从蛋白质生物标记公司SomaLogic和NGS巨头Illumina最近达成的一项协议来看，就像基因组学的过去一样，下一代测序似乎是蛋白质组学的未来。
虽然技术细节仍有待解决，但双方的合作巩固了测序作为基于标签的蛋白质组学的解读选择。
“Illumina公司是杀死它。随着蛋白质组学领域的新技术的开发，与他们合作的趋势非常大，”MD Anderson癌症中心代谢组vwin德赢ac米兰合作学核心设施主任Philip Lorenzi说。他使用SomaLogic的带有微阵列显示的合适体技术，称为SomaScan，以及现有的基于ngs的蛋白质组学方法，如Olink提供的产品。
Illumina的分析将于2024年推出，将包含SomaLogic的7000个目标适体库，但将“迅速发展到10000个目标面板，”Alex说阿拉瓦尼斯，首席技术官vwin德赢ac米兰合作Illumina公司。该检测将针对该公司最高通量的仪器设计:目前，NovaSeq和任何可能成功的仪器。
Illumina表示，它希望能够实现研究人员在每个流式细胞中分析数十至数百个样本，这意味着每个样本的成本低至100美元或更低，这取决于几个因素。“我们希望在NovaSeq流电池上提供类似于条形码计数的应用程序，每个流电池的价格范围在1万美元到13美元之间，000，这取决于所需的循环次数，Illumina的发言人说。基于无偏置、无标签质谱的方法，如串联质谱标记，也可以分析这么多的靶标。Lorenzi估计使用质谱仪的每个样品的成本在500到1000美元之间，需要2到4个小时的仪器时间——串行处理而不是并行处理。
Illumina还计划创建联合工作流，在同一分析中提供基因组和蛋白质组学信息。”许多现有的NGS用户有兴趣将蛋白质组学添加到他们的科学或临床应用中，”Aravanis说。“我们收到了客户对这款产品的主动兴趣，而他们并不知道这款产品即将上市。”
“我很高兴看到他们联合起来，”冰岛DeCode Genetics公司的首席执行官兼创始人Kari Stefansson说，该公司是安进的子公司。“Illumina在提供非常好的仪器方面享有声誉。我希望将这两者结合起来，将会带来非常非常重要的进步。”
＂我绝对相信，使用这样的技术将导致下一个疾病发病机制的大发现雪崩，”他说。
Lorenzi表示，虽然对Illumina来说这无疑是一件好事，但这笔交易对SomaLogic来说是“保持竞争力的必要条件”。说实话，我们已经把SomaLogic排除在外了，因为他们不做NGS。”
基于博尔德的SomaLogic现在加入了少数采用基于nggs的读取的蛋白质组学分析开发人员的行列。例如，瑞典的Olink公司在2020年推出了基于低聚标记抗体的邻近扩展分析，并带有测序读数。此外，Encodia，一个启动由Illumina的前高管，包括Illumina的联合创始人Mark Chee领导，正在开发一种技术，将肽序列信息转换为可以由NGS分析的DNA。vwin德赢ac米兰合作2021年1月，Encodia宣布7500万美元C轮融资由Northpond Ventures和Deerfield Management领投。
但SomaLogic是这些公司中唯一一家提供基于适体的检测方法的公司。适体是一种单链寡核苷酸，可以非常特异性地与蛋白质目标结合。Lorenzi说:“最酷的是[适体]可以覆盖的物理化学空间。”“我所在的小组认为有多达600万种蛋白质形式。这比基因组要复杂得多。适体提供了一种可行的方法来实现对深空的广泛覆盖。”虽然现有的SomaLogic分析使用微阵列读出比质谱仪有更高的灵敏度，NGS可以使其更好。他说:“NGS可以产生1000倍、10000倍甚至100000倍的灵敏度。”甚至可能好几百万倍，”特别是如果分析物的质谱电离效率非常低。
