制药公司人们对蛋白质生物标志物并不陌生，制药公司正在探索将其用于测量药物疗效和选择临床试验患者群体等任务。
近年来，该行业也开始使用靶向质谱来测量药物吸收、分布、代谢、消除和毒性(或ADMET)研究的生物标志物，而选择性反应监测MS等定量技术提供了可能改进的药物行为建模方法。
“我们现在真正使用(定向质谱)的地方是帮助我们在体外-在活的有机体内辉瑞公司高级科学家拉丽莎·巴洛格说ProteoMonitor她指出，她的团队主要关注药物转运蛋白，了解它可能是预测化合物活性的关键。
临床前转运蛋白表达水平的差异在体外动物模型和药物最终用于的人体系统会限制这种模型的有效性，巴洛格说。通过使用SRM-MS来更好地测量蛋白质表达的这些差异，她的团队希望提高模型的准确性。
“蛋白质转运蛋白表达的变化对我们来说是一个主要的限制因素，”她说。“在这方面，尽管我们知道所有其他的事情，但就定量理解细胞的表达而言，细胞真的是一个黑盒子，这确实会限制模型在预测人类PK或药物-药物相互作用等方面的能力。”
Balogh说，通过免疫测定测量mRNA水平或量化转运蛋白等方法也可以用于这项工作，但她补充说，这两种技术都有明显的缺点。
虽然“很多人使用[抗体方法]，这可能是有帮助的，”她说，“你必须有抗体，在很多情况下我们没有抗体，这可能需要很长时间才能产生。”
“抗体可以有很多交叉反应，”她补充说。“这是使用质谱仪方法进行定向量化的一大好处。如果应用得当，你真的只针对你感兴趣的特定蛋白质，所以你真的没有交叉反应的问题。”
通过基于mRNA的检测，Balogh说:“我们已经看到，由于翻译后机制，mRNA转录水平与实际功能蛋白表达之间可能存在很大的脱节。”
Optivia生物技术公司是一家专门从事药物开发的转运蛋白工作的生物技术公司，该公司业务开发副总裁David Lustig赞同Balovwin德赢ac米兰合作gh的评论ProteoMonitor“最好的答案是真正量化细胞膜上的转运蛋白本身。”
“这就是质谱仪的用武之处，”他说。“如果你能分离细胞膜，冲洗掉细胞内的内容物，只看细胞膜，然后用质谱法来量化那里有多少蛋白质，这就是圣杯，这就是你想要的答案。”
Lustig指出，传统上使这种分析复杂化的是提取质膜(转运蛋白所在的位置)进行质谱分析的挑战。在一次采访中ProteoMonitor然而，上周，日本东北大学药科研究生院的Tetsuya Terasaki教授指出，质谱技术的进步已经使得在组织匀浆样品中测量转运蛋白表达水平成为可能。vwin德赢ac米兰合作
特别是，他的实验室一直在使用AB Sciex的TripleTOF 5600仪器，他说，由于其高灵敏度和低信噪比，研究人员可以使用组织匀浆进行工作。
2010年3月，Terasaki成立了一家名为Proteomedix Frontiers的公司，旨在将靶向质谱技术应用于药物发现和开发，包括ADMET工作（点08/05/2011）．Terasaki说，他的实验室已经开发了400多种蛋白质的SRM-MS分析，这些蛋白质在药物开发中可能很重要，其中包括200多种膜转运蛋白。他的公司计划在今年年底前推出一种试剂盒，用于对美国食品和药物管理局(fda)确定的7种人类转运蛋白进行SRM-MS检测，这些蛋白对监测药物-药物相互作用特别重要。
Balogh说，Proteomedix Frontiers是她所知道的第一家专注于药物研究中基于质谱的转运蛋白定量的公司，但她指出，许多制药公司已经开始在内部做这样的工作。
她说:“这肯定越来越流行了。”“在最近的一次会议上，我们看到来自礼来公司、默克公司的人，当然所有主要的制药公司都有人开始研究这方面的工作。这绝不仅仅是辉瑞的问题。”
Balogh说:“在过去的两年里，我看到了它的大幅增长。”他补充说，虽然在某些情况下仍有方法开发工作要做，但制药公司正在努力将基于质量谱的受体蛋白定量应用到他们的常规药物发现工作流程中，“因为显然，如果你能使这些模型更具预测性，它将加快药物发现过程。”
Balogh的团队主要使用AB Sciex API 4000机器进行工作，她说，尽管“当我们第一次选择肽(用于SRM-MS)时，有时我们会采用更高分辨率的仪器来帮助，因为在这一点上我们没有任何标准，我们实际上需要高质量精度。”
特别是，Balogh说，她的团队一直在使用TripleTOF 5600演示仪器来帮助筛选肽。
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