在最近完成的4600万美元融资的支持下，癌症诊断公司PrognomiQ正在进行大规模的多组学发现研究，以支持其测试开发项目。
PrognomiQ公司拒绝透露其针对的是哪些癌症或临床问题，但该公司总裁、创始人兼首席执行官菲利普·马(Philip Ma)表示，该公司目前正寻求针对特定癌症量身定制检测方法，而不是开发泛癌症检测方法，而且该公司正在针对“这些癌症中的各种不同应用”。
去年夏天接受采访时，以色列投资基金aMoon的普通合伙人伯克维茨(Tomer Berkovitz)说，该基金是总部位于加州圣马特奥的PrognomiQ的负责人首轮融资5500万美元他说，该公司正在开发一种能够区分CT扫描发现的肺癌和良性肺部病变的检测方法，作为其主导产品，尽管马云没有证实这一点。
PrognomiQ是蛋白质组学工具公司Seer的子公司，后者持有该公司约19%的股份。因此，Seer的ProteoGraph平台是PrognomiQ的生物标志物发现工作的核心。ProteoGraph平台是基于观察到的纳米颗粒，当在生物样本中培养时，会收集形成“电晕”的蛋白质。这些纳米颗粒可以作为一种富集工具，让研究人员利用质谱等技术从样本中提取蛋白质进行识别和量化。
从蛋白质生物标志物发现的角度来看，Seer系统具有比传统质谱工作流程更高的通量，为更深入地分析血浆样品提供了潜力。这使得研究人员可以在大的队列中进行发现实验(Ma说PrognomiQ正在研究数百到数千个样本)，同时仍然得到深入的蛋白质组学覆盖。这种高通量和深度覆盖的结合对于PrognomiQ所使用的多组学方法类型也很重要，因为它允许该公司生成在深度和规模上与基因组学和转录组学数据更具可比性的蛋白质组学数据。
在一个2020纸发表在自然通讯在美国，Seer的员工和附属研究人员使用该平台分析了来自非小细胞肺癌患者和健康对照组的141份血浆样本，平均每个受试者识别出1664种蛋白质，所有受试者的蛋白质总数超过2000种。
本月，该公司发布了一项研究在美国国家科学院学报详细介绍了其平台的性能。他们发现，在未耗尽的血浆中，该系统使用2.5小时数据独立采集(DIA)质谱工作流程可以量化1706个蛋白质，使用10小时数据依赖采集(DDA)工作流程可以量化2014个蛋白质。相比之下，传统的30分钟DIA质谱检测684个蛋白质，36小时DDA质谱检测1761个蛋白质。
下一代测序已经允许“大规模、公正的方法来观察不同的[健康]状态，”马说。“这一技术的自然延伸是将其转化为蛋白质，这也是Seer的技术能够实现的。vwin德赢ac米兰合作除此之外，我们还将把所有这些公正、大规模的信息结合起来，提供一个真正互补的角度，一个了解生物学的窗口，在这里你可以看到突变、转录本、代谢物和蛋白质提供了什么信息。”
马晓峰说，除了蛋白质组学，PrognomiQ正在生成核酸水平的数据，包括转录组和甲基化信息，以及大规模的代谢组学和脂质组学数据。
“我们正在一个大规模的发现项目中询问不同的生物样本，并找到那些多分析物标记，”他说。“我们希望，这将导致对各种癌症更高的敏感性和更好的测试。”
来自SomaLogic和Olink的基于亲和力的平台也吸引了研究人员的兴趣，作为多组生物标志物发现的工具，这两家公司提供的吞吐量和覆盖范围都比Seer使用ProteoGraph进行的基于质谱的实验证明的更高。Olink的Explore平台可以在每个样本中测量3000种蛋白质，而SomaLogic的SomaScan可以测量大约7000种蛋白质。
不过，马晓峰指出，PrognomiQ目前还没有使用这两种平台进行蛋白质组学研究的计划。
“你总是希望了解其他技术，并了解它们的位置，但目前我们对Seer平台提供的东西非常有信心。”
根据Seer全年的数据2021年业绩，该公司产生收入220万美元从产品销售到PrognomiQ
马晓峰表示，将PrognomiQ从Seer剥离的决定有几个原因，包括蛋白质组学工具业务和诊断业务有不同的资金需求、不同的时间范围和不同的监管问题。
他表示:“这让我们能够专注于将该技术与其他组学技术以及我们的数据科学一起应用，从而推出最好的(诊断)产品。”vwin德赢ac米兰合作他引用了Illumina最初剥离Grail的例子，尽管他指出Illumina随后决定将Grail重新纳入麾下，但这并没有改变他和PrognomiQ对此事的看法。
马化骏表示，PrognomiQ计划“在未来几年内”在市场上进行测试。他没有说该公司是否计划通过实验室开发的测试将其推向市场，还是通过美国食品和药物管理局(fda)的审核。他拒绝透露该公司是否会建立一个CLIA设施作为其努力的一部分。
马化生表示，PrognomiQ没有计划向外部公司提供生物标志物发现平台，进行收费服务，但他表示，在某些情况下，公司会考虑战略合作，例如，外部公司可以帮助其获取临床样本、数据或技术，从而帮助其自身的诊断开发项目。