利用测序来识别和计数适体有助于解决蛋白质组学特有的挑战:细胞可以有一种蛋白质的多个副本，其水平可能相差数量级。阿拉瓦尼斯说:“你需要能看到所有这些不同浓度范围的东西。”“SomaScan的一个优点是能够在大的动态范围内对其进行量化。”
Aravanis说，Illumina公司的检测是读出适体序列本身，还是读出包含的条形码序列还有待确定。虽然他不知道是哪家公司先联系了另一家，但他说，Illumina和SomaLogic已经讨论了大约一年。
该协议为SomaLogic首席执行官Roy Smythe提供了预付版税和其他收入考虑因素说在上周的JP摩根医疗保健会议上。阿拉瓦尼斯拒绝就定价问题发表评论，但他表示，他希望“定价，这样它就可以常规进行，研究人员最终可以获得临床实验室。”他指出，Illumina将投入研发资源用于检测技术的开发，就像它对其他产品，如TruSight肿瘤500检测或TruSeq库制备试剂盒所做的那样。
＂这就是投资的水平:开发化验、化学、制造、分析、包装、质量控制、销售和营销。与我们在其他领域所做的工作相比，这是一个全面的刺激开发。”他说，Illumina公司将把检测方法作为自己的产品进行包装、营销和销售，不过“很明显，它包含SomaScan技术”。vwin德赢ac米兰合作它还将开发用于检测的生物信息学工具，就像它的测序产品一样。
在测序技术公司中，Illuminavwin德赢ac米兰合作在蛋白质组学领域遥遥领先，但其他公司正准备进入这一领域。去年,多个研究小组表明他们可以使用纳米孔来检测或测序蛋白质，在8月，华盛顿大学的研究人员报告使用蛋白质报告标签可以在MinIon系统上读取。
Stefansson和Lorenzi都表示，一旦Illumina的检测方法可用，他们将有兴趣尝试它，他们目前都是SomaLogic和Olink的客户。
Stefansson表示:“毫无疑问，SomaLogic和Olink都非常强大，但它们并非完美无瑕。与SomaLogic合作，“我们必须确保适体总是以我们认为它们的目标蛋白质为目标，”他说。＂它们还有改进的空间，但以目前的形式来看，它们是非常强大的。”他补充说，他的公司正在研究SomaScan和Olink的PEA之间的差异，预计很快就会公布结果。奥林克的分析检测到"蛋白质含量远远低于SomaLogic，”他补充道。“他们的工作是增加蛋白质的数量。”
对于Lorenzi来说，使用提出的Illumina分析法的主要缺点是它是一种有偏见的方法。他说:“例如，如果10000种蛋白质的检测菜单不包括任何已知与阿尔茨海默氏症相关的蛋白质，那么该平台可能被认为对阿尔茨海默氏症的研究人员毫无用处。”“鉴于人类蛋白质组估计至少有30万个蛋白质和多达600万个蛋白质形态，似乎许多重要的蛋白质仍将从检测菜单中缺失。”
虽然Illumina可以计算基因和RNA转录本的单个副本，但“该领域的最新信息是，他们还不能计算蛋白质的单个副本，”他说。“今年将公布的几项竞争性技术将声称能够提供单分子或接近单分子的灵敏度，并有可能测量每个生物样本中的数千种蛋白质。”这些技术包括Quantum-Si的单分子分析仪以及Encodia的ProteoCode平台，他补充道。
Illumina最初的重点将是推出一款研究产品，但Illumina和SomaLogic也在开辟通往临床的道路。阿拉瓦尼斯说，Illumina希望开发实验室开发的测试或分布式测试在体外诊断或两者兼有，并指出该公司将负责提交任何监管文件。
“一旦你开始使用(样本中的)蛋白质水平来开发预测疾病风险的算法，这就变得非常有趣，”Stefansson说。“你真的不再是在衡量风险，而是在记录疾病发病的早期步骤。”