纽约(基因组网)——一项新的研究表明，乳腺癌中特定类型的突变在促进肿瘤浸润淋巴细胞免疫细胞的免疫反应方面可能与总体突变负荷一样重要。
当他们报道今天在自然通讯来自伊拉斯谟大学医学中心和世界各地其他中心的研究人员转向近300个乳腺癌样本的基因组和转录组数据，试图研究亚型特异性突变或重排特征、基因表达转移和免疫细胞反应模式之间的关系。他们的结果强调了两个与雌激素受体阳性肿瘤中肿瘤浸润淋巴细胞反应密切相关的替代特征。
作者写道:“尽管先前的报告暗示，体细胞畸变的绝对数量可能引发免疫反应，但我们的数据表明，一种特定类型的替代在这方面比其他类型更有效。”
研究小组收集了266名乳腺癌患者的新的和可用的基因组序列、拷贝数、甲基化、RNA序列和microRNA序列数据，其中191例雌激素受体(ER)阳性/ her2阴性病例和75例三阴性病例。
根据样本集中约5000个具有明显表达差异的转录本的模式，研究人员将肿瘤分为5种基于表达的亚型。例如，他们指出，超过90%的er阴性样本属于基样内在表达亚型。
以TP53突变和MYC或其他驱动基因扩增为标志的基底样肿瘤也倾向于具有高于通常的变电率。另一方面，CCND1在PIK3CA和GATA3基因中的扩增和突变倾向于出现在来自腔腔亚型的肿瘤中，这些亚型跨越了四个表达簇。
在分析河流扩增、缺失或基因表达突变的同时，研究小组还研究了在各种乳腺癌亚型中最明显的途径。虽然细胞周期相关过程倾向于在富含替代的er阳性肿瘤中表现出转录组的变化，但例如，具有与APOBEC家族胞苷脱氨酶相关替代特征的肿瘤与免疫反应通路表达相关。
在er阳性肿瘤中，研究人员发现肿瘤浸润细胞标记在apobec3和13标记的相关替代标记高于正常水平的肿瘤中过度代表。但他们没有发现肿瘤浸润淋巴细胞相关基因表达与肿瘤中总体突变负担之间的明确联系。
研究小组还发现，与具有相反模式的肿瘤相比，以肿瘤浸润淋巴细胞基因表达增强但细胞周期基因表达低为特征的病例往往具有更好的临床结果——随后在另外625例乳腺癌病例中验证了这一结果。
研究人员报告说，与er阳性肿瘤的实际免疫细胞浸润相对应的是替代特征，而不是突变负荷，尽管这种关联的原因尚不清楚。
作者推测:“通过将突变负荷分解为特定的特征，我们的结果表明，乳腺肿瘤细胞虽然通过那些刺激增殖的突变获得了优势，但如果突变负荷通过特定的突变过程塑造，可能会在不经意间更有效地刺激免疫系统。”