纽约 -一种新方法，用于测序的M6A RNA甲基化的检测可以降低输入要求，消除了这种重要生物标志物的分析研究的主要瓶颈。
由中国复旦大学巨大癌症研究所刘虎湖领导的研究人员开发，芝加哥大学的川地，M6A-SAC-SEQ需要比现有方法更少的起始物料。在本周发布的概念验证文件中自然生物技术vwin德赢ac米兰合作，研究人员描述了一种基于化学标记的测序方案，其使用数十纳图的RNA，而其他方法所需的数百或数千纳克，其通常基于免疫沉淀测序。他们能够为数万个网站提供单基分辨率，以及不同细胞系和细胞状态的网站的修改水平。
他说，他的团队进一步优化了使用“单位数字纳米图”的方案。“我们实际上可以检测到更多网站，比如不同细胞类型的50,000到100,000个网站，“他说。
“这种新方法可能使M6A的组织或细胞类型中的M6A研究许多研究，”Duke University的研究员Kate Meyer在电子邮件中发布了M6A测序的方法。“另外，该方法提供现场专用信息的事实以及M6a丰度的测量开辟了调查M6A或其水平在条件或不同细胞或组织类型中改变的新机会。”
梅耶解释说，许多脑膜遗传修饰，M6A存在于数千个MRNA和非致rNA中，并且是细胞中基因表达的临界调节因子。“所以，确定在整个转录组中沉积M6A的位置，以及如何在细胞类型或条件下如何改变，以了解M6A如何为生理过程或疾病状态做出贡献。”
传统的M6A映射策略使用抗体拉下修饰的序列。“但这些方法患有高输入RNA要求和抗体的非特异性，”她说。
M6A-SAC-SEQ代表M6A选择性烯丙基化学标记和测序，是现在可用的几种无抗体方法之一 -另一个是迈耶飞镖赛。牛津纳米孔技术的平台也可用于直接检测M6A。他说，他的实验室也在努力解决其他方法，但由于其分辨率和低输入要求，这似乎似乎是强大的。
具体地，M6A-SAC-SEQ使用二甲基转移酶和一个S-腺苷 - 甲硫氨酸模拟到烯丙基标签M6a位点。碘化处理产生循环产物，当由HIV-1逆转录酶加工时引起cDNA中的突变。用NGS鉴定这些突变。
“使用FTO去甲基化酶使用穗状体和去甲基化对照样品进一步确保所识别的部位的特异性”，“Meyer说。
芝加哥大学他表示，他的团队已经申请了研究干细胞分化和早期发展的方法。“接下来，我们将申请它来研究肿瘤微环境，”他说，加入研究神经元的研究人员也可能发现这种方法有用。
该方法的一个限制是酶促步骤之一被偏向GAC序列中的M6A。2021年9月学习在HEK293T和小鼠胚胎干细胞中表明GAC主题占M6A的约75％。在AAC主题中发现了15％至30％。“对于AAC序列，我们的方法可以检测高度修改的基础，”他说。“它没有检测到差别修改的AAC位点。”因此，它缺少大约10％至20％的M6a网站，其中大部分都是AAC主题。
“作者对M6A和RNA结合蛋白有关的一些分析，这些蛋白质有趣，但需要进一步的实验数据来验证，更完全理解[此]，”Meyer补充道。“他们的研究还产生了与细胞类型和单核细胞类型中M6A的变化相关的新数据集，这希望有助于后续研究的有用资源。”
他的团队正在努力摆脱序列偏见，他说，潜在地通过指导的酶的演变。像许多领域一样，他们也在推动旨在使方法在单个细胞中工作。迈耶斯也将她的实验室注意单细胞M6a分析的关注，表示，这种作品导致批量分析方法遗漏的新见解。
“我们现在的优化协议适用于数百到数千个细胞，”他说。“下一个目标是单细胞定量测序。我们非常接近。”