纽约(基因组网)- A最近的评论这表明，经过20多年的技术和方法发展，蛋白质组学技术近年来已经发展到可以常规应用于临床vwin德赢ac米兰合作问题。
由诊断公司集成诊断和Sera预后的高管和董事会成员撰写，并于本周在生物技术的最新观点vwin德赢ac米兰合作，这篇文章研究了Indi’s和Sera的多重质谱蛋白质组学测试背后的开发过程，以突出此类努力的最佳实践，并证明，正如他们所写的那样，用于疾病诊断的“血液蛋白板鉴定”“现在是一个可重复的标准(尽管复杂)过程”。
也就是说，作者承认，即使蛋白质组学测试开发的技术挑战已经变得更加可控，监管批准、报销和临床采用的问题仍然是成功商业化的重大障碍。
“蛋白质组学长期以来一直被承诺在临床中产生影响，”Indi的总裁兼首席科学官、该出版物的第一作者保罗·科尔尼(Paul Kearney)说。他说，这篇评论的目的是“让社区意识到这种影响已经发生”，以及“让人们意识到将[Indi和Sera]检测[引入临床]所涉及的技术和策略”。
Indi和Sera是最早将基于选择反应监测(SRM)质谱的多路蛋白质组学测试引入临床的两家公司。2013年，Indi率先推出了Xpresys肺部测试，旨在帮助医生识别通过CT扫描发现的肺结节是否可能是良性的。Sera于2015年推出了PreTRM测试，用于评估孕妇早产的风险。
尽管有不同的适应症，但这两种测试都遵循了相似的发展路径，Kearney说，这向作者表明，他们的方法“是一种通用技术，可以用来将其他测试应用于临床，使用蛋白质组学。”
作者确定了成功开发蛋白质组学测试的六个关键。第一种是使用系统生物学方法来选择大量(数百个数量级)的候选标记来发现，这些标记覆盖了可能被目标条件扰动的多个细胞网络。
“我们不是在谈论单基因疾病，”Sera的总裁兼首席执行官格雷戈里·克里奇菲尔德(Gregory Critchfield)说，他也是这篇论文的作者之一。“我们谈论的是可以用不同方式解剖和理解的复杂生物学。”
因此，分析反映疾病过程多个不同方面的标志物是最终实现必要的临床表现的关键。
同样重要的是，遵循适当的统计准则，以避免过度拟合，以及研究一些基因不同的人群，以解释人群之间的自然变异。此外，作者指出，候选蛋白应该在早期进行评估，不仅要评估其诊断性能，还要评估其分析稳健性，以确保它们能够在临床中准确和可重复地测量。
作者还提出了一种基于肽相关的技术，该技术基于来自同一蛋白质的多肽将具有高度相关的表达水平，从而可以在不使用标记多肽或不需要测量每个蛋白质的大量独特多肽的情况下对目标蛋白质进行自信的定量，这可能会降低检测灵敏度。
他们还强调有必要采取有效的归一化办法来考虑分析前和分析后的可变性。
Sera的首席科学官杰伊·博尼法斯(Jay Boniface)说，医学研究所(Institutes of Medicine) 2012年发表的一篇文章提到了其中的许多考虑因素当前的意见纸。
他说:“我们最近发现，这篇论文中的实体应用了国际移民组织制定的这些规则，并表明，事实上，他们确实最终成功了。”“这使得蛋白质组学和系统方法的应用成为可能。我们突然想到，我们可以向社区提供这些信息，这样(研究人员)就会意识到，这项技术现在已经到了可以应用于临床的阶段。”vwin德赢ac米兰合作
科尔尼建议，更仔细地遵守国际移民组织报告中详细列出的指导方针当前的意见论文可以改善蛋白质组学发现向临床的转化——这是该领域一直挣扎的领域。
他说:“我认为在早期发现工作和之后发生的事情之间存在着巨大的差距。”“通常，早期的发现工作动力不足。我经常看到有20个、40个样本的论文，但它们都没有得到验证。”
“他们也倾向于过度拟合，”科尔尼补充说，“因为当你有那么少的样本时，你总能发现你的案例和对照之间的差异。事实上，在数学上你会发现一些东西，很多这样的研究，他们没有意识到他们注定会发现一些东西。这可能是错误的，但从数学上讲，他们几乎肯定能找到一些东西。”
在这里，科尔尼附和道其他研究人员在该领域，他们观察到，糟糕的统计设计仍然是许多蛋白质组学实验的绊脚石。
