通过茱莉亚Karow
这篇文章最初发表于2月17日，已经更新了牛津纳米孔和科学家的其他信息。
佛罗里达州马可岛牛津纳米孔技术公司(Oxford Nanopore Technologies)上周表示，该公司计划今年将两种DNA链测序仪器商业化:一种是使用其GridIon平台的更高通量版本，另一种是一次性MinIon系统，其大小与USB记忆棒相同，成本不到900美元。
GridIon系统采用含有纳米孔的一次性试剂盒，其目的是可扩展，以便仪器可以以类似于计算机集群的方式组合。该公司表示，同时运行20台GridIon仪器或“节点”，将使用户能够在15分钟内以15倍的覆盖率对人类基因组进行测序，每千兆字节的成本不到10美元。
该公司首席技术官克莱夫·布朗(Clive Brown)在“基因组生vwin德赢ac米兰合作物学与技术进展”会议上介绍了这项技术。
在发布时，这两种系统预计将提供高达100千基的读取长度，原始读取错误率约为1%。该公司的科学家已经对长度高达50千碱基的DNA片段进行了测序，并实现了低至4%的原始读取误差。
除了四种DNA碱基之外，该技术还能够识别甲基化和羟甲基化的胞嘧啶，原则上，它将vwin德赢ac米兰合作能够直接对RNA进行测序。
在发布时，GridIon系统将使用包含2000个纳米孔阵列芯片的墨盒，每天将产生数十千兆字节的数据。MinIon将包含大约500个纳米孔，每小时产生几百兆字节。
从2013年初开始，牛津大学计划将GridIon的纳米孔数量增加到8000个以上，同时在每个硒鼓中增加额外的处理核心。
这两个系统都将以每秒20到400个碱基的速率生成数据。
对于任何一种系统，运行时间都是用户自定义的——从几分钟到几天不等——并且将受到电极寿命的限制，GridIon最长可达几天，MinIon约为6小时。
牛津纳米孔将为其平台和耗材制定不同的定价模式，以适应不同的用户预算，在仪器或耗材上提供折扣。该公司表示，它计划在每个基地的价格上与市场上的其他系统竞争。
例如，对于拥有2000个纳米孔的GridIon系统，用户可以全额购买仪器和耗材，或者在仪器上获得折扣并签订耗材合同，或者在仪器上支付更高的价格并获得折扣。该系统每gb的成本预计在25美元到40美元之间。
对于拥有8000个纳米孔的GridIon系统，将于2013年上市，每个墨盒的成本将更高，但每千兆字节的成本将在20至30美元左右。
MinIon一次性使用，可插入USB接口，预计售价在500美元至900美元之间，具体价格取决于购买的乐器数量。软件的成本也差不多，但不需要额外的IT设备。MinIon每千兆字节的成本将在1000美元左右。
该公司表示，随着技术的发展，特别是随着纳米孔处理速度的提高和电子传感器芯片密度的增加，预计“价格将进一步大幅提高”。vwin德赢ac米兰合作
实时测序
牛津大学的链测序技术使用了一组专有的突变蛋白纳米孔，它vwin德赢ac米兰合作们嵌入在聚合物膜中，取代了过去使用的脂质双分子层。该公司设计了一种由微井组成的传感器阵列芯片，每个微井都有自己的电极。专用集成电路(asic)在每个纳米孔上施加一个电位，并测量离子电流流动。传感器芯片包含在一个包含实验所需的所有试剂的墨盒中。
该公司没有透露这种纳米孔的性质，也没有透露它是否来自于它一直在研究的α -溶血素蛋白，但表示它筛选了1000种蛋白质，并详细测试了300多种突变体。
该仪器以任何类型的带有悬垂的双链DNA作为输入，不需要高度纯化，因为聚合物膜足够坚固，可以处理“脏”样本。例如，该系统已被证明能够直接从血液或环境水样中分析DNA。据该公司称，模板DNA的浓度通常在皮摩尔范围内。
单个DNA链通过一种专有的加工酶通过每个纳米孔，该公司也没有透露，但业内人士推测这可能是一种解旋酶。酶DNA喂养技术最初是由加州大学圣克鲁兹分校的Marvwin德赢ac米兰合作k Akeson团队开发的。他和他的同事上周发表了一篇文章，介绍了一种使用phi29 DNA聚合酶将DNA通过纳米孔(请看本期的故事)，但该公司表示没有使用这种酶。到目前为止，该公司还没有发现基于酶的加工性的读取长度的限制。
牛津大学的平台测量通过纳米孔的离子流的变化，这些变化是由DNA碱基的独特组合引起的，或“词”，当它们通过孔内的定制工程区域时。布朗以三碱基组合为例，但该公司没有透露它读取的“单词”的长度，这将揭示它使用的孔隙。
基地呼叫在仪器上实时发生。每个GridIon节点都包含用于主要数据分析的计算硬件和控制软件。用户可以在实验进行时对数据进行二次分析，允许他们继续运行，直到收集到足够的数据来回答他们的实验问题，或者停止看起来要失败的运行。
例如，作为概念的证明，该公司已经将噬菌体lambda的48千碱基基因组测序为单个连续读取。
测序精度沿测序链不下降，大多数错误是删除错误。Brown说，部分误差是系统性的，这意味着可以通过进一步设计孔隙来修复。
用户将能够堆叠多个GridIon节点，牛津大学计划将它们作为捆绑销售，从单个节点到多达20个节点不等。
该公司表示，一个20个节点的装置，使用8000个纳米孔墨盒，预计可以在15分钟内以50倍的覆盖率提供完整的人类基因组，根据每秒300个碱基的测序速度，每天可以提供3万亿基的数据。对于这种配置，每gb的成本预计将低于10美元。
牛津纳米孔计划在不久的将来宣布大约12个GridIon和MinIon的早期访问客户，并预计这些客户将在秋季谈论他们使用这些系统的经验。
该公司尚未接受该平台的订单，但计划在今年下半年将该系统商业化推出。
人们对布朗在大会上的演讲的反应通常是兴奋——尤其是关于小小的MinIon平台——和谨慎的乐观，偶尔也会怀疑该公司是否能够兑现自己的承诺。大多数科学家表示，他们需要看到更多数据，包括该公司收集的原始信号的细节，才能对这项技术做出判断。vwin德赢ac米兰合作
“这超出了我的预期——至少他们的说法超出了我的预期，”布罗德研究所基因组测序和分析项目联合主任查德·努斯鲍姆(Chad Nusbaum)说。“如果这是真的，它肯定会在该领域引起一些兴奋，其他供应商将不得不做出反应。”努斯鲍姆补充说，他希望“尽快”测试其中一种仪器。
华盛顿大学基因组研究所的联合主任兼技术开发主任伊莱恩·马尔迪斯说:“我从与这里的许多人交谈中了解到，他们对这项技术的可能性非常兴奋。”她指出，布朗的演讲在会议上和电子媒体上都“引起了很大的轰动”。vwin德赢ac米兰合作
根据Wellcome Trust桑格研究所的测序技术负责人Harold Swerdlow的说法，现vwin德赢ac米兰合作在对这项技术进行详细评论“有点为时过早”。他说，该平台不需要准备样本，而且有可能直接从血液中测序DNA，这是“令人难以置信的兴奋”，例如桑格研究人员在非洲进行的疟疾项目。
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