纽约(基因组网)-儿童慈善医院的一项研究是2013年由国家卫生研究院资助的四个新生儿基因组测序项目中的第一个，以满足美国食品和药物管理局的要求，基因组网获悉，该机构去年介入监管这四个试点研究。
这项研究于今年秋天开始招募患者，似乎是四项研究中唯一在奖金发放15个月后启动的研究，这可能与FDA的监管有关，也可能与FDA的监管无关。
据基因组医学和公共卫生新生儿测序(NSIGHT)项目主任Anastasia Wise说，这是FDA第一次要求国家人类基因组研究所资助的研究项目通过研究设备豁免(IDE)过程，该项目由NHGRI和国家儿童健康和人类发展研究所(NICHHD)联合资助。
IDE法规适用于涉及开发的某些临床研究在体外诊断测试。FDA决定将新生儿测序研究提交IDE过程的事实似乎是临床基因组研究正在迅速进入医疗实践的另一个迹象。
其他基因组研究项目也可能在FDA的管辖范围内。例如,当基因组网本月早些时候报道今年夏天，NHGRI和NICHD可能会跟随FDA的领导，在电子医疗记录和基因组网络(emerging)的申请中声明，作为研究的一部分用于临床护理的新测序方法可能需要FDA的IDE。
NHGRI和NICHD的基因组测序和新生儿筛查障碍研究项目下的四个奖项是在2013年9月．该项目将在五年内获得2500万美元的资助，并将探索基因组和外显子组测序在改善新生儿保健方面的潜力。
这四个获得资助的项目由布里格姆妇女医院和波士顿儿童医院的罗伯特·格林和艾伦·贝格斯领导;儿童慈善医院的Stephen Kingsmore;加州大学旧金山分校的Robert Nussbaum;以及北卡罗来纳大学教堂山分校的辛西娅·鲍威尔和乔纳森·伯格。
据Kingsmore说，FDA在奖项颁发后不久就联系了他的团队，表达了对其研究的兴趣，该研究计划使用该团队之前开发的快速STAT-seq测定法对新生儿重症监护室危重新生儿的基因组进行测序。在一项前瞻性随机研究中，研究人员在诊断率、诊断时间、护理变化、发病率和死亡率的影响以及其他标准方面比较了STA-seq与护理标准。
在与FDA的首次电话交谈后，很明显，该机构希望所有四个项目都能通过IDE流程。Kingsmore告诉GenomeWeb:“他们告诉我们，他们认为我们可能需要获得研究设备豁免，而做出这个决定的过程是让我们提交一个pre-IDE，”这四个项目都做到了。
儿童慈善机构的研究人员向FDA提交了他们的前置ide申请在体外2014年3月，解释了他们的研究和测序技术——该项目将使用Illumina公司的HiSeq测序平台——以及他们将用于诊断婴儿的分析方法。vwin德赢ac米兰合作“从我们的角度来看，实际的测序设备只是一个组成部分，”Kingsmore说，“所以我们向他们概述了整个过程。”
FDA在4月底回应了一些具体的问题，研究人员在5月初的电话会议上回答了这些问题。大多数请求都是次要的，但FDA关注的一个领域是，该研究计划在特殊情况下，当下一代测序的某些结果会显示一种危及生命的可治疗的疾病时，在Sanger测序确认之前向临床医生披露这些结果。Kingsmore解释说:“这将是口头的，而不是医疗记录中的书面报告，对我们来说这样做是非常罕见的，我们将确保临床医生理解这是一个临时结果。”
Kingsmore和合作者向该机构提交了他们迄今为止分析的30个家庭的数据，显示他们只在一个病例中披露了桑格测序之前的结果，该病例导致了孩子的存活。此外，他们指出，所有测序都是在clia认证和cap认证的实验室中进行的。
在一周内，研究人员收到了来自FDA的备忘录，通知他们不需要IDE，因为该研究被确定为“无显著风险”。在接下来的几个月里，这项研究得到了儿童慈善机构的机构审查委员会的批准，并于10月初正式启动，此时距该奖项颁发仅一年多一点。截至12月初，共有10个家庭参与了这项研究。
虽然IDE过程可能会稍微推迟研究的开始，但Kingsmore说它总体上是有帮助的。他说:“我们花了几个月的时间来准备ide之前的提交，因为我们从来没有人做过，所以我们有点纠结到底要在这个文档中放入什么。”“总的来说，我觉得非常值得。我很感激FDA对我们感兴趣，让我们做了我们本来不会做的工作，这有助于指导我们的研究设计。”
例如，他说，FDA的担忧让他们更加努力地思考，在什么情况下，没有像桑格这样的既定方法确认，就可以返回结果。
此外，研究方案已经有效地通过了FDA的审核，这一事实可能更容易获得IRB的批准。Kingsmore说:“这帮助我们的IRB接受了我们的提议。”他补充说，经历一次IDE过程也可能有助于他的团队向FDA提交未来的研究。
对金斯莫尔来说，FDA的介入是合乎逻辑的发展，因为“在某种程度上，这项研究需要一定程度的监督，因为它涉及到患者，”他说。“这不是脱离临床的研究。我们只是碰巧是第一个FDA明确表示‘我们觉得我们需要对这些协议进行仲裁’的项目。”
然而，对于其他一些项目来说，满足FDA的要求并不像儿童慈善基金会那样一帆风顺。
例如，北卡罗莱纳大学的项目被FDA认定为高风险研究，需要提交完整的IDE申请，据Powell说，研究人员目前正在进行这项工作。
鲍威尔告诉GenomeWeb:“FDA对我们研究的各个方面都感兴趣，而不仅仅是测序。”“我认为他们主要担心的是，我们将对健康的新生儿进行测序，并返回结果，”这些都将由桑格或CLIA实验室的其他现有技术进行确认。vwin德赢ac米兰合作此外，她说，该机构还担心儿童的症状前基因检测，她的团队非常清楚并解决了这个问题。她指出，作为研究的一部分，家庭将经过详细的知情同意。
鲍威尔说，北卡罗来纳大学的研究计划可能在晚春招募家庭成员，在2015年之前从未计划招募患者。
布里格姆妇女学院和加州大学旧金山分校的研究目前的状况尚不清楚。截至本月早些时候，布里格姆妇女医院仍在准备对FDA的回应。两个项目的主要研究人员在发稿前没有提供更多的评论。
NHGRI的Wise表示，有几个项目仍在从当地irb获得机构批准的过程中，以便开始工作。
她说，NHGRI和NICHD正在“尽最大努力与我们的资助方和FDA合作，因为该机构致力于将其监管程序应用到新的和快速发展的基因组医学研究领域，符合要求”。