Boniface同样指出，虽然学术发现项目的目标并不总是包括临床翻译，但即使在这些情况下，也要注意文献中讨论的某些因素当前的意见纸张是有保证的。
他说:“研究结果进入公共领域显然是相当重要的。”“你希望每个人都能从这些观察中受益，但这一意图的一部分也是为社区提供重现你的结果的机会。”
他说:“想象一下这样一个场景:你已经描述了50种对某种疾病很重要的新蛋白质，但你从来没有确定过其中哪些是分析上可靠的。”“有人试图重现你的数据，但他们让血液凝固了一个小时，这完全改变了一半的分析结果。然后那些试图重现(原始结果)的人会认为他们或你做错了什么。但如果最初的研究人员做了分析评估，并说，‘在这50种蛋白质中，这里是分析上稳健的蛋白质，’那么它就可以让社区重现数据，科学也会更快地发展。”
虽然进一步的技术进步可能会改善蛋白质组生物标记物的开发，除其他外，允许研究人员更深入地研究蛋白质组，论文的高级作者、系统生物学研究所教授、Indi的联合创始人和Sera的科学顾问Leroy Hood说，他认为适当应用现有技术能够常规识别临床有用的蛋白质标记物和标记板。vwin德赢ac米兰合作
他说:“我们已经用Sera预测系统和综合诊断系统进行了两次测试。”“我认为这强烈地表明，如果你正确地提出问题，你每次都可以得到生物标志物。”
然而，作者一致认为，虽然技术和科学挑战现在可能是可控的，但重大的商业挑战仍然存在。
因为虽然Indi和Sera是第一家将基于srm的蛋白质组学测试推向市场的公司，但他们并不是第一家推出多种蛋白质组学测试的公司。包括Vermillion、Crescendo Bioscience、Biodesix、Aviir、Tethys Bioscience和Applied Proteomics在内的公司都将多种蛋白质诊断技术推向市场，用于治疗从卵巢癌到心脏病等多种疾病。这些公司中有许多已经破产或以其他方式破产。即使像Vermillion这样成功维持运营的公司，也很难取得重大的商业成功。
自2013年推出Xpresys Lung以来，Indi本身一直在苦苦挣扎。该公司只售出了大约2000份测试，在2016年将其撤出市场之前，无法获得医疗保险的覆盖。此后，Indi公司开发出了性能更好的第二代Xpresys肺部检测仪，获得了CMS的覆盖范围，并计划将其纳入覆盖范围今年推出但科尔尼承认，这是一条漫长的道路。
他说:“我认为我们正在证明的是，[蛋白质组学诊断的发展]是可能的，而且可以广泛应用。”“另一个问题是，现在风险转移到了哪里。现在风险更大了，你能报销吗?它走出了临床科学的领域，更多地进入了报销策略的领域，也就是公司的融资策略。”
克里奇菲尔德说，通过列出所涉及的步骤当前的意见在评论中，作者希望证明这种方法可以导致成功的测试开发，也可能让研究人员和投资者更好地了解所需的时间和资源。
他说:“我想很多人都不知道这是怎么做到的。”“我们希望发表这项工作来提高人们的意识(这是可以做到的)——这是它的一个方面。我认为第二个方面是要让人们意识到，要想做对，就需要大量的资本。”
“我认为这类公司的资金已经落后于技术能力，这是我们想强调的事情之一，”他说。“我们希望把它作为一个例子，让人们知道，用正确的方法，如果你大写，你实际上可以做一些非常重要的事情，否则是不可能的。”
至于Indi和Sera能否证明这一理论还有待观察。鉴于它已经获得了CMS的覆盖范围，第二代Xpresys肺部检测的前景可能比最初的版本更光明，尽管临床应用仍然存在问题。
至于Sera的PreTRM测试，胡德认为，到目前为止，该公司比Indi做得更容易，他补充说:“他们做得很好，我认为他们的测试状态真的很好。”
Sera于2016年和去年限量推出了该测试签订协议美国实验室公司使该公司成为该测试的美国独家分销商。
当被问及到目前为止测试销售的细节时，克里奇菲尔德拒绝提供具体的数字，他说该公司“刚刚开始推进商业化，我们对所看到的进展感到满意。”