纽约(基因组网)-随着狗基因检测业务的发展，直接面向消费者的检测和饲养者和兽医的兴趣增加，越来越多的人担心该行业缺乏监管和质量标准，导致错误的检测报告，这可能会对狗和它们后代的健康产生负面影响。
因此，犬舍俱乐部和测试提供者呼吁制定和实施标准。但是，尽管许多犬类基因测试参与者同意需要制定规则和指导方针，但他们对标准应该是什么样子持不同意见。
例如，上个月，来自美国、英国和奥地利的四家犬类测试实验室提出了一项一套标准和准则这与人类基因检测的既定规定密切相关。与此同时，国际狗狗伙伴关系(IPFD)，一个由许多国家养狗俱乐部和公司赞助的非营利性组织，一直在开发一种测试实验室数据库这包括有关认证和质量指标的信息。此外，在缺乏外部能力测试项目的情况下，一些犬类基因实验室开始与志同道合的同行进行非正式的质量测试。
犬类基因检测近年来发展迅速，爪印基因(Paw Print Genetics)和登博兽医(onboard Veterinary)等新参与者出现，检测量迅速增长。例如，玛氏宠物护理(Mars Petcare)的子公司智慧健康(Wisdom Health，前身为玛氏兽医(Mars Veterinary))提供犬类和猫科动物基因检测，预计今年将对25万至30万份样本进行检测，其中大部分是消费者订购的。
虽然一些实验室，如Paw Print和OptiGen，主要提供有针对性的诊断测试，并倾向于迎合育种者，但其他实验室，包括Wisdom Health和boarding，提供基于微阵列的基因疾病风险筛查测试和品种识别，目标是狗主人、育种者和兽医专业人员。
然而，专家表示，由于缺乏标准，该行业一直在努力解决影响一些实验室的质量问题，这可能会导致混乱，在某些情况下，还会导致培育出患有可避免遗传疾病的狗。
位于华盛顿州斯波坎市的Paw Print Genetics公司提供180多种不同的测试，其创始人兼首席执行官丽莎·谢弗(Lisa Shaffer)以她的实验室测试的一对拉布拉多寻回犬为例。其中只有一只被发现是一种隐性疾病的携带者，所以它们可以安全繁殖。他们的幼犬在另一个实验室进行了测试，结果显示，有一半的幼犬是这种疾病突变的纯合子。在免费重新测试猫砂后，爪印发现另一个实验室的结果是不正确的，可能是由于等位基因缺失，这可能是通过额外的质量检查发现的。
谢弗说，这不是一个孤立的案例，她的实验室每个月都会遇到好几次这样的案例。她说:“我们经常看到这种情况，我们几乎从世界上所有的实验室都发现了错误。”因为狗是跨国界共享繁殖的，Paw Print有时会在测试它们的后代时发现差异。“这并不是说Paw Print从不犯错——每个实验室都会犯错，”她说，但标准将有助于减少测试错误。
OptiGen的经理Sue Pearce-Kelling也认同这种观点。OptiGen是康奈尔大学在纽约伊萨卡的一个分支机构，主要为育种者提供各种犬类基因测试，今年早些时候被Wisdom Health收购。她说:“我们在这个领域看到了一些非常低劣的选手，他们发布了错误的结果，看到这样的结果令人心碎。”例如，一只被错误地宣布没有疾病突变的狗与另一只已知疾病携带者的狗繁殖，导致一部分幼崽感染了这种疾病。
美国养犬俱乐部(AKC)犬类健康基金会的首席执行官黛安·布朗(Diane Brown)表示，目前还没有实验室发布错误基因检测报告的频率的确切数字。“然而，我们听说不同公司之间的检测结果不一致，检测结果是针对从未报告过/也从未发生在某个特定品种的情况提供的，还有很多私人控股公司在寻找准确的检测结果和/或对结果的解释方面存在问题，这些公司现在积极地直接向消费者宣传狗的基因检测，”她在一封电子邮件中说。
总部位于英国的犬舍俱乐部(Kennel Club)数量遗传学和遗传学研究经理汤姆•刘易斯(Tovwin德赢ac米兰合作m Lewis)表示，随着育种者开始进行基因检测，技术和成本壁垒降低，供应商的数量近年来有所增加，而这些供应商经常在价格上展开竞争。他在一封电子邮件中表示:“尽管我毫不怀疑绝大多数供应商都是专业运营的，但虽然没有质量标准或指导方针，仍有可能出现粗制滥制或不择手段的做法。”“这可能会导致基因库不必要的缩小，或者在最糟糕的情况下，产生受影响的幼犬——这正是基因检测所要避免的问题。”
