在努力中由赛默飞世尔科技(Thermo Fisher Scientific)的质谱中心生物标志物研究项目领导，几个领先的蛋白质组学团队已经完成了一项研究，检查了应用于前期蛋白质富集技术处理的临床样本的选择反应监测分析的实验室间可重复性。
据参与者之一、乔治梅森大学的研究人员伊曼纽尔·佩特里钱恩说，这项研究，这篇文章上周发表在《世界卫生组织》的网络版上蛋白质组学研究杂志这表明质谱蛋白质组学的临床可行性越来越高。此外，它还提供了对某些仪器供应商不断演变为诊断参与者的洞察。
该项目汇集了来自赛默费雪公司BRIMS中心、GMU应用蛋白质组学和分子医学中心、多伦多大学癌症检测高级中心、约翰霍普金斯大学生物标记物发现中心等机构的科学家，着手测量使用前期富集技术分离的许多临床相关蛋白质生物标记物的SRM-MS测定的跨实验室变异系数。
为此，他们在Thermo Scientific TSQ量子超三重四极杆仪器上为四组分析物开发了标准操作程序:由约翰霍普金斯大学研究员Daniel Chan开发的n -链糖化富集程序富集的人血清中的前列腺特异性抗原;由GMU研究人员Alessandra Luchini, Lance Liotta和Petricoin开发的纳米颗粒技术富集的人类尿液中的垂体人vwin德赢ac米兰合作类生长激素;赛默飞世尔MSIA技术富集人血清PSA的研究vwin德赢ac米兰合作和未富集的精浆蛋白。
在四个实验室中对这些分析物进行SRM分析，研究人员获得了低至5%的实验室间cv(精浆蛋白中的一种多肽)和高达30%的纳米颗粒PHGH。在测试的9种SRM检测中，7种显示了21%或更低的跨实验室cv。
Petricoin告诉记者ProteoMonitor，他认为，虽然还需要进行大量的测试和优化，但“你也许可以开始看到蛋白质组学领域的临床质谱分析如何与小分子领域几十年来发生的事情相匹配的潜力。”
他将基于质谱的临床蛋白质组学面临的挑战描述为“一种三维立方体的障碍”，观察到研究人员同时受到吞吐量、技术性能和成本等连锁问题的困扰。
就像在其他类似的项目中一样——也许最引人注目的是SISCAPA分析技术公司首席执行官利·安德森与安捷伦和布鲁克的持续合作（点12/2/2011)JPR团队通过使用预先富集程序来解决这些问题，该程序旨在在质谱分析之前集中感兴趣的分析物。
在样品制备过程中富集目标分析物增加了它们的浓度，使它们更容易通过质谱检测，从而提高了SRM分析的cv。它还降低了样品的复杂性，允许使用高流量色谱，而不是蛋白质组学工作中经常使用的纳米流系统。使用这种更可靠的色谱进一步改善了cv，同时也提高了通量，这是临床实施的关键。
Petricoin说:“你可以使用非常敏感的(纳米流- lc)方法获得良好的简历，但这样你的吞吐量就会低得难以维持。”“因此，我们试图在不牺牲分析灵敏度或精度和准确性的同时，达到吞吐量的最佳点。”
“我们能够证明的是，即使在真实的临床材料中使用样本富集步骤，我们也能够在某种临床诊断范围内获得cv，”他补充说。“因此，从理论上讲，如果你要开发一种使用样本富集步骤和基于高流速srm的工作流程的协议，你可以开发一种工作流程，允许每天分析大量的样本，并且cv在临床诊断环境中是可行的。”
据BRIMS中心主任玛丽·洛佩兹(Mary Lopez)说，利用其MSIA技术公司，研究人员每天可以运行数百个样本。vwin德赢ac米兰合作在JPRPSA亚型的MSIA SRM-MS检测显示cv为13%和18%。
该研究中测量的cv仅占工作流程的SRM-MS部分，不包括样品准备或浓缩步骤。Petricoin说，在这一过程中测量简历是研究人员前进的目标。
在这一轮中，“我们只想分离SRM检测本身，看看下游质谱仪方面的东西是否能产生可接受的跨实验室精密度和准确性，”他说。“现在我们有了这些，下一步将是采用样品制备方法，并让这些样品在四个不同的实验室独立运行，然后我们可以评估该变量对CV的影响。”
