本文包括张欢佳的报道。
纽约-作为统治者自然方法在上周于佛罗里达州好莱坞举行的今年的“基因组生物学与技术进展”会议上，长读测序技术成为本年度最受欢迎的方法。vwin德赢ac米兰合作
太平洋生物科学公司展示了其即将推出的Revio仪器的新数据，包括加州大学圣克鲁斯分校的Karen Miga在内的几位发言人也做了演讲。她还描述了长读在她领导的两个参考基因组相关项目中的作用，端粒到端粒(T2T)联盟和人类泛基因组参考联盟，并提供了牛津纳米孔技术公司双读技术的一些数据。vwin德赢ac米兰合作
约翰霍普金斯大学的温斯顿·蒂姆普与牛津纳米孔测序公司分享了他的实验室正在研究的策略，华盛顿大学安德鲁·斯特加奇实验室的博士后米切尔·沃格尔描述了他们对纳米孔测序技术的使用Fiber-seq这是一种利用PacBio调用甲基化碱基的能力来分析染色质开放区域的方法。
曾几何时，AGBT可能是PacBio推出Revio的场地，它的后续续集II和IIe乐器。但时代已经变了:市场动态和公司愿望促使该公司在10月份的美国人类遗传学学会会议上推出了这种基因。
该公司在周四的一次研讨会上分享了第一台早期测试仪器已经运往布罗德研究所。随着流式细胞显示出数百万种使其单分子长读取方法工作的特征，Revio可以在许多研究中增加长读取方法的使用。
在研讨会上，PacBio公司的Aaron Wenger分享了对7个人类样本、2个动物样本和2个植物样本进行内部测序的首批数据。对于PacBio仪器提供的最高质量的HiFi读取，每个流单元的产量“始终”在96 Gb左右，有时超过100 Gb，平均读取长度约为15 Kb。平均而言，90%的基地Phred得分高于Q30。
他说，基于F1分数(精度和回忆的结合)，Revio在甲基化、SNV、indel和结构变异呼叫方面表现相同，甚至更好。
约翰霍普金斯大学教授Michael Schatz在研讨会上发言，并宣布美国国立卫生研究院的“我们所有人”项目将公布其创建的1027个HiFi基因组，作为春季数据发布的一部分，未来几年还将发布数千个基因组。
在研讨会期间，PacBio还宣布了一种新的16S rRNA试剂盒，用于其MAS-seq长读测序分析系列，将于今年下半年推出，以及一种新的散装RNA-seq试剂盒，但没有发布时间表。
Miga还在周四下午的谈话中提供了一些Revio数据，指出新平台在提供“极好的端粒到端粒候选染色体组合”方面“始终”提供与Sequel II相同的结果。
去年创造了第一个无间隙的组装作为(单倍体)人类基因组的一部分，T2T联盟正致力于创造二倍体人类基因组的组合。Miga描述了他们在寻求最少人为干预的技术组合时所面临的挑战。
他们从牛津纳米孔技术公司的170X HiFi覆盖和170X超长读取开始，从46条染色体中提供了25条T2T候选染色体。
T2T联盟目前正在探索ONT的使用双工读取，将适配器添加到DNA分子的两条链上，并将它们依次排序。她说，这样做提供了一个“质量上的转变”，以获得更高的Phred分数，使他们进入Q29到Q30的范围。她的实验室测试的最新一批双流式电池产量为65gb。
在仅使用双工读取的42倍覆盖率下，Miga的团队能够获得24个候选T2T染色体，而仅PacBio就提供了21个候选。然而，她说他们的错误在不同的地方。然后，她尝试将HiFi的42.5X覆盖范围和双工读取的20X覆盖范围结合起来。“当你转动同一个曲柄时，你现在有两个T2T总成，”她说。“这让我们朝着正确的方向前进。”
Miga指出，她的UCSC实验室正在尝试一种全纳米孔组合的超长读取器、双读取器和Pore-C，一种探测染色体构象的方法。她说:“我们正在看看我们能走多远。”
Vollger在周二下午的谈话中提供了Fiber-seq方法的更新，他说该方法提供了类似ATAC-seq(通过测序检测转座酶可达染色质的方法)的数据配置文件。Vollger领导了新的计算工具的开发，他相信这将帮助更多的群体采用这种方法。
Fiber-seq提取细胞核，用甲基转移酶处理它们，甲基转移酶用m6A“模板化”开放染色质区域，PacBio的仪器可以检测到这一标记。他说，这与基于短读的染色质可及性分析有很好的相关性。
“Fiber-seq令人兴奋的部分是，你测序的是一个真正的分子，而不是pcr扩增的产物，”这意味着该检测是定量的。他说:“如果你在观察单个分子数据上的调控元件，你就可以计算出在特定位置具有可访问DNA的细胞的确切比例。”
他说，因为这是一个单分子的长读取，“我们可以告诉你20 Kb外的SNP是否影响了[可达区域]附近的调控元件。”
最令他兴奋的是，它确定了以前从未见过的新的调控元素，因为它们位于没有长读取就很难测序的区域。这些是人类基因组中进化最快的一些区域，为发现令人兴奋的新生物学提供了机会。
Vollger的演讲重点是一个新的m6a调用器和一个比以前的管道快1000倍的工具包。现在，分析可以在大约6个小时的CPU时间内运行，而不是以前的5,000甚至10,000个CPU小时。
已经有十几个实验室在使用Fiber-seq，然而，Stergachis实验室正在与All of Us和HPRC团队进行一个试点项目，在这些研究背景下尝试这种方法。
在周四下午的一次谈话中，约翰霍普金斯大学生物医学工程教授温斯顿·蒂姆普展示了他的实验室使用牛津纳米孔和PacBio测序技术的许多方式。
首先，他的实验室正在与麻省理工学院的分支机构合作沃尔塔实验室使提取高分子量DNA的过程自动化。一般来说，样品准备过程是分析更多长读数样品的障碍之一。
他的实验室将Volta平台与牛津纳米孔公司的MinIon测序仪配对。他说，试运行产生了“超过10 Gb的测序产量，N50相当不错”，约为8.4 Kb。
Timp还分享了他的实验室在10x Genomics的Chromium仪器上生成的单细胞基因表达文库上使用纳米孔测序的努力。
他说:“当cDNA从10倍仪器上分离出来时，它实际上是全长的。”“他们把它切碎，以适应短读测序。”
他补充说:“当你想问有关异构体的问题时，这在神经样本和大脑中是极其重要的，你只需将现有的10倍工具与PacBio或Oxford Nanopore配对即可。”
Timp说，实验室使用这种技术组合来vwin德赢ac米兰合作识别抑制性神经元中Npas1的异构体，“这在以前只有短读技术是不可能的”。
为了使这种类型的测序更加便宜，Timp的实验室一直在与Twist Bioscience合作，设计针对特定基因的平头杂交探针组，这可以导致1000到5000倍的富集。