犬类DNA检测缺乏监管是导致检测质量变化的主要原因。“这是过去完全缺乏的东西。(该领域)确实仍然非常自我监管，”皮尔斯-凯林说。
谢弗说，尽管美国兽医病理学实验室(大多数附属于大学)得到了美国兽医实验室诊断协会的认证，但这并不包括兽医遗传学实验室。在与人共同创建并运营了人类遗传学实验室Signature Genomics多年之后，当她创办Paw Print Genetics时，她期待着类似的法规，类似于CLIA认证、美国病理学家学院(CAP)认证或美国医学遗传学和基因组学学院(ACMG)的标准和指南。她说:“我们非常震惊，在美国，对基因兽医实验室的监管为零。”
尽管如此，她把爪印建立得像一个人类基因实验室，并遵守ACMG标准。她说:“我们不能参加CAP或ACMG的外部能力测试，因为这都是针对人类的……但我们仍然遵循这些指导方针。”
上个月，Shaffer和来自奥地利Feragen公司、英国动物DNA诊断公司和密歇根VetGen公司的同事们发布了一套建议的犬类临床基因检测实验室的标准和指南人类遗传学，他们改编自ACMG标准。“并不是所有的东西都适用于犬类测试，因为很明显，狗不会说话，”她说。
她解释说:“事实上，标准和指南的主要目的是试图把实验室聚集在一起，全面改进。”“如果实验室至少尝试采用这些标准和指导方针，我认为我们会看到更少的错误在这个行业。”除了这些指导方针，谢弗还开发了一份实验室可以用来评估自己的检查清单，她希望能尽快发表。
目前，甚至连Paw Print自己也不能检查清单上的所有选项——例如，谢弗说需要对其网站进行一些修改——但在实验室方面，该公司确实遵守了所有要求的标准，她相信其他公司也可以这样做。她说:“我希望他们也能利用这些标准和指导方针来改善内部状况。”
与此同时，IPFD一直致力于犬类基因检测的协调性(HGTD)倡议的目标是提高检测标准化，它的支持者包括许多犬类基因检测实验室，包括登博、爪印、OptiGen和智慧健康，还有许多犬舍俱乐部是其赞助商。
HGTD维护着一个犬类基因检测实验室的在线数据库，该数据库目前列出了来自17个国家的59家提供商，包括其中26家的质量保证和认证信息。根据IPFD，法国养犬俱乐部现在要求来自参与HGTD计划的供应商的测试结果写入其官方记录，并希望其他养犬俱乐部也能效仿。
根据其网站，2019年，HGTD计划建立一个专家小组，审查基因检测资源，并为消费者提供交互式教育工具。此外，它正在寻求协调犬类基因检测的命名法。
在一个文章发布本周在IPFD网站上，首席执行官Brenda Bonnett评论了Shaffer团队的标准和指南文件，指出动物实验室“当然可以使用附带的资源/清单作为质量改进自我评估的一部分。”
她写道:“希望这篇论文能引发关于作者指南是否反映了最低必要标准的讨论。”“然而，目前——或者说即将到来——没有任何机构或组织能够实施这些要求、评估实验室或进行监管。”
Bonnett还警告说，可能没有多少实验室能够满足所有提议的最低标准，他指出，许多犬类基因检测是在小型学术实验室开发的，这些实验室“在组织、程序、人员、工作人员的专业知识等方面各不相同，但……通常可能无法满足人体测试标准。”
尽管如此，实验室不应该被免除“合理的质量保证水平，但对于什么是可接受的水平，仍可能存在问题，”她写道。虽然质量低劣的结果提供者无疑存在，但其他实验室可能能够产生准确的结果，“即使没有所有这些质量措施。”我们面临的挑战是，从不太好的或足够的东西中分辨出什么是好的或足够的。”
如果社区决定遵循谢弗论文提出的标准，“我们可能会以一个gtp更少、消费者成本更高的犬类基因检测领域结束，”她补充说。“(这)是件好事吗?”有可能，但会有其他不太理想的副作用吗?”
