本文已更新，以澄清“我们所有人”计划仍打算对所有参与者使用基因分型阵列，以生成用于研究和返回非健康相关结果的数据。
纽约-美国国立卫生研究院的“我们所有人”研究项目正在向美国食品和药物管理局提交一份研究器械豁免(IDE)，以在明年向参与者返回结果，并正在调整基因组技术的组合，以为其研究队列生成数据。
上周该项目宣布了一项700万美元的为期一年的奖励，由国家先进转化科学中心(NCATS)授予哈德逊阿尔法生物技术研究所，用于为来自我们所有参与者的至少6000个样本生成长读取全基因组测序数据。vwin德赢ac米兰合作
在接下来的几个月里，HudsonAlpha的研究人员计划进行一项试点研究，以决定使用哪种技术。vwin德赢ac米兰合作此外，该项目可能会放弃向参与者返回健康相关结果的基因分型阵列数据，而完全专注于测序数据。
哈德逊阿尔法基金补充了美国国立卫生研究院向三个基因组中心提供的2860万美元资金去年该研究由贝勒医学院、布罗德研究所和华盛顿大学领导。这些中心将为该项目生成和分析基因组数据，用于研究和将结果反馈给参与者。此外，该项目还拨款460万美元今年夏天与基因检测公司Color合作，后者将为该项目建立遗传咨询资源。
与此同时，该项目正在向FDA提交IDE申请，以便于明年开始向参与者返回结果。All of Us基因组学项目主管布拉德·奥曾伯格(Brad Ozenberger)说:“我们正在努力确定何时能获得第一次结果。”“我们从参与者那里得到的最常见的问题之一是，‘我什么时候能得到我的基因结果?我们想要快速传达这一点。”
今年早些时候在美国，该项目曾表示，计划在今年年底前向2万名参与者返还一项试点研究的结果，但数据制作尚未开始。
“在IDE完成之前，我们不会开始返回结果，”Ozenberger说。“我们仍然打算试点结果的回归，这不会花费我们太长时间。我们将试行、暂停、评估我们的遗传咨询和参与者的反应，然后扩大规模。”
Ozenberger表示，大约一年前，FDA就该项目计划返回的结果类型进行了讨论——一份关于遗传性疾病风险的报告，重点关注美国医学遗传学和基因组学学院推荐的ACMG 59基因，以及一份药物基因组学结果列表。
该项目解释说，它计划在CLIA/CAP环境中生成数据，但将把结果标记为研究，而不是临床，要求参与者在对他们的医疗护理进行任何更改之前寻求医疗保健提供者的确认。FDA当时决定，该方案将在其权限范围内，并要求提交IDE。
今年夏天，作为预提交流程的一部分，All of Us向FDA提交了第一版协议。“我们从他们那里得到了很多反馈，”Ozenberger说，包括该项目在正式提交IDE时需要解决的建议和问题。
“我们与他们的审查团队和设备团队有着良好的关系，他们一直与我们密切合作，以确保我们满足他们的要求，”Ozenberger说，并补充说，计划在未来六个月内完成IDE应用程序。
FDA的要求侧重于降低参与者的风险。一方面，这意味着无论哪个基因组中心处理他们的样本，都要确保参与者获得相同的变体。为此，这三个中心(HudsonAlpha目前不会生成与健康相关的数据以返回结果)正在进行分析验证研究，为此，他们正在对一些已知ACMG变异或药物基因组变异的细胞系进行测序，他说。他们还在与FDA讨论该计划未来可以对协议进行哪些更改，以及哪些更改需要额外的批准。
《我们所有人》还发现，使用两个平台来生成与健康相关的结果——一个基于基因分型阵列，另一个基于全基因组短读测序——可能太复杂了。Ozenberger说:“我们很可能将基因分型从等式中移除，只专注于一种检测方法。”
然而，该项目仍计划使用Illumina基因分型阵列来生成用于研究的数据，并返回与健康无关的结果。Illumina公司去年说过它将捐赠Infinium全球多样性阵列基因分型阵列，这是它为该项目开发的，也是最近制作的商用该项目可以免费提供多达100万个样本。
减轻风险的另一个方面涉及向参与者通报结果。奥曾伯格表示，All of Us目前正在与自己的机构审查委员会合作，制定一项报告结果的协议。他指出，有些工作必须等到授予Color之后才能进行，这样公司才能参与讨论。他说，这涉及到报告的设计，它们包含哪些类型的警告，以及如何解释结果，包括研究结果和临床试验之间的差异。
