a - alpha Bio是华盛顿大学的一个分支机构，它已经筹集了280万美元的种子资金，用于开发下一代基于测序的蛋白质相互作用的表征方法。
这家总部位于西雅图的公司将利用这笔资金支持其基于酵母的AlphaSeq技术的研发和验证，该技术结合了合成生物学和NGS读取，可提供蛋白质相互作用的定量数据。vwin德赢ac米兰合作
OS Fund领投本轮融资，AME Cloud Ventures、Boom Capital、Madrona Venture Group、Sahsen Ventures、华盛顿研究基金会和其他天使投资者也加入了该轮融资。
A-Alpha Bio首席执行官兼联合创始人David Younger说:“我们的目标是帮助制药公司确定蛋白质相互作用的特征，以改进药物开发。”“开发一种新的蛋白质药物就像试图找到一把锁的钥匙。”现有的描述蛋白质相互作用的方法，如噬菌体显示，可以针对单个“锁”测试“钥匙库”，而AlphaSeq就像测试“一堆锁，我们可以针对所有的锁筛选钥匙库”。
该平台设计酵母细胞在其表面表达蛋白质，并重新编程酵母性凝集交配系统，使蛋白质相互作用强度与交配效率相联系。当相互作用的蛋白质导致细胞融合时，NGS可以读出代表结合蛋白的成对条形码。
AlphaSeq基于一种描述蛋白质相互作用的方法，该方法在2017年出版的美国国家科学院院刊；这家公司拥有它的独家许可证。杨格是第一作者，他的博士生导师埃里克·克拉文斯和大卫·贝克是该杂志的资深作者PNAS研究并参与公司的科学顾问委员会。联合创始人兼首席技术官伦道夫·洛佩兹曾是Illumina公司的工程师。该公司还有另外三名全职员工。
种子基金建立在A-Alpha Bio从国家科学基金会、比尔和梅琳达·盖茨基金会和commotion——华盛顿大学的技术转移和商业化中心筹集的资金之上。2018年，美国国家科学基金会授予该公司22.5万美元第一阶段小型企业创新研究基金AlphaSeq发展。今年5月，该公司从盖茨基金会获得了一笔数额未披露的赠款，用于支持与Lumen Biosciences和MassBiologics合作，研究AlphaSeq在发现和优化肠道病原体低成本疗法方面的潜力。
AlphaSeq是一种计数方法，就像许多类型的RNA测序用于转录组分析。杨格说:“我们正在研究大量不同的配对基因条形码，以确定相互作用的相对强度。”
为了使这些条形码配对，该公司设计了酵母单倍体细胞中的蛋白质库。杨格说，“我们已经排除了原生蛋白质相互作用”，这种相互作用导致交配型a (MATa)和交配型阿尔法(MATa)细胞自发融合，“并通过酵母表面展示，用我们感兴趣的任何蛋白质取代它们”。“所以，一旦我们混合了这些细胞，我们就会得到一群二倍体细胞，其中每个二倍体都是由于特定的相互作用而形成的。”他补充说，更强的相互作用将推动更频繁的二倍体形成。
a - alpha的检测方法使用重组酶来获得同一条相邻DNA链上的条形码。杨格说:“一旦它们配对，我们就用靶向PCR扩增这些片段，并将其放入测序仪中。”该公司主要使用Illumina公司的NextSeq平台，但也正在建立一个使用牛津纳米孔技术公司测序仪的工作流程。
A-Alpha已经开始使用纳米孔测序“主要是为了方便和迭代速度，”Younger说。“如果我们有几个小型的概念验证实验，或者正在进行分析构建，我们不希望等待NextSeq的完整运行。获得几百万的阅读量对于加快我们的进度非常重要。”
Younger说，AlphaSeq显示的相互作用计数已经通过传统的低通量工具如定量elisa进行了验证。
AlphaSeq将不得不与一些已经建立的蛋白质相互作用分析方法进行竞争，其中许多是由Thermo Fisher Scientific等公司提供的酵母双杂交分析、噬菌体展示方法、定量免疫沉淀分析和交联系统。质谱为基础的方法也可以分析蛋白质-蛋白质相互作用。
Younger说，与酵母双杂交分析相比，AlphaSeq提供定量分析，假阳性更少。这也是一种细胞外方法，使它能够评估添加其他化合物时的相互作用，如激动剂和拮抗剂。
OS Fund联合创始人兼普通合伙人Jeff Klunzinger在一份声明中表示:“a - alpha Bio的平台对合作伙伴来说是即插即用的，可以在更短的时间内提供药物效力和有效性的信息，为制药公司解决了一个重要挑战。”“我们有信心……A-Alpha Bio团队将能够加速多靶点蛋白质药物的发现，如多靶点抗体和小分子蛋白质相互作用调节剂。”
A-Alpha Bio的计划是与制药公司合作，提供合同发现工作。除了与MassBiologics和Lumen Biotechnologies合作外，它还与合同研究机构Olympic Protein Technologies合作，共同开发生物制剂的特性服务。
杨格说，该公司已经看到了一些制药公司的兴趣，但拒绝透露是哪些公司。一些学术实验室表达了对AlphaSeq在药物开发以外的应用的兴趣，如功能蛋白质组学研究。