数据，包括临床外显子组测序和Caris生命科学生成的rna水平数据，第二项研究主要依赖于RPPA数据。
Petricoin说，这个决定背后的想法是，磷酸化提供了一个更直接的途径激活的解读，因此在识别候选蛋白和药物靶向网络方面应该特别有信息。
他说:“由于RPPA的内容，我们认为它非常适合这一点，所以我们想测试这个概念。”
然而，在第一项研究中，肿瘤委员会倾向于更多地使用RPPA数据来消除特定的治疗方案，而不是选择新的治疗方案，Petricoin说。
“你可能有一个病人，比如说，下一代测序数据说，‘啊哈，你应该给一个HER2抑制剂，’因为他们是HER2扩增，但在RPPA上我们没有看到HER2激活，”他说。“然后医生会说，‘不，我们不会给HER2抑制剂，因为HER2没有激活，’他们可能会选择另一个基于ngs的靶点。”
这与更广泛的蛋白质基因组学研究的趋势是一致的，该方法的一个新兴应用是观察蛋白质水平的数据，以确定哪些基因组改变与生物学或临床相关。
Petricoin说:“我认为目前医生们最感兴趣的似乎是这种负面选择，而不是‘嘿，NGS说它没有突变，但RPPA说它被激活了’。”
不过，他补充说，在其他工作中，包括通过他联合创立的Perthera和Theranostics Health(现在是Avant Diagnostics的一部分)，他发现医生更愿意选择而不是排除基于RPPA磷蛋白测量的治疗方法。
他举了一个RPPA在这方面的潜力的例子他和其他人通过我是间谍2试验这表明即使在三阴性乳腺癌患者中，磷酸化的HER2和EGFR也有助于预测哪些患者将从HER2抑制剂neratinib中受益。
Petricoin说，他希望在第三个Side-Out研究中进一步建立RPPA数据的有效性，以指导治疗，该研究目前正在登记。他说，该研究将试图确定RPPA数据是否可以确定转移性乳腺癌患者中对CDK4/6激酶抑制剂palbociclib和ribociclib(分别由辉瑞上市，命名为Ibrance，诺华上市，命名为Kisqali)无反应的患者，这两种药物已被批准用于er阳性和her2阴性乳腺癌的治疗。
Petricoin指出，大约20%到40%的患者没有从这些药物中获益，但目前还没有经过充分验证的生物标志物可以识别这些患者。
“我们相信磷蛋白掌握着关键，”他说。“我们将尝试通过测试假设来证明这一点，即通过RPPA观察CDK4/6底物可以预测(患者的反应)。”
除了减少CDK4/6抑制剂的过度治疗外，良好的反应标志物还可以帮助医生更快地转向替代疗法，如MTOR抑制剂依维莫司(诺华上市的产品名称为Afinitor)， Petricoin说，它适用于与CDK4/6抑制剂相同的患者群体。
他说，Affinitor比CDK4/6抑制剂的毒性更大，“但如果我们能确定从(CDK4/6抑制剂)中没有获益的患者，他们的医生可以开始使用Afinitor。”
在这项试验中，Petricoin和他的同事们将使用RPPA来评估一组CDK4/6底物的磷酸化状态，他们假设这些底物可以帮助区分有反应者和无反应者。该试验目前正在全国四个地点招募，预计将持续两年。如果患者被确定使用CDK4/6抑制剂取得进展，将进行另一次活检，该活检将通过前两个Side-Out研究中使用的全套基因组、蛋白质组学和磷蛋白质组学方法进行检测。