西雅图(基因组网)——昨天在美国医学遗传学和基因组学学院的年会上，Ambry Genetics的研究人员报告了在辅助RNA基因检测数据的帮助下重新分析遗传癌症变体的效果——包括在某些情况下对患者和/或家庭成员医疗管理的后果。
在会议上，Ambry翻译基因组实验室主任Rachid Karam指出，基于rna的检测不仅显示出了对不确定意义(VUS)的变异分类的希望，而且还显示出了以直接影响患者护理的方式升级或降级变异分类的希望。
根据Ambry研发高级副总裁Brigette Tippin Davis的说法，基于Ambry研究人员在研究环境中看到的变异分类改进，该公司正准备在医疗保健环境中提供RNA基因检测。
戴维斯在一封电子邮件中指出，Ambry的翻译基因组学实验室的研究人员已经在研究基础上进行了两年多的RNA基因检测，并“看到了改进我们的变体分类的成功。”
“我们已经完成了临床验证，”她补充说。“我们期待在今年将这项服务提供给医疗保健提供者和他们的患者。”
在Karam报告的遗传癌症基因变异研究中，Ambry的研究人员与来自达纳法伯癌症研究所、西达斯-西奈医学中心和其他地方的研究人员合作，用RNA基因检测数据观察变异重分类的“可行性和影响”——这也是一项工作海报上的亮点在今年的ACMG会议上。
该分析的第一部分集中在64个疑似剪合位点变异——之前通过DNA测试发现的——在13个与遗传性乳腺癌和卵巢癌(HBOC)、林奇综合征或遗传性弥漫性胃癌(HDGC)相关的基因中。仅根据DNA证据，HBOC基因中约90%的剪接变异被认为是VUS，四分之三的HDGC基因变异和Lynch综合征基因中的所有变异也是如此。
然而，随着RNA基因检测数据的加入，这些分类发生了很大的变化。例如，在合并RNA数据后，只有10%的HBOC基因变体被归类为VUS，而50%的变体看起来是良性的，40%被归类为可能致病的。
研究人员报告了与林奇综合征相关的HDGC变异和错配修复基因的类似分类改进，其中RNA基因检测数据显示，变异比之前所了解的更良性和更致病性。
当研究小组调查医疗服务提供者，以了解基于rna的变异重分类是否以及如何改变林奇综合征、HBOC或HDGC患者或其家庭成员的医疗管理时，发现从VUS重分类为可能致病的变异的患者有明显的影响。
家庭成员的医疗管理也发生了变化。例如，当以前被认为是VUS的变种被重新归类为可能的致病性时，它们通常被引导进行级联检测，而将患者的VUS转变为良性的RNA测试数据似乎与家庭成员筛查和随访减少相一致。
根据该团队对307,812名之前接受了18种遗传癌症基因检测的个体的分析，有更多的人可能从这种类型的变异重新分类中受益。他们指出，在这一组中发现的数万种变异中，预计有超过2500种变异会改变剪接——这一组包括VUS和可能致病的变异。
总之，研究人员估计，在接受DNA检测的遗传性癌症患者中，大约每50人中就有1人可能从基于rna的变异分类中受益。
卡拉姆指出，有几种RNA方法可以用来量化转录本，评估等位基因特异性表达，并提出其他形式的信使RNA数据。在ACMG上展示的研究中，该团队依赖于他们开发的一种高通量、大规模并行的RNA测序分析方法，称为CloneSeq，包括对RT-PCR产物产生的克隆转录物进行测序。
卡拉姆和合作者在一份报告中描述了CloneSeq肿瘤学前沿研究在去年发表的论文中，他们使用CloneSeq评估了来自遗传性乳腺癌和卵巢癌(HBOC)患者样本中的种系BRCA1和BRCA2变体。该分析导致了BRCA1中一种可能的病原体外显子跳过变异，出现在一个三代hboc影响家族中。
同样地，卡拉姆和他的同事们利用RNA数据来深入研究其他形式的变异，这些变异很难仅靠DNA信息来评估，包括串联复制。
在一个研究这篇文章目前正在出版，也可以在杂志的网上找到胃肠病学在该研究中，研究人员重点研究了在185,943名有癌症个人或家族病史的个体的临床队列中检测到的串联复制，使用RNA基因检测深入研究了5名个体中的杂合子MSH2复制VUS。
其他团队已经提出了他们自己的策略，用RNA测序分析来描述和重新分类未知的变异或VUS。例如，Madhuri Hegde和她的同事开发了转录组和靶向RNA基因转录物分析当时赫格德还是埃默里基因组实验室的执行董事兼首席科学官。
2018年美国人类遗传学学会年会包括一个关于使用RNA测序促进序列解释的会议，来自未诊断疾病网络、布里格姆妇女医院和其他团体的演讲者参加了会议。在会议上，Hegde和来自Emory, Georgia Institute of Technology和Jain Foundation的合著者概述了vwin德赢ac米兰合作使用RNA测序和单核细胞测定法来提高通过基因板测序评估的肢体带肌营养不良2型或三yoshi肌病病例的诊断。
“虽然变异检测提供了精确的分子诊断和相关基因型，”海报的作者写道，“我们表明，在任何可能的情况下，功能评估，如单核细胞检测和RNA-seq在临床环境中是需要真正的[基因型到表型]评估，以实现个性化医疗。”
Hegde目前是PerkinElmer's Global Laboratory Services的副总裁兼首席科学官，该公司预计很快将推出自己的基于rna的测试，该测试源自Hegde一直在开发的方法。