他指出，这项研究是赛默飞世尔在2007年发起的一项长期研究的一部分，该研究旨在研究SRM-MS作为临床蛋白质组学平台的潜力。2010年，研究人员发表了一篇论文最初的纸-也在JPR-研究SRM-MS用于测量人血浆中添加的多肽和标准物的跨实验室重复性。
洛佩斯说，项目的前两个阶段已经完成，赛默飞世尔现在正在寻求实施一些“从汤到果”的工作流程ProteoMonitor该公司已与陈在约翰霍普金斯大学的实验室合作，将MSIA技术纳入到PSA的SRM分析中，陈正在作为国家癌症研究所临床蛋白质组学肿瘤分析联盟的一部分进行研究。vwin德赢ac米兰合作她补充说，该公司还与华盛顿大学圣路易斯分校的研究员里德·汤森合作，将MSIA纳入他的CPTAC工作中。
Petricoin还建议，参与者在未来可能会建立某种验证试验，“我们可能会采取(研究人员的)特定的生物标志物，他们无论如何都试图验证，并在这个过程中建立实验室间的分析。”
Petricoin补充说，一些研究人员已经讨论过这个想法。然而，他说，他们一直在为这样一个研究从哪里获得资金的问题而挣扎。
确切地说，谁将为蛋白质生物标记物验证埋单已被证明是推动基于质谱的蛋白质组学进入临床的一个令人烦恼的问题。虽然不缺乏识别各种疾病的潜在生物标志物的研究，但事实证明，严格验证这些标志物的工具和资金更难获得。
在上个月举行的美国质谱学会年会上，来自几个主要临床参考实验室的代表对目前临床蛋白质组学的潜力持悲观态度（点5/25/2012)．
然而，尽管前景黯淡，基于质谱的蛋白质组学还是有一些积极的迹象。例如，本周，Quest Diagnostics公司推出了新的LC-MS/MS甲状腺球蛋白治疗后监测测试——一种用于测量甲状腺球蛋白的质谱测试，以帮助监测甲状腺癌手术后的复发。
在更大的范围内，大型质谱供应商持续投资于临床质谱研究，如sims主导的JPR工作。尽管许多研究人员和临床医生仍然对缺乏工具和资金来弥合发现和临床实施之间的差距感到沮丧，但许多大型质谱仪公司，包括赛默飞世尔(Thermo Fisher)、安捷伦(Agilent)和布鲁克(Bruker)，都在努力开发临床验证工作流程，并且根据Petricoin的建议，可能会过渡到成熟的诊断机构。
他说:“Thermo公司收购Intrinsic Bioprobes是有原因的，他们这样做不仅仅是为了销售更多的(质谱仪)盒子。”“我认为这是不祥而兆，尤其是在目前的经济形势下，不会有那么多人会花80万美元购买(Thermo Scientific的Orbitrap) Velos。所以市场很快饱和，这些供应商要么进入吉列模式，试图销售大量用于临床分析的消耗品，要么自己开发分析方法，开始提供诊断测试，并围绕测试方法开发[知识产权]。”
Petricoin说:“我怀疑在未来几年，我们将看到AB Sciex和Thermo等公司宣布针对特定疾病的临床诊断和510(k)批准。”“这是有先例的，”他补充道，并引用了通用电气、西门子和飞利浦等成像公司的例子，“他们开发了MRI和PET等产品，并正在转变为诊断公司。”
事实上，除了bms领导的合作，或者安捷伦和布鲁克与安德森的合作，质谱公司在最近几个月已经做出了一些暗示临床雄心的举动——从安捷伦收购癌症诊断公司Dako（GWDN 5/17/2012)并在美国食品和药物管理局注册了无限系列1200液相色谱系统和6000系列质谱系统作为I类医疗器械（点1/20/2012)；AB Sciex宣布计划在FDA注册某些质谱仪（点3/16/2012)．
洛佩兹也认为，供应商越来越表现出临床倾向。“Thermo就是一个很好的例子，”她说。“在BRIMS有一个生物标志物转化中心，我们有一个内部客户——赛默飞世尔的临床诊断部门——我们为他们做发现，然后他们看看商业可能性，以及这些东西是否可以发展成诊断。你可以在其他供应商身上看到这种情况。”