Agena Bioscience公司正准备商业化推出一种分析前质量控制检测方法，该方法有望提高液体活检检测的效率。
在本周举行的2020年分子病理学虚拟协会年会上，一名早期访问用户提供了这种名为Liquid IQ的检测方法的验证数据，以及它可能如何与该公司基于UltraSeek循环肿瘤DNA (ctDNA)的肺癌突变小组结合使用。
该公司还讨论了最近的研究结果，比较了研究用途UltraSeek在非小细胞肺癌(NSCLC)中检测耐药突变的更成熟的液体活检试验。
Agena的液体智商测定法可以确定患者血液样本中游离细胞DNA (cfDNA)的质量和数量。从样品中提取50 μl ~ 100 μl的ctDNA，使用1.5 μl的DNA，可在8小时内产生结果。
在研讨会期间，荷兰格罗宁根大学医学中心分子肿瘤病理学教授Ed Schuuring解释说，该分析报告提供了易于识别的总扩增副本、白细胞污染、长DNA片段的存在以及样本匹配或不匹配。该报告还列出了可能由于劣质或低质量DNA而导致质量控制失败的样本。
在一项被杂志暂时接受的研究中癌症，舒林和他的同事使用Liquid IQ来评估和量化阿吉纳UltraSeek肺面板中使用的循环cfDNA。研究小组从48名非小细胞肺癌患者中选择了91个血液样本，代表随机的疾病分期、时间点和治疗方法。然后，研究小组将使用Liquid IQ的循环cfDNA产量与使用Thermo Fisher科学公司的量子比特荧光计检测试剂盒获得的结果进行了比较。
Schuuring展示了一个用Liquid IQ评估的样本的数据，其中包括SNP调用的数量，可扩增拷贝，以及最重要的是，在下游检测中，输入10ng可扩增cfDNA时，用户应该拥有多少微升DNA。他还强调，测试和量子比特之间有很高的相关性。
舒林认为，Liquid IQ可能有助于循环cfDNA的质量评估和量化，这通常是“相当费力的工作”。
舒林解释说:“因为PCR反应可能偏向于更大的片段，[测试]可以确定样本中存在高分子量片段。”“该测试还包括SNP标记，以控制可能使结果复杂化的混淆”。
在随后的邮件中，Agena科学事务副总裁Darryl Irwin解释说，该公司在2019年向“关键合作者”提供了Liquid IQ检测作为早期访问产品。此后，Agena优化了该检测方法，以提高对白细胞和长片段DNA污染的敏感性。
Irwin表示，Agena预计将在明年1月推出优化后的iPlex Pro Liquid IQ面板，目的是让用户在“开始昂贵的液体活检工作流程”前识别多个问题。
非小细胞肺癌比较研究
Schuuring还概述了他的团队最近对不同ctdna方法的比较，这些方法用于识别可能对egfr -酪氨酸激酶抑制剂治疗产生耐药性的NSCLC患者，如奥西替尼(阿斯利康的Tagrisso)。
Agena的UltraSeek肺检测，该检测基于该公司的MassArray基于端点PCR和质谱的平台，识别血浆和实体肿瘤组织中ctDNA和循环肿瘤细胞(CTCs)的体细胞突变。该方法可以使用从10毫升样本中提取的DNA，并可以检测到低至0.1%的突变等位基因频率水平的突变。
作为其中的一部分研究，出版于年6月癌症Schuuring的团队使用广泛的下一代测序(NGS)和基于pcr的检测方法对UltraSeek进行了多中心评估。总会在面板包括罗氏诊断的Avenio ctDNA靶向试剂盒试剂盒的QIAact肺UMI面板，和一个安捷伦SureSelectXT自定义工具。Bio-Rad液滴数字PCR (ddPCR)检测包括一种iso15189认证的检测(ISO)和另一种仅供研究使用的检测。使用SeraSeq参考材料，研究小组分析了25个变体，包括12个单核苷酸变体，5个缺失，3个拷贝数改变和3个融合，变异等位基因频率(VAF)为1%。
舒林在一封电子邮件中说，他的团队发现，与其他方法相比，UltraSeek表现出了最低的可变性，当DNA含量为15 ng时，可变性为19%。ISO和RUO ddPCR方法在8 ng输入条件下(分别为24%和30%)的变异调用具有相当的可变性。与此同时，罗氏的Avenio试验和安捷伦的SureSelect试验在20ng的输入下分别有22%和26%的变异性。然而，当输入量为20 ng时，Qiagen的QIAact的变异率最高，为48%。
Irwin补充说:“研究发现MassArray是评估中最精确的技术，因此最适合定量液体活检样本中的突变频率。”vwin德赢ac米兰合作他指出，除了UltraSeek之外，测量到的变异性等于或略高于预期的变异性，研究人员发现UltraSeek“比预期的更精确”。
在第二项研究中，上个月发表的在癌症，舒林的团队将UltraSeek与罗氏Cobas EGFR突变试验v2-最近获得了美国食品和药物管理局的批准，作为NSCLC治疗的辅助诊断-在液体活检中检测EGFR突变，同时使用liquid IQ进行分析前评估。该研究小组使用UltraSeek Lung测试了137个癌症患者的血浆样本，之前用Cobas EGFR试验分析过，使用Liquid IQ来确定所有样本的循环cfDNA输入。
虽然两种测试的总体一致性为86%，但Cobas测试检测到更多的EGFR exon19缺失和L858R突变，而UltraSeek检测到更多的T790突变。通过使用10 ng或更多的循环cfDNA输入，研究小组发现UltraSeek与罗氏测试显示了100%的一致性。
Schuuring注意到UltraSeek还检测到了Cobas专家组未涵盖的其他突变，包括KRAS突变和BRAF等耐药突变。
该小组相信UltraSeek最终可以用于EGFR-TKI治疗期间NSCLC患者的耐药机制，以及在肿瘤学家无法接触到肿瘤组织时进行早期诊断。
Schuuring承认，与其他用于NSCLC初始诊断的液体活检检测相比，UltraSeek相对昂贵。然而，他认为该检测可以作为组织检测的并行服务，快速识别NSCLC患者样本中最常见和临床相关的突变，快速指导临床治疗决策。
舒林说:“当进行常规ctDNA突变分析时，UltraSeek以低成本和快速周转时间提供了跨多个基因所需的灵敏度。”“当涉及到治疗和耐药性监测时，这将特别重要，即定期跟踪患者耐药性突变的出现。”