盐湖城(GenomeWeb)——在本周举行的美国医学遗传学和基因组学学院年会上，加州大学旧金山分校的Robert Nussbaum提供了一项研究的新细节，该研究调查了使用高通量外显子组测序作为新生儿代谢状况辅助筛查测试的潜力。
最近启动的这项工作被称为“Newbie Seq”，或NB Seq，是四个中心正在进行的几项工作之一，旨在探索新生儿测序的各个方面。通过将序列数据添加到现有的质谱图谱中，参与NB Seq的人员希望减少被错误标记为潜在代谢性疾病携带者的健康新生儿的数量。
作为在GenomeWeb上报道2013年，Nussbaum领导了一项回顾性研究，将测序作为一种增强代谢障碍筛查的手段，这是由美国国立卫生研究院基因组测序和新生儿筛查障碍研究项目支持的几项相关研究之一。
Nussbaum认为，目前基于测序的检测通常不能满足人口筛查工作所需的所有标准，这些筛查工作的重点是寻找有特定疾病风险的个体亚群。
他指出，理想情况下，这样的筛查工具应该以较低的价格提供高通量的结果，同时以较低的假阳性检测检测出尽可能多的高危人群，这可以通过相对简单和负担得起的后续工作流程来剔除。
但Nussbaum和他的同事们认为，在二级筛查中应用测序有机会减少筛查结果返回给医生之前的假阳性。
他们看到了一个机会，可以在代谢疾病筛查领域探索这种可能性，使用1600个去识别的干血斑点样本，这些样本来自加利福尼亚公共卫生部。
Nussbaum解释说，一般来说，对先天性代谢错误的筛查是通过串联质谱检测来完成的，这种检测主要集中在与脂肪酸紊乱相关的十几种氨基酸和28种酰基肉碱上。
虽然质谱筛查已经很成熟，但假阳性结果仍然是一个问题，特别是对于新生儿重症监护病房的新生儿来说，他们可能表现出与出生体重过低和/或不是由遗传疾病引起的早产相关的代谢失衡。
研究小组推断，通过折叠相关基因的序列信息，有可能对抗在NICU人群中观察到的一些代谢疾病筛查特异性的减弱。
Nussbaum指出，除了可能减少最终报告给医生的假阳性病例数量外，测序和质谱分析可能同时进行，而且这两种类型的数据理论上都可以插入调整后的筛选算法中。
对于NBSeq项目，研究人员计划对患有或没有代谢疾病的去识别儿童的血液斑点进行全外显子组测序，包括那些通过质谱筛查获得假阳性或假阴性结果的儿童。
他们的基因分VWIN娱乐网站析将集中在大约250个基因上，其中包括44个原发性代谢疾病基因参与者和通过途径分析确定的数百个基因。
虽然最初的变异分析将对个体的表型进行盲法分析，但该团队计划最终将基因分型档案与未识别的表型数据联系起来，这些数据再次由州公共卫生部门提供。
除了对测序作为第二梯队筛查的见解，该小组希望对导致代谢紊乱的变异及其表型效应有更清晰的认识。
在该项目中发现的致病变异是否会被添加到NCBI的ClinVar数据库中还有待观察，因为这需要得到加州公共卫生部的批准。
Nussbaum指出，这项回顾性研究旨在改善筛查测试的实施，并且无需父母同意即可进行。任何结果，包括偶然发现的结果，都不会退还给家属或他们的医生。