另一些人则认为质量标准是必要的，因为如此多的小实验室进行自己的测试。俄亥俄州费尔菲尔德市DNA诊断中心(DDC)的首席技术官迈克尔·贝尔德(Michael Baird)在一封电子邮件中说:“目前商业公司提供的许多基因检测都是实验室开发的检测，可能是提供检测的实验室所独有的。”“如果没有质量体系，实验室就有传播不正确结果和结论的风险。”
和Paw Print一样，DDC也遵循人类基因检测所用的相同标准，主要是因为它每年也检测100多万份人类样本，包括亲子鉴定和法医检测，并获得了几个组织的认可。他说:“DDC为包括犬类在内的所有基因检测建立了一个通用的质量体系，其中包括所有必要的元素。”他说，虽然犬类测试在DDC设施的另一个部分进行，并使用专用仪器，但它遵循与实验室其他部分相同的标准和协议。他说，有一个遵循Shaffer文章中列出的标准的清单是有用的，但还需要更多。“这将需要一个独立的组织来制定适当的标准，提供熟练样本，并对提供犬类基因检测的参与实验室进行检查，以实现目前对人类基因检测的监督。”
不过，实施实验室标准是有代价的。例如，谢弗雇用了具有遗传学和兽医学博士学位的工作人员，爪印的测试用两种引物对每个突变进行检查，这增加了实验室的间接成本。因此，它的价格被其他产品所压低。“有一家实验室提供25美元的检测服务，我很抱歉，但25美元是做不到高质量分子遗传学的，”她说。
OptiGen的Pearce-Kelling同样表示，她的公司在2012年决定采用ISO 17025实验室标准，结果证明是昂贵和劳动密集型的。“获得认证需要投入大量的资源、时间和金钱，”她说，“而且肯定不便宜，尤其是对OptiGen这样的小型实验室来说，”员工不到10人。
“但在我看来，这是一个实验室对质量控制的承诺的重要表现。每个人都可以自我调节，直到牛回家，但只有当你有外部第三方来做评估……你才能确信，这不仅仅是你拍着自己的背说‘我们做得很好’，”她说。
她说，虽然ISO 17025实验室标准涵盖了质量保证的许多方面，但它没有涵盖的一个领域是基因检测的临床有效性，而IPFD计划通过论坛来解决这个问题。
皮尔斯-凯林说，总的来说，她欢迎对犬类基因检测实验室进行强制性认证。“每个人都会抱怨这太辛苦、太昂贵了，是的，有时候看起来有很多文书工作，但至少它向外界证明了你的投入，证明了对你来说获得认证足够重要。”
如果没有这样的授权，在没有人投资质量保证的情况下，实验室就没有什么动力去投资，“因为你必须竞争，还要继续做生意，”她补充说。
其他的狗基因测试供应商已经将他们的测试外包给其他实验室，这些实验室保持着自己的质量标准。例如，玛氏的智慧健康公司将其测试外包给内布拉斯加州的Neogen GeneSeek，以及丹麦的Eurofins实验室。据Wisdom Health的兽医遗传学研究经理安吉拉·休斯(Angela Hughes)说，这些实验室拥有ISO 17025认证，而且Wisdom Health已经制定了计划，至少每年对其使用的实验室进行审计，并对它们进行全年监控。她说，这些实验室也“符合[谢弗]文章中概述的质量标准”。
同样，据公司首席执行官Ryan Boyko介绍，该公司将其测试外包给另一个实验室，该实验室获得clia认证，保持ISO 13485认证，由基因分型专家管理。他在一封电子邮件中说:“从高水平上讲，我确实认为为犬类DNA检测制定标准很重要，我赞赏为实现这一目标所做的努力。”然而，他对Shaffer论文中提出的标准有一些担忧，他说，这些标准似乎不包括非pcr基础的基因分型分析，如雅登公司使用的Illumina SNP阵列。此外，他说，即使检测外包给场外实验室，也可以获得高质量的结果，而且临床主任的董事会认证可能不能确保有关检测、分子方法和与犬类或某些品种相关的特定问题的最新知识。
他说:“我认为这些作者是在回应行业对标准的真实需求，他们对其中一些标准提出了很好的建议。”“然而，我也认为他们提出的标准代表了一种特殊的观点。”相反，他说，检测供应商应该看看美国食品和药物管理局(fda)批准直接面向消费者的人类基因健康风险检测所用的标准，比如23andMe的标准，“然后只在有意义的地方更改标准，因为两种物种在检测解释和使用案例方面存在差异。”
无论犬类实验室最终会遵循什么样的标准，目前还不清楚由哪个机构来执行。一个选择可能是各种各样的国家犬舍俱乐部，它们可能要求一定的基因检测质量标准，以便将狗登记到它们的品种健康登记处。皮尔斯-凯林说:“我认为，在这一点上，他们是最好的看门人，能够说明他们将接受什么样的结果以及为什么接受。”
目前还不清楚哪个组织可能能够实施一个外部能力测试项目，狗的基因测试实验室可以用它来评估自己。皮尔斯-凯林说，这是HGTD计划的一个重点，她预计这样一个项目将在未来一两年启动。
根据HGTD计划的项目主任Aimée Llwellyn-Zaid的说法，这个能力测试项目是由英国动物健康信托组织的合作者带头进行的，已经取得了一些进展，但由于缺乏资金，目前还没有启动的时间表。
与此同时，一些实验室正计划进行非正式的能力测试。谢弗说，她计划开始在多个合作实验室之间发送盲法DNA样本，其中包括她论文的共同作者。
皮尔斯-凯林说，她的实验室已经与其他实验室共享参考对照，包括与智慧健康相关的实验室和友好的竞争对手，尽管OptiGen没有参加任何正式的能力测试。
根据Baird的说法，DDC已经参与了一些来自CAP的人类能力测试调查，并在没有能力测试的情况下进行内部测试。他说:“一个外部分级的熟练程度计划是确保质量测试的重要方法。”