一位加州大学,戴维斯LED团队展示了一个专注的自闭症谱系障碍协会研究在DNA甲基化模式在胎盘组织中。通过来自受影响儿童的妇女的204名胎盘样本的亚硫酸氢盐测序数据,研究人员在与ASD病例相关的胎盘样品中鉴定了130多个差异甲基化区域。在该组中,它们聚焦在NHIP基因附近的22个轨迹上,其显示在ASD相关胎盘样本中的低于常见的DNA甲基化,以及随后的胎盘和后验尸ASD脑的分析中的NHIP基因表达。样品。“一起,这些结果识别和最初表征了与迄今为止的人类基因组的特征在一起的脑发育有关的新型环境敏感ASD风险基因,”他们写道。
Saint Petersburg州立大学和加州大学圣地亚哥的调查人员介绍了一个工具叫viralflye.用于组装和分析来自长读取的偏见序列数据的病毒基因组,包括病毒宿主相关分析。例如,当团队应用Viralflye到长读的梅群组件,例如,它出土以前未被非覆富的CRISPR阵列。“与先前发表的管道相比,我们的ViralFlye方法恢复了更完整或几乎完全的病毒序列的高达2.25倍,同时减少了误入歧途的数量,”作者报道。“我们还表明,长期读取提高病毒 - 宿主关联预测的准确性......基于CRISPR-CAS网站的匹配。”
最后,广泛的研究所和其他地方的研究人员概述了一种工具包,用于挑选微生物应变型材 - 包括患有临床重要性的菌株的遗传数据 - 来自来自微生物群落混合物产生的低覆盖短读的偏心序列数据。这“菌株基因组探险家”(Straine)方法“减核菌株混合物和表征核苷酸水平的组分菌株,从短读的偏心测序,比其他工具更高的敏感性和分辨率,”团队写道。在将方法应用于合成序列数据后,并将其设置为其他应变检测方法,作者使用Straine从人体肠样本分析了人体肠样本的缩放序列数据,揭示了临床相关的错误毒株,例如大肠杆菌和肠球菌。