来自斯坦福大学、哥伦比亚大学、纽约基因组中心和其他地方的一个研究小组发现了多种癌症类型肿瘤中的体细胞串联重复扩增，包括肾癌子集中的潜在靶向重复扩增。
“综上所述，我们的研究结果揭示了癌症基因组中尚未探索的基因改变，具有重要的机制和治疗意义。”斯坦福大学遗传学主席迈克尔·斯奈德和他的同事们写了在自然周三，他指出“t”据我们所知，这是第一次对神经系统或神经退行性疾病之外的重复扩张进行全基因组调查。”
使用ExpansionHunter Denovo生物信息学工具，以及基于读取深度的过滤和其他分析，研究人员从二十多种癌症类型的肿瘤基因组中寻找了在匹配的正常序列中没有发现的体细胞重复扩增。
利用国际癌症基因组联盟和癌症基因组图谱项目中2500多名患者的2622个肿瘤全基因组序列(WGS)，他们在考虑的7种癌症类型的肿瘤中发现了160个复发重复扩增(rREs)。
研究小组指出，除了5个rREs之外，其他所有rREs似乎都是癌症亚型特异性的，出现在前列腺癌、肝癌、脑癌、卵巢癌、肾癌和肺癌的亚型中。许多rre位于基因调控序列内或周围，特别是癌症数据库中体细胞突变目录中与癌症相关的基因。
例如，研究人员重点研究了肾细胞癌中长读和pcr证实的gaaa重复序列扩增，该扩增位于UGT2B7基因调控元件附近。在他们对rRE的分析中，研究人员发现它出现在超过三分之一的肾癌中。
由于一种被称为Syn-TEF1的靶向分子已经显示出对抗弗里德里希共济失调神经系统疾病背后的FXN重复扩张的前景，研究人员推断，类似的策略可能对复发性肾癌变化是可行的。
事实上，在他们随后的细胞系实验中，研究人员发现一种被称为synn - tef3的gaaa靶向分子可以以剂量依赖的方式抑制含有gaaa重复扩增的肾癌细胞系的细胞增殖。
＂最引人注目的结果是你可以针对它们并阻止细胞增殖斯奈德在一份声明中说，“从发现到潜在的治疗途径是很不寻常的。”
从他们到目前为止的发现来看，该研究的作者认为，类似的分析可能会导致其他尚未分析的癌症类型和已经通过基因组测序评估的非癌症疾病中潜在的靶向重复扩张。
作者写道:“许多疾病都存在数千个高质量的全基因组序列，我们的数据提供了证据，表明应该在神经退行性疾病的经典界限之外探索重复扩展，在这些疾病中，它们的研究最多。”“我们的结果为分析癌症等复杂疾病的WGS数据集提供了一个框架。”