奥兰多(佛罗里达州)- 10x Genomics本周预览了三种新的单细胞检测方法，该公司计划在今年为其Chromium Controller平台推出:单细胞CNV，单细胞ATAC-seq和单细胞特征条形码。
该公司在这里举行的“基因组生物学与技术进展”会议上展示了这些分析结果。vwin德赢ac米兰合作这三种检测方法都已经在早期客户手中，价格信息将在它们发布之前公布。
单细胞CNV检测将于今年年中上市，用户可以一次分析几百到5000个单细胞的拷贝数变异，并且每个微流控芯片上可以并行运行多个样本。该试验将帮助研究人员揭示组织或细胞系的基因组异质性，并了解克隆进化，这些在癌症中都很重要。
该检测涉及一种新的两步方法，称为CBGB，即“细胞珠，凝胶珠”，需要两块芯片。在第一步中，细胞被单独地困在一种称为细胞珠的凝胶基质中，在那里它们被裂解，它们的蛋白质被消化和洗掉，而它们的DNA留在里面。在此之后，每个细胞珠被一个凝胶珠包裹在一起，其中包含一个条形码低聚物库，然后是通常的10倍过程。10x Genomics公司产品、研发和战略副总裁Michael Schnall-Levin在一次公司主办的研讨会上表示，CBGB方法将“在我们的平台上实现一系列以前无法实现的多步骤反应。”
为了证明这一概念，10x Genomics的研究人员将5%或1%的癌细胞加入二倍体细胞的背景中，并能够根据它们的拷贝数变化来识别恶性细胞。此外，他们将该方法应用于一种著名的癌细胞系COLO-829，发现它不是单细胞群，实际上是复制数变异的马赛克。
该公司还将该方法应用于从乳腺癌组织中分离出来的单细胞，并发现了许多拷贝数异质性，这是许多癌症样本的典型特征。
斯坦福大学(Stanford University)的韩利·纪(Hanlee Ji)团队是该技术的早期客户之一，他们也在会议上展示了一张海报，描述了他们如何测量原发性胃癌肿瘤710个细胞的拷贝数变异，并发现了三个具有不同CNV模式的亚克隆。
单细胞ATAC-seq(利用测序检测转座酶可达染色质)检测将于第四季度初上市，允许客户一次研究多达10,000个单细胞的染色质可达性。Schnall-Levin说，该公司现有的许多单细胞rna测序客户都要求进行这种分析，这将为单细胞基因表达分析提供补充数据。此外，像人类细胞图谱这样的大型项目正在寻求运行单细胞ATAC-seq分析，“如果他们能找到一个好的解决方案，”他补充说。
在研讨会上，他展示了一个细胞系的数据，证明单细胞ATAC-seq实验概括了ATAC-seq批量实验的结果。在另一项研究中，该公司从血液中提取了1000个单细胞的数据，并能够恢复样本中存在的所有主要细胞类型。对于每个细胞，他们建立了开放和封闭染色质的图谱，这可以帮助研究人员了解基因调控。
最后，单细胞特征条形码分析，也计划在第四季度初推出，将允许用户在基因表达的同时分析特定的细胞特征，如细胞表面蛋白或CRISPR引导RNA扰动。这些特征是用低聚条形码来检测的，例如，低聚条形码可以与抗体结合，或者添加到引导rna上。这种方法也将能够同时分析多达10,000个细胞。
Schnall-Levin说，这种检测方法的想法并不新鲜——客户已经使用他们的10x平台在单细胞中同时进行双重测量，但该公司现在计划以更标准化的格式提供检测，以供其他实验室使用。
此外，其他公司也在采取类似的方法。例如，BD生物科学公司在会议上的一张海报中展示，它可以使用靶向RNA-seq和寡聚偶联抗体来分析单细胞中的RNA和蛋白质，这是一项应用它的Rhapsody平台去年。
关于10x基因组检测，纽约基因组中心的研究人员去年夏天发表了一种名为CITE-seq(通过测序转录组和表位的细胞索引)，为此，他们使用10x平台以及内部开发的微流体设备来测量数千个单细胞中的转录组和10个细胞表面蛋白。
同样是在去年夏天，默克公司的研究人员发布一个方法这种方法被称为REAP-seq (RNA表达和蛋白质测序试验)，可以让他们同时用82个条形码抗体在单细胞中测量基因表达并量化细胞表面蛋白质。
为了同时测量RNA和蛋白质，10x Genomics将提供将条形码寡核苷酸偶联到抗体的方案，并将与能够提供预偶联抗体的合作伙伴合作。但客户也可以自由地将他们想要分析的其他分子偶联到低聚物上。
例如，2016年底的几个研究团队公布相关方法它结合了基于crispr的单细胞扰动筛选和单细胞RNA测序。这种方法被称为Perturb-seq，用一个寡核苷酸标记每个引导RNA。
根据Schnall-Levin的说法，单细胞特征条形码分析将在未来与该公司现有的单细胞转录组和单细胞免疫分析相结合，“实现一系列应用”，10x将在未来一年更多地讨论这些应用。“我们认为我们甚至不知道我们能用它做什么，”他说。
其中一个应用可能是将t细胞和b细胞受体序列以大规模并行格式映射到它们的抗原上。为了证明这一概念，10x Genomics的研究人员将已知对eb病毒特异性的T细胞添加到外周T细胞样本中。他们还将一个特征条形码附加到mhc病毒肽四聚体上，并使用该公司最近推出的单细胞免疫分析分析细胞。他们恢复了近500个匹配TCR α和β链序列的T细胞克隆型，并确定了特定于病毒肽的T细胞克隆。
Schnall-Levin说，这样并行检测多少抗原可能存在实际限制，但该公司还不知道这些抗原是什么，并指望其客户探索这种检测方法提供的可能性。“我们有很多客户想这么做，”他说。“你可以想象从癌症患者身上获取每一个新抗原，合成并呈现它们，或者人们筛选已知的每一种病原体肽的整个文库。它的规模可能是巨大的。”