最近，美国食品和药物管理局(FDA)采取了行动采取强硬立场据报道，fda要求All of Us项目只返回由fda批准的药物标签支持的PGx结果。不过，奥曾伯格表示，一切都还没有最终确定。他说:“我们正在与FDA就药物基因组学报告及其内容进行非常积极的讨论，我们已经来来回回，我们真的还没有达到我可以谈论的最后阶段。”“我们还没有做出最终决定。”
报告ACMG 59基因的结果会少一些争议，因为它们将由遗传顾问进行沟通，这降低了参与者的风险。此外，ACMG基因的致病变异将在返回之前在第二个样本中进行验证。ACMG 59基因的发现也预计会比可操作的PGx发现的频率低得多，超过90%的参与者将会有报告我们所有人调查的新英格兰医学杂志今年夏天。
FDA尚未全面审查该项目的一个方面是同意包，这将是IDE完整提交的一部分。从技术上讲，该项目不应该在获得IDE之前就开始招募参与者，但它已经接受了20多万人加入研究，他们提供了生物样本，每周有3000多人报名。奥曾伯格说:“就像他们说的，我们的马已经出了马厩。
虽然该项目及其三个基因组中心正在准备IDE提交，但HudsonAlpha的研究人员计划在今年年底前进行试点研究，以决定他们将在2020年使用哪种长读测序技术来分析6000至7000个参与者样本。vwin德赢ac米兰合作
据该研究所的教员研究员Shawn Levy说，该奖项资助的项目的目标是确定哪些类型的结构变异只能通过长读取数据检测到。他说:“到目前为止，还没有人开始在人口规模上评估这些变异，以确定这些变异的频率。”“这真的是从结构变异的角度扩展我们对基因组知识的努力。”
他说，长读数据可能会补充从短读数据中收集到的结构变异，而基于短读数据的样本似乎包含复杂的结构重排，在未来可能会优先用于长读分析。
此外，长读数据甚至可能有助于调用基因中的单核苷酸变异，这些基因具有假基因或重复结构，仅用短读数据很难分析。Levy说，最近梅奥诊所的Mark Ebbert证明了这一点，他在上周美国人类遗传学学会年会上牛津纳米孔赞助的研讨会上发表了关于他的发现的演讲，包括PacBio和牛津纳米孔的数据。
他说，HudsonAlpha的试点项目将有助于确定“在一年内完成6000个基因组的最合适方法是什么”。该计划是使用PacBio Sequel 2和Oxford Nanopore的PromethIon 48对96个特征良好的样品进行测序。他说，一部分样本还将使用Bionano Genomics的光学测绘技术以及10x Genomics和Illumina数据的链接读取进行分析，并指出HudsonAlphavwin德赢ac米兰合作拥有所有四个技术平台。
列维说，其他组织的工作包括研究人类基因组结构变异联盟成员今年早些时候发表在自然通讯而且另一个关于癌症基因组结构变异的研究，发表在自然遗传学去年，他为他的团队的试点研究奠定了基础。
利维说，自从这些研究出来以来，牛津纳米孔公司和PacBio公司都“在每个基因组的产量和成本方面取得了一些相当重大的进展，特别是从结构变异的角度来看。”“两家制造商都发表了声明，并提供了示例数据集，表明这两项技术确实在以非常令人鼓舞的速度发展。”例如，他说，PacBio的化学和芯片更新“非常好地”提高了输出，平台的准确性也在继续提高。同样，Oxford Nanopore也显著改进了其碱基调用算法，以提高数据的准确性和平台在均聚物上的性能。
他说，这个试点项目将“对这一点进行检验”。根据来自三个All of Us基因组中心的数据和输入，将为该项目选择一个平台，理想情况是在今年年底之前。“我们希望在2020年尽早启动项目的生产阶段，但与此同时，我们不会操之过急，”他说。
Levy说，PacBio和Oxford Nanopore“都有能力提供深度覆盖，以满足项目所需的精度解决结构变异。”虽然现在说需要多大的覆盖深度还为时过早，但他表示，如果一切按计划进行，这两种技术的覆盖范围将在20到30倍左右。vwin德赢ac米兰合作
虽然每个平台都有优点和缺点，但可能不会选择一个以上的平台。利维说:“考虑到实验的规模和范围，我认为这不太可能。”“然而，我当然不能排除这个可能性。”
他说，该项目尚未确定将从20万名参与者中选出6000个样本进行长读测序。他补充说，在CLIA环境中不会产生任何长读取数据，到目前为止，这些数据都不会返回给参与者。