这篇文章已经更新了关于仪器使用的额外数据。
纽约(GenomeWeb)——根据GenomeWeb和投资银行William Blair最近进行的一项调查，大多数下一代测序仪器的运营商计划在明年增加他们仪器的使用，大约三分之一的运营商计划在未来购买更多的NGS平台。
此外，对提供远程基因组信息的技术的兴趣仍然很高，尽管只是在NGS用户的一个子集中。
这项调查于6月9日至6月18日通过电子邮件发送给GenomeWeb的一部分订户，询问收件人目前和未来对NGS仪器的使用情况、购买计划，以及他们对远程基因组分析平台和新基因组技术的总体看法。
约三分之二的受访者来自北美，20%来自欧洲，15%来自亚太地区。他们代表学术和政府机构的实验室、制药和生物技术公司、医院和临床设施以及商业服务提供商。
在273名至少回答了部分调查的读者中，有208人使用了下一代测序技术。其中113家在自己的实验室操作测序仪器，没有将测序外包，68家将测序外包给服务提供商，27家两者都做。
121名调查参与者告诉我们，他们的内部测序平台至少操作780台NGS仪器。我们假设那些声称拥有1台或2台HiSeq X仪器的参与者实际上拥有10台或20台HiSeq X仪器，因为这些仪器由Illumina以5台(HiSeq X five)或10台(HiSeq X Ten)的增量销售。
这些仪器中的绝大多数(75%)是由Illumina制造的，这表明该公司在市场上的持续主导地位，其次是赛默飞世尔科学公司的Ion Torrent(17%，包括10台在“其他”下提到的Vela Sentosa SQ301机器)，牛津纳米孔(4%)，太平洋生物科学公司(2%)，Qiagen和Roche 454(均低于1%)。
并非所有实验室都在满负荷运行NGS仪器。值得注意的是，提供使用信息的MinION、Ion Torrent、MiniSeq和PacBio客户中，超过一半的人表示他们的机器以50%或更低的容量运行。HiSeq仪器的使用率似乎是最好的——超过一半的受访者表示，他们使用仪器的容量为50%或更多。
大多数平台所有者计划在未来12个月增加NGS仪器的使用:超过50%的HiSeq 3000/4000、NextSeq、HiSeq X、MiniSeq、Ion PGM和Oxford Nanopore MinIon用户表示，他们计划增加各自仪器的使用，所有Ion S5、Oxford Nanopore PromethIon和Qiagen GeneReader用户也表示相同的计划。
我们还询问了参与者是否计划购买额外的测序仪器，以及他们这样做的动机是什么。在226名受访者中，31%的人表示他们计划购买更多的NGS平台，其中19%的人希望在未来12个月内购买，12%的人考虑在一年后购买。剩下的43%的人表示不确定，24%的人表示不打算购买NGS平台。
在受访者希望增加更多测序仪器的原因中，对额外能力的需求是最常被提及的原因，其次是降低运营成本，缩短结果生成时间，并将NGS应用程序引入内部。
不想购买NGS设备的最常见原因是该技术与参与者的研究无关，购买或维护仪器太昂贵，以及用户当前的能力足够。vwin德赢ac米兰合作
我们还询问了调查参与者，他们认为他们实验室未来使用NGS的最大增长驱动力是什么。154名参与者最常引用的是临床应用，其次是转化研究和测序服务。
在被问及参与者计划购买哪种类型的NGS平台时，他们提到最多的是HiSeq 3000/4000(15%的回答)，其次是Ion S5、MiSeq和NextSeq。
为了评估哪种类型的测序技术最常被外包，我们询问了参与者他们通过服务提vwin德赢ac米兰合作供商使用哪些测序平台。HiSeq系列仪器被提到最多(46%)，其次是MiSeq (22%)， Ion Torrent仪器(9%)和PacBio平台(9%)。
我们还询问了受访者对远程基因组分析技术的看法和使用情况，包括单分子测序平台，如太平洋生物科学公司(Pacific Biosciences)和牛津纳米孔技术公司(Oxford Nanopore technologies)的平台，以及非测序平台，如10X基因组公司(10X Genomics)从短读生成合成长读的平台，以及BioNano基因组公司(BioNano Genomics)的单分子DNA图谱平台。
在152名受访者中，36%的人表示短读数据不足以满足他们的应用程序，而53%的人表示短读数据足够好，其余的人表示他们不确定。
10X Genomics和Illumina提供了一种方法，可以从短序列读取中拼接出长合成读取，但尚不清楚这些方法是否能提供与真正的长读取相同类型的信息。我们询问了参与者的意见，在34名受访者中，一半的人表示合成长阅读足以满足他们的申请，32%的人表示不满足，18%的人表示不确定。
就远程技术的应用而言，新创57名受访者最常引用的是基因组组装或基因组整理，其次是结构变异分析、转录组测序、单倍型/分期和杂交组装。
在155名参与者中，目前只有约三分之一的人使用远程技术:13%的人表示他们自己拥有远程技术，18%的人使用服务提供商，1%的人两者都有。牛津纳米孔公司的MinIon测序仪是目前最常用的远程技术，可能是由于其相对较低的成本。vwin德赢ac米兰合作然而，在外包远程基因组分析的参与者中，大多数人使用PacBio的测序技术。vwin德赢ac米兰合作
在长读/远程技术的购买计划方面，201名受访者中只有16%的人表示计划购买这样的平台，35%的人表示不打算这样做，46%的人表示不确定。那些打算购买的人最常提到牛津纳米孔系统。
当被问及他们还对哪些新的基因组技术感到兴奋时，113名参与者提供了各种各样的手写答案，其中有几项被多次提及:单分子分析(包括单分子测序)被引用了23次，其中15次提到了纳米孔测序;单细胞分析被提及14次;CRISPR基因编辑出现了8次。