临床实验室和研究公司NeoGenomics和瑞士蛋白质组学公司Biognosys最近宣布建立全球战略合作伙伴关系，旨在解决制药客户对蛋白质组学和空间生物学工具日益增长的兴趣。
合作的核心是Biognosys的基于质谱的蛋白质组学工作流程和NeoGenomics的MultiOmyx空间蛋白质组学平台的结合。这两家公司本月在美国癌症研究协会(American Association for Cancer Research)的会议上展示了数据，该研究使用这些技术来识别蛋白质生物标志物，从而预测黑色素瘤患者对免疫治疗的反应。
在这项研究中，来自瑞士Schlieren Biognosys的研究人员使用该公司的数据独立采集质谱仪工作流程TrueDiscovery，对15名黑素瘤患者的石蜡包埋样本进行了福尔马林固定分析，这些患者在免疫治疗后三个月被描述为有反应(9名)或无反应(6名)。同样的样本也通过NeoGenomics的MultiOmyx进行了分析，该软件可以在空间环境中测量数十种蛋白质目标。
质谱分析确定了76种蛋白质在两组之间的差异调节，而MultiOmyx的工作确定了11种蛋白质和各种免疫细胞成分，区分反应者和非反应者。
NeoGenomics的首席科学家和学术合作副主任Anna junker - jensen说，这两种方法可能为免疫肿瘤学和更广泛的制药研究的问题带来互补的数据。例如，她指出，基于质量谱的蛋白质组学工作流程识别了许多被证明信息丰富的蛋白质途径签名，而MultiOmyx平台增加了越来越有价值的空间和免疫表型数据，特别是在免疫肿瘤学研究中。
MultiOmyx系统是最初由GE医疗开发并通过该公司的Clarient诊断服务部门提供服务。该平台使用与荧光染料偶联的抗体，对感兴趣的蛋白质进行批量染色，同时对两种分析物进行染色。然后，研究人员对染色的组织成像，并通过一种专有的方法使荧光染料失效。然后，他们可以用下一轮抗体染色组织，以迭代的方式进行多路复用。
NeoGenomics获得Clarient2015年，该公司为其制药客户提供了一系列技术，包括下一代测序、流式细胞术和空间生物学工具。
容克-詹森说:“我们从来不想因为缺乏化验而不得不拒绝任何研究。”她指出，蛋白质组学是该公司缺乏产品的领域，这促使该公司探索与Biognosys的合作关系。
Biognosys首席商务长克里斯蒂娜•比勒(Kristina Beeler)表示，双方的合作实际上始于几年前。但她说，COVID-19大流行推迟了这方面的努力。AACR的工作是两家公司首次公布合作数据。
对于Biognosys来说，这次合作提供了进入快速发展的空间蛋白质组学领域的机会，这是一个传统上Biognosys没有涉足的领域。
“特别是在免疫肿瘤学领域，人们对空间信息非常感兴趣，”Beeler说。“是免疫细胞，还是癌细胞在表达某种标记?这是我们在这段关系中看到的协同效应之一。空间分辨率不是我们能提供的。所以这两种技术有很好的互补性。”
Beeler表示，此次合作是Biognosys更大努力的一部分，目的是使蛋白质组学成为制药研究的更主流工具，并使其成为临床试验中更常规使用的技术。vwin德赢ac米兰合作她说，该技术在可重复性、吞吐量、成本vwin德赢ac米兰合作和样品要求等方面已经取得了进步，可以得到更广泛的应用。
她说:“在我们公司早期的商业活动中，无偏质谱仪主要被早期采用者用于进行小规模研究的研发环境。”“我们在过去几年看到的是，市场的推动将蛋白质组学纳入临床(研究和试验)领域，并将其与多组学、多模式方法相结合。”
Biognosys今年1月宣布，其蛋白质组学研究设施获得了良好临床实践符合性和良好实验室实践认证，这些进展源于该公司与制药商罗氏(Roche)的合作将蛋白质组学进入临床试验。
Beeler说，在临床试验领域，该公司看到了对其蛋白质组学工具的两个主要需求领域——使用无偏分析进行探索性蛋白质生物标志物研究，以及开发有针对性的面板来为临床决策提供信息。她引用了最近完成的工作制药商卡米拉根据该计划，该公司利用其靶向蛋白质组学平台生成药效学标记，并用于临床试验。
“现在有很多关于蛋白质组学的讨论，”容克-詹森说。她说，特别是在涉及临床样本的制药研究中，充分利用有限数量的样本是一个关键优先事项，这使得蛋白质组学具有吸引力，因为它能够在少量组织中测量数千种蛋白质。
“在那个领域，任何多厅影院都有优势，”她说。
多路复用似乎也在上升空间蛋白质组学空间包括Akoya Biosciences、Standard BioTools、Bruker和NanoString Technologies在内的公司都提供或正在研究能够在空间环境中多重合成100或更多蛋白质的系统。NeoGenomics在MultiOmyx平台上复用了多达60个标记，但junker - jensen表示，使用该平台进行的大多数分析都只关注10到30个标记，她预计对更高水平复用的需求并不大。
相反，她说，在制药客户中，NeoGenomics看到了对更快运行时间和运行小批量样本能力的需求。
“人们想要进行两到三个样本，因为积累很慢，他们现在需要信息，”她说。“我们通常会等到一批有20个(样品)，但现在一切进展如此之快，人们等不及了。”
除了MultiOmyx平台外，NeoGenomics还在Akoya Biosciences的表型imager HT上提供了高通量空间蛋白质组学，每个样本可以复用多达6个标记，每周可复用约300个样本。
junker - jensen表示，公司采取了平台不可知论的方法，并将在新的空间蛋白质组学技术出现时考虑它们，但他指出，公司“花了多年时间优化和完善MultiOmyx的工作流程”。
她说:“如果我们觉得我们的产品存在差距，我们愿意接受新技术。”“但我们有一个良好的平台，它已经运行得非常平稳。”