经过五年的规划上周，人类蛋白质组学组织的蛋白质组学标准倡议发布了第一套专门针对蛋白质组学社区的模块。
根据PSI倡议定义实验报告标准(称为蛋白质组学实验的最低信息，或MIAPE倡议)的跨工作组主席克里斯·泰勒(Chris Taylor)的说法，下一组涵盖凝胶信息学、柱层析和毛细管电泳的模块预计将在春季发布。
他还是欧洲生物信息研究所和英国自然环境研究委员会环境生物信息中心的高级软件工程师。
第一个报告模块于去年发布，并不是直接针对蛋白质组学研究，它被称为报告分子相互作用实验(MIMix)所需的最低信息点08/16/07]。
因为这些模块是建议而不是规则，所以研究人员无需对它们负责。但随着蛋白质组学实验的质量和由此产生的数据受到越来越多的审查，研究人员正被迫使他们的工作更加透明，而这些模块是帮助他们改进数据报告的一种方式。
泰勒说:“真的，关键是要有足够的信息来理解人们给出的结果。ProteoMonitor本周，参考每个模块的目标。“关键是，目前很难或不可能获得你需要的(数据)来清楚地了解一个结果是如何实现的，因此你不能真正相信这些结论。”
这三个模块的发布也标志着PSI在定义蛋白质组学标准方面迈出了重要一步。泰勒说，制定这样的指导方针的想法起源于五年前，从那时起，大部分工作都花在试图就应该包括什么达成共识，召集志愿者帮助起草指导方针，然后起草指导方针，并根据PSI收到的反馈对其进行调整。
虽然每个模块都是为蛋白质组学中使用的主要技术而设计的，但质谱分析指南可能最受研究人员的关注。质谱除了是蛋白质组学的主导技术外，也是对生成的科学数据的质疑和怀疑最vwin德赢ac米兰合作普遍的地方。
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“实际上，关键是要有足够的信息来理解人们提出的结果。” |
泰勒说:“很明显，质谱仪是一个备选方案。”“它总是第一个完成的……因为它对蛋白质组学绝对至关重要。”
MIAPE质谱仪指南处理了研究人员在报告他们如何做实验时应该包括的信息，但并不意味着对一种研究方法的推荐。
质谱仪模块上寻求的信息包括仪器的离子源类型，所使用的软件类型，后源组件，以及用于生成和注释光谱和峰值列表的内容。
根据泰勒的说法，遵守指导方针的时间和精力应该是“很小的……因为用质谱仪是非常简单的。”同样地，遵循质谱仪信息学指导方针需要最少的工作，“因为整个事情都是计算机化的。你想要的所有信息都在某个地方的电脑里，”他补充道。
实现凝胶电泳指南中概述的指导方针将更加劳动密集，但在最初的合规尝试后应该变得更容易。
在测试指南的试运行中，“我们得到的反馈是，第一次花了很长时间。第二次要快得多”，因为研究人员对这个过程更加熟悉，报告工作流程也就位了，泰勒说。
对于质谱仪模块，工具和仪器供应商约占作者的三分之一到一半自然生物技术vwin德赢ac米兰合作纸。Taylor说，尽管供应商和学术研究人员之间以及竞争供应商之间可能存在分歧，但各方都在努力开发这个模块，并认为最终它将使整个社区受益。
“就既得利益而言，没有真正的输家，也没有真正的冲突。我认为每个人都看到了同样的事情:这对每个人都有好处，”他说。
尽管如此，还是需要一些互谅互让:由于质谱可以生成大量数据，要求研究人员报告他们工作的每一步是不现实的。
泰勒说:“你试图在有价值的东西和不那么有价值的东西、容易得到的东西和很难得到的东西之间进行权衡。”他说，在指导方针的审查阶段，他从蛋白质组学社区收到的反馈告诉他，当前版本的模块“是人们(从报告的信息中)获得多少和(研究人员)必须投入多少之间的明智妥协”。
拉开帷幕，提高门槛
MIAPE指南是近年来制定的一系列策略之一，旨在通过揭开科学家如何工作的帷幕来提高蛋白质组学实验的标准。
在2004年,分子与细胞蛋白质组学开始要求研究人员提供更多的数据和更深入的信息，以包括在发表的手稿中。从那以后，其他一些期刊也提出了类似的请求。美国国立卫生研究院(National Institutes of Health)等资助机构也在要求提供更多有关研究人员如何进行实验的信息，作为资助过程的一部分。
然而，朝着更大的透明度和更高的报告标准迈进并不总是受到研究人员的欢迎。去年，加州大学旧金山分校的罗伯特·查克利告诉ProteoMonitor以至于许多科学家仍在为如何满足期刊对更多数据报告的要求而苦苦挣扎点09/06/07]。
为了减轻人们对MIAPE报告标准会给研究人员带来负担的担忧，并证明该倡议的合理性，PSI去年发表了一篇概述MIAPE目标的母论文。
Taylor说，在PSI开发MIAPE和报告标准模块的五年中，蛋白质组学界的态度已经改变，但对透明度的需求并没有改变。事实上，有问题的实验数据和蛋白质组学研究的实质性成果的匮乏让大型制药公司对这门科学持怀疑态度，并促使蛋白质组学领域审视自己的不足。因此，思想领袖们正在敦促他们的研究人员承担更大的责任。
然而，泰勒说，研究人员仍然没有以标准的方式密切关注他们的实验，因此他们的实验步骤的信息正在丢失。但是他说:“流行的观点是，你现在真的需要认真思考你如何进行蛋白质组学研究，所以有了关于其他人的方法的信息，你就可以确定他们做了你个人认为是好的工作——我认为人们现在更看好这一点。”
所有的MIAPE模块都是基于它们将随着技术的发展而改变的理念而创建的。vwin德赢ac米兰合作例如，如果另一个主要的离子源出现并改变了场，质谱模块将被重新起草以反映这一点，泰勒说。
泰勒说，除了已经发布或计划发布的七个模块之外，PSI和微阵列和基因表达数据协会一直在讨论为肽和蛋白质阵列创建一个模块，尽管重大进展可能要到明年才能实现。
任何这样的模块都必须考虑到数组布局是非常通用的，以及其他项目(如关于微阵列实验的最小信息和去年发布的MIMix模块)解决了数组使用的一些元素的事实。
泰勒说:“最重要的是，如果要以一种服务于社区最广泛的方式正确地完成它，这是很复杂的。”