纽约(基因组网)——德克萨斯大学MD安德森癌症中心的研究人员继续将蛋白质组学分析用于指导癌症治疗的临床应用。
MD安德森研究员戈登·米尔斯本周告诉基因组网，基于他实验室的分析癌症蛋白质组图集该项目可在未来18个月内用于医疗中心的患者治疗。
与此相关，Mills指出，随着癌症蛋白质组图谱的工作继续进行，该项目已经越来越多地从分析treatment-naïve患者，转向分析肿瘤变化和进化等问题，以及原发肿瘤和转移瘤之间的差异。
他和他的同事还改变和扩展了他们对样本进行的蛋白质组学分析，以考虑新兴的治疗方案，包括免疫肿瘤学和靶向DNA损伤修复。米尔斯说，目前，研究人员通常在每个样本中测量302个目标，并计划在不久的将来将其增加到500到600个目标。这些样品主要通过反相蛋白质阵列进行分析，该阵列使用阵列格式的细胞裂解液，然后可以用感兴趣的蛋白质的抗体进行探测。
癌症蛋白质组图谱收集了米尔斯和他的同事们参与的各种新成员的数据。他的实验室一直是国家癌症研究所多项计划的主要蛋白质组学资源，包括癌症基因组图谱、特殊响应计划、炼金师精准医学试验、癌症驱动发现项目、癌症试验支持单位和癌症治疗评估计划。
本周，米尔斯和其他TCGA研究人员发表了论文一篇论文在致癌基因详细介绍了该计划对1023例非小细胞肺癌病例的基因组和蛋白质组学分析。
米尔斯说，这项工作最值得注意的发现之一是确定了四种提供不同“治疗机会”的分子亚型。一个很大的子集似乎容易受到检查点抑制剂的影响，如抗pd -1或PD-L1疗法。另一组可能受益于CAR - t细胞疗法，而第三组可能受益于靶向DNA损伤反应机制。
米尔斯说，最后一组显示出p38/MAPK和mTOR信号模式，“它们确实没有被明确地确定与任何特定的肺癌子集有关”，并指出这种信号可能是靶向的。
他说，更一般地说，像在致癌基因研究表明，治疗方法需要“从单一的基因组畸变转变为针对多个基因组畸变信息的整合”。
他说，这种整合“发生在蛋白质水平上”。“仅仅通过观察DNA和RNA是无法实现的，所以我们需要额外的蛋白质信息来帮助我们更好地造福患者。”
Mills指出，虽然早期的工作，如他的TCGA工作，专注于在治疗前描述肿瘤的特征，但他现在转向了分析肿瘤随着时间的推移和对治疗的反应而变化的重点。
他说:“TCGA研究绝对是至关重要的，而且非常重要，但这些研究是一组以前未经治疗的患者，它们为我们提供了不同癌症发生情况的基线。”“我们现在更多的重点放在TCGA未捕获的样本集和类型上。这将是一些事情，比如观察肿瘤在治疗过程中的演变，转移性和原发性，询问局部和远处水平发生了什么变化。”
他说:“对于我们有足够样本量的相对常见的癌症，我认为初步的(基线)分析工作已经完成。”
他补充说，除了探索新的样本类型之外，该领域现在正在对现有数据集进行更先进的分析。
米尔斯说:“你将看到的是(研究)回到这些信息，并以新颖的方式整合DNA、RNA和蛋白质。”他指出，在广泛的癌症中拥有大量的基因组和蛋白质组学数据，已经能够开发出越来越复杂的分析工具。
“令人难以置信的数据宝库允许算法的发展，也提供了建立算法的动力，因为你有东西要研究，”他说。“我们的能力(例如)呼叫突变，通过转录分析来确定肿瘤与基质的含量以及不同类型的基质，并观察DNA拷贝数的变化，这些能力都有了很大的提高。”
米尔斯说，新分析工具的持续开发及其在现有癌症数据集上的应用“可能是下一代的持续过程”。
近期，米尔斯和他的同事们希望开始使用从他们的分析中收集到的见解来指导病人的治疗。为此，他们正在从反相蛋白质阵列平台转移到NanoString的nCounter分析系统，该系统将允许他们同时进行基因和蛋白质测量。NanoString和MD Anderson去年宣布的他们正在合作进行这样的分析。
Mills说，他和他的同事们决定转移到nCounter平台进行临床版本的分析，因为他们认为与RPPA相比，该平台具有更强的健壮性。
“我们仔细研究了(RPPA)技术，真的觉得很难在广泛的基础上做到这一点，”他vwin德赢ac米兰合作说。“因此，考虑到这一点，我们找到NanoString来开发一种条形码抗体方法，允许在NanoString平台上进行多重分析，并进入临床。”
米尔斯指出，RPPA技术的发明者、乔治梅森大学研究人员Lance Liotta和Emanuel Petricoin创立的临床蛋白质组学公司Theranostics Health正在使用该平台进行临床分析，他和他的同事“正在仔细观察Theranostics的结果，以确定(RPPA)是否是一个可行和有用的(临床)平台。”
“但是，当他们这样做的时候，我们已经决定采取不同的方法，”他说，并补充说，他是一些用于基于纳米字符串的工作流程的技术的发明者。vwin德赢ac米兰合作
Mills说，nCounter平台上的检测目前可以通过与NanoString的合同获得，并指出他和他的同事目前正在运行这些检测作为他们验证工作的一部分。
他说，他和他的同事可能需要6个月到1年的时间来充分验证它们，以便在CLIA设施中实施，然后再花6个月左右的时间进行额外的验证。
他说:“18个月的时间能够将这些信息用于患者管理是合理的。”