来自加利福尼亚大学的研究人员领导的团队在本周的旧金山报告科学在使用a多路复用单细胞RNA测序方法将细胞型特异性分子和遗传学吻合术到自身免疫性疾病全身性红斑狼疮（SLE）。散装转录组分析具有含有的1型干扰素信号传导，呼吸困难的淋巴细胞活化，以及凋亡清除的失败，而SLE的标志，而其他研究表明，这些过程中涉及的许多基因近似于与SLE相关的大约100个基因座。尽管存在如此进展，但条件下循环免疫细胞的全面普查仍然不完全并注释介导遗传协会仍然具有挑战性的细胞类型和背景。在新的研究中，UCSF-LED组使用它们的测序技术从162名SLE患者和99例对照中分布超过120万个外周血单核细胞。他们发现SLE患者在单核细胞中表现出1型干扰素刺激基因（ISGS）的表达，降低了与单核细胞ISG表达相关的NaïveCD4+ T细胞，并膨胀曲目限制细胞毒性GZMH + CD8 + T细胞。科学家们还发现细胞类型特异性表达具有预测的病例控制状态和分层患者分为两个分子亚型。“我们将致密的基因分型数据集成到地图特定于特定的CIS表达的定量特性基因座并将SLE相关的变体链接到特定于细胞类型的表达式”。
通过从近1,000名健康个体测序外周血单核细胞（PBMC），由Garvan医学研究所研究人员领导的一组揭示了关于免疫系统变异的分子驱动程序的新细节。在研究中，它出现在科学本星期，研究人员在来自982个健康个体的1,267,758个外周血单核细胞上进行单细胞RNA测序。对于14种细胞类型，它们鉴定了26,597种独立的顺式表达定量特性基因座（EQTL）和990 riss-EQTLs，最多显示对基因表达的细胞类型特异性效果。他们进一步展示了EQLTS如何在从幼稚到记忆状态转变的B细胞中具有动态等等效应，并证明了常见的分离等位基因如何导致免疫功能中的中断变化。科学家们还确定了305个风险基因座的因果路线在细胞水平的自身免疫性疾病。“我们的结果表明，分离遗传变异如何影响编码蛋白质的基因的表达，这些蛋白质以细胞类型特异性方式编码患有危重免疫调节和信号传导途径的基因，”他们得出结论。“了解免疫系统监管的遗传下限将对自身免疫疾病和感染，移植和癌症的治疗具有广泛意义。”
由Somalogic和California大学旧金山的科学家领导的团队结合了蛋白质组学和机器学习已经确定了一个蛋白质生物标志物的小组，可以作为心血管结果的替代品。药物开发的关键障碍是临床试验中缺乏心血管风险的替代品。为了解决这一点，研究人员在九项临床研究中的22,849名参与者中测量了约32,130克的血浆样品中的约5,000个蛋白质。作为报道科学翻译医学本星期，它们应用了这些数据的机器学习并衍生出27蛋白模型，以预测心肌梗塞，中风，心力衰竭或死亡的四年可能性。蛋白质代表了10个机械途径，其中12个与至少一种相关的心血管疾病相关性状有关。该团队从多个大型临床试验中独立验证了他们的模型，从多个大型临床试验中发现它对结果的不利和有益变化敏感。该模型，科学家们写道，有可能成为II期试验中的心血管风险的代理终点，并且可能是加速突破产品的药物批准。“在医疗实践中，理想情况下也将用作个性化和经济高效的心脏保护药物分配和监测回应的测试，”他们写道。