纽约(GenomeWeb) - NanoString本周宣布了其进入蛋白质组学领域的计划，与德克萨斯大学MD Anderson癌症中心进行了多年合作，在其nCounter分析系统上开发和实施同时测量基因和蛋白质表达的分析方法。
NanoString总裁兼首席执行官Brad Gray告诉GenomeWeb，该公司计划本月在费城举行的美国癌症研究协会年会上试用最初的多组分析，并在今年晚些时候推出更多的分析。
Gray说，MD安德森的合作将专注于开发分析来分析关键的癌症途径和患者的免疫反应，然后MD安德森的研究人员将使用这些分析来预测和监测对癌症疗法和免疫疗法的反应。
NanoString将拥有通过合作产生的研究和诊断内容的权利。
多组分析源于马萨诸塞州总医院的研究，该研究使用NanoString的nCounter分析系统进行蛋白质分析。在一项研究去年出版于科学转化医学由Ralph Weissleder领导的MGH研究人员开发了一种使用与光可切割DNA条形码相关的抗体来定量蛋白质的方法。这些DNA连接抗体检测感兴趣的蛋白质，在此基础上释放DNA条形码，然后可以通过nCounter平台进行量化。
MGH研究员和论文作者Cesar Castro在去年发表这项研究时对GenomeWeb说，nCounter是一个很有吸引力的读出系统，因为它的荧光杂交方法提供了高多路复用和快速的周转时间，同时不需要放大。
Gray说，NanoString将IP授权给了MGH的技术，并一直致力于开发同时测量基因组和蛋白质组学标记的方法。
“自从(MGH团队)发表了[扫描隧道显微镜论文是找到一种方法来实践论文中描述的技术，不仅仅是观察蛋白质，而是同时观察同一样品中的蛋白质和基因表达，”他说。
他补充说:“我们所开发的工作流程允许我们在同一化验中计算RNA目标和抗体的条形码，只是[使用]两种不同类型的条形码。”
NanoString现在的目标是与MD安德森中心系统生物学主席Gordon Mills领导的研究人员一起进一步开发平台和分析。尽管最初的IP是在MGH开发的，Gray指出，MD安德森是一个领先的癌症研究中心，有许多实验室使用nCounter系统。
他还引用了米尔斯在癌症研究中的基因组学和蛋白质组学工作经验。事实上，米尔斯一直是国家癌症研究所癌症基因组图谱(TCGA)计划蛋白质组学方面的主要研究人员，该计划建立了多种癌症类型的基因组和蛋白质组学概况。
格雷说，几个月前，纳米线研究人员展示了该平台同时观察大约750个信使rna、30个蛋白质和几个基因融合的能力。他补充说，通过MD Anderson合作开发的初始检测将具有大约770个mrna和30个蛋白质，并将专注于癌症免疫学。
Gray指出，从本质上讲，这一初步检测由该公司现有的770-mRNA癌症免疫面板组成，并在上面添加了蛋白质含量。
他说:“我们有机会做的是验证人们在基因表达领域看到的实际上代表了蛋白质(水平)上发生的事情，当然，我们知道这并不总是正确的。”“所以我们正在做的事情……至少在这些多组实验的第一个体现中，是选择一些对癌症免疫学最重要的蛋白质，并真正探测这些重要的蛋白质和信使RNA。”
在未来的分析中，合作伙伴将寻求添加蛋白质组学标记，以测量在基因组水平上不明显的磷酸化等事件。
“你可以想象，通过观察肿瘤生长的重要[基因组]驱动因素的水平，你可以推断出肿瘤的通路失调是什么，然后在同样的实验中，通过观察磷酸化事件和细胞信号，你可以确认这实际上是发生在蛋白质水平上的确切激活，”Gray说，并补充说NanoString计划在今年年底启动这样的实验。
在发给GenomeWeb的一封电子邮件中，安德森基金会的米尔斯说，他认为“这种方法的关键力量将在于能够在相同的样本上收集基因组和蛋白质组学数据。”
他说:“在一次检测中将DNA、RNA和蛋白质变化联系起来的能力有望提供更多关于异质性、途径和信号系统的信息。”“我们相信，这些将提供高度互补的信息。”
在去年MGH小组的论文发表后，卡斯特罗将该技术与反相蛋白质阵列进行了比较，后者同样使用抗体来测量蛋白质和蛋白质信号。作为RPPA的大用户，米尔斯指出，纳米线方法可以进行类似的测量，但速度更快，成本更高。
他指出，一个潜在的重大优势是，与RPPA相比，它可以使用更少的细胞。
的确，在原著中扫描隧道显微镜在研究中，MGH的研究人员使用了这种方法来测量单细胞蛋白质。Gray本周表示，该公司最初的多组学分析不会下降到单细胞水平，但这是未来的一个目标。
Gray说，在多路复用方面，虽然nCounter系统一次可以查看多达800个分析物，但在蛋白质方面，多路复用将受到抗体交叉反应性的限制。“你必须找到彼此友好相处的抗体，并验证它们正在起作用，所以这就是我们[同时]观察蛋白质数量的原因。”
在扫描隧道显微镜在一篇论文中，MGH团队在一次实验中成功地复合了大约90种蛋白质。
随着这一举动，NanoString加入了Fluidigm的行列，成为一家进入蛋白质组学领域的基因组学公司。
Fluidigm在这个领域最大的亮点是它的2.075亿美元收购2014年1月，大规模细胞术公司DVS Sciences及其多参数单细胞蛋白分析平台CyTOF 2。
该公司还于2013年7月与Olink Biosciences签署了一项联合营销协议，将两家公司的工具结合起来，创建了一个高通量蛋白质组学平台。除了购买DVS, Fluidigm还计划在今年推出基于CyTOF仪器的单细胞蛋白质组学成像平台。
在过去接受GenomeWeb采访时，Fluidigm总裁兼首席执行官Gajus Worthington指出，该公司现有基因组学客户的兴趣促使其转向蛋白质组学。
去年，他在接受GenomeWeb采访时表示，客户的反馈“非常清楚地表明，要真正进行单细胞生物学研究，就必须进行基因组和蛋白质分析。”
在本周的讲话中，格雷也表达了类似的观点，他说在公司的检测中添加蛋白质组学“真的加强了我们对现有客户的价值主张”。
格雷说，2014年售出的nCounter新系统中，大约75%流向了癌症研究人员。而且，根据该公司自己的内部市场研究，大约85%的癌症研究人员在工作中同时使用基因组学和蛋白质组学。
他说:“通常他们是通过采集样本，然后在两个不同的平台上进行两个不同的实验来做到这一点的。”“我们真正为癌症研究人员提供的是在同一个平台上运行蛋白质组学和基因组学的能力，从而从他们用于实验的非常宝贵的组织样本中获得更多生物学信息。”