纽约——根据Ambry Genetics研究人员的一项新研究，整合RNA序列数据可能有助于减少意义不确定的变异，并促进在代表性不足的人群中进行遗传癌症易感变异种系基因检测的个体中真正致病变异的检测。
周三，在美国医学遗传学和基因组学学院的年会上，Ambry Genetics的高级临床研究专家卡罗琳·霍顿(Carolyn Horton)介绍了一项变异重新解释研究的发现，该研究涉及回顾性分析2019年春季至2020年4月期间进行了多基因组检测的遗传性癌症易感症检测的34800多名个体的数据中匹配的DNA和RNA。
霍顿指出，其中29804名参与者是女性，5041名是男性。参与者自我报告了来自非裔美国人、亚裔、西班牙裔和非西班牙裔白人群体的种族，尽管非西班牙裔白人种族报告最多，占了近27800例。
与过去的研究结果一致，该团队发现，通过小组检测发现的致病性/可能致病性变异、良性变异和VUSs的比率取决于参与者自我报告的祖先，在那些自我报告的非西班牙裔白人种族中，良性变异的检出率更高，VUS的比率更低。
在基因研究中，如果没有来自不同种族的代表和用于解释这些研究的参考集，研究人员对变异分类的证据水平就会低于通常水平，导致基因检测在临床中的效用降低。
Horton解释说:“当临床检测队列、发表的文献和人口参考数据库缺乏代表性时，这就限制了可用于变异分类的证据基础，”他补充说，这“限制了准确解释变异的能力，降低了产量，并通过VUS率增加了模糊性，这最终降低了基因检测在种族和少数民族中的临床效用。”
研究小组推断，配对的RNA-seq提供的额外功能数据可能开始填补这种与种族相关的遗传证据空白研究提出了被安布里的调查人员发现了
在他们的回顾性重解释研究中，霍顿和她的同事考虑了任何类型的变异重分类通过RNA-seq数据实现。这包括从VUS降级和不改变可行动性的分类转移(例如从可能致病改为致病性)，到确定在医学上可采取行动的变异。
例如，仅根据多基因面板数据，非白人参与者中报告的致病性变异比例较小，而西班牙裔/非白人参与者的VUS发生率高于非西班牙裔白人个体。
通过引入RNA-seq数据，研究人员对4.3%的亚裔个体、1.4%的非裔美国个体和1.2%的西班牙裔个体的变异进行了重新分类，而非西班牙裔白人个体的变异只占1.1%多一点。这些分类变化包括VUS降级以及被认为可采取行动并可能改变参与者护理的医学上重大的重新分类。
“我们的结果表明，RNA测序可能对代表性不足的人群特别有益，”Horton和她的合作者在ACMG会议报告的摘要中指出，并补充说，RNA证据“在我们的队列中，相对于[非西班牙裔白人]个体，对非白人和西班牙裔的[致病变异]和VUS率有更大的影响。”
随着RNA数据的加入，整体的变异检测也出现了飞跃，特别是那些自称为非裔美国人或亚洲人的参与者，因为变异分类的不确定性减少了。
霍顿解释说，Ambry目前提供RNA-seq与DNA检测相结合的癌症适应症检测，并对其他临床适应症进行个案分析。“当对所有患者同时进行DNA测序时，RNA测序产生额外的证据来填补现有的空白。”
即便如此，VUS在非白人个体中的发生率仍然较高，这表明在跨种族的变异分类中仍有改进之处。霍顿说，这反过来表明，需要继续努力增加基因检测的获取，特别是对基因数据库中代表性不足的种族群体。
“这项研究只是试图填补证据基础上的空白。我们仍然需要加强传统医疗环境之外的努力，让社区参与进来，并从总体上改善基因检测的可及性。”“为了提高基因检测的公平性，它必须是一个多模式的方法。”