本文最初发表于8月5日。
儿童仁爱医院目前，该公司正在进行一项临床试验，以验证592种儿童疾病的基于测序的诊断方法，该试验预计将于9月完成，10月提供给医院内的医生，并在2012年更广泛地推广。
该测试将是密苏里州堪萨斯城医院最近成立的儿科基因组医学中心推出的第一款产品。新中心旨在聚焦儿童基因组医学五大领域:隐性儿童疾病诊断、新生儿罕见病筛查、孕前筛查、产前诊断、组建孤儿病治疗联盟。
该中心正在使用Illumina HiSeq 2000，并正在评估离子激流PGM。它将通过医院的clia认证和cap认证实验室提供检测。
目前，该团队正在使用安捷伦的SureSelect溶液富集试剂盒，在HiSeq上对大约1000个先前诊断的临床样本进行临床试验，验证诊断测试。
该测试最初是由国家基因组资源中心开发的，但正在转移到儿童慈善医院进行临床启动。达雷尔·丁威迪(Darrell Dinwiddie)曾在NCGR工作，但现在是儿科基因组医学中心的实验室运营主任，他在上周旧金山举行的下一代测序和基因组医学峰会上介绍了这项测试和新成立的中心的最新情况。
丁威迪说，这项测试是通过儿童慈善医院发起的，因为NCGR更像是一个研究机构，没有医院的临床基础设施。他说:“我们需要在CLIA实验室里，能够接触到病人和医生——这些都是在研究环境中无法做到的。临床测序新闻．
除了丁威迪，NCGR团队开发该测试的其他几名成员也已搬到儿童慈善医院，包括斯蒂芬·金斯莫尔(Stephen Kingsmore)，他将指导儿科基因组医学中心;以及尼尔·米勒(Neil Miller)，他将领导信息团队。
代表医院每个专业的20名医生在中心内担任医院医生的主要联络人。此外，该中心还聘请了12名遗传顾问和7名医学博士级临床遗传学家，以及几名生物伦理学专家。
医院为新中心提供了约500万美元的资金，其中包括300万美元的实验室设备(包括测序仪)，100万美元的计算设备，以及另外100万美元的启动资金。
这项针对592种隐性儿童疾病的测试最初是作为载体筛选而开发的，NCGR团队去年在《美国科学》杂志上发表了一项验证研究，测试了该测试的不同测序和富集技术科学转化医学（是1/18/2011)．然而，现在的计划是首先将该测试作为儿童的诊断，然后作为孕前携带者筛查。
转换的原因之一是诊断测试将允许团队在解释结果时纳入表型信息，以帮助确定哪些变异是相关的。这些额外的数据将用于加强测试的预测能力，当启动作为一个预先设想的载体屏幕。
此外，启动该测试作为儿童诊断可能会对患者护理产生直接影响。在美国，每年有多达3万名患者可以接受这种测试，丁威迪估计，其中约90%的患者可以得到疾病诊断，每次测试的费用为600美元。对于目前诊断罕见儿童疾病的方法来说，这将是一个巨大的进步，目前的诊断方法依赖于专注于特定基因或综合征的测试。他说，这种方法不仅成本高昂，每次检测的价格高达1万美元，而且只有大约一半的患者得到了明确的诊断。
丁威迪说:“即使目前没有治疗方法，对受影响儿童的及时诊断也很重要。”除了“消除患者漫长的诊断过程”，诊断还可以帮助优先考虑研究性治疗，或排除其他疾病和不必要的治疗。它还可以为其他家庭成员提供有关风险的信息。
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该测试将对592种隐性儿童疾病的已知疾病基因进行测序。大约260万个核苷酸将被测序，覆盖范围约为20倍。Dinwiddie说，它的准确率为98.8%，灵敏度为94.9%，特异性为99.99%。
该测试可以识别已知和未知的变异，尽管不是所有的未知变异都会报告给医生。“我们花了很多时间来决定如何报告未知的变异，”Dinwiddie说。
该团队遵循美国医学遗传学学院制定的指导方针。此外，它还使用一个预测数据库来帮助确定突变是否有害，查看突变在人群中的频率信息，特定氨基酸的保存情况，并试图确定突变的预测功能是否与患者的临床表现相关。
例如，Dinwiddie说，如果在与神经发育相关的基因中发现了未知的变异，但患者的临床表现是免疫缺陷，那么这种变异很可能没有致病性。
丁威迪说，他预计临床试验将于9月完成。到今年10月，该医院的医生将可以使用这项测试，到2012年，该测试将在院外更广泛地使用。这项测试的费用约为600美元，目前由医院承担，不过该团队正在与保险公司合作制定报销策略。
第一年将结果反馈给医生的周转时间为四周，但预计到第三年将缩短至两周。到2013年，该团队还将把测试的疾病数量增加到1200种，届时测试的成本预计将降至300美元。
除了靶向测序测试外，Dinwiddie说，该中心还获得了机构审查委员会的批准，可以对某些患者进行外显子组测序，特别是对那些患有未知疾病的患者，他们“以前已经做过一长串基因测试”，“特别是如果我们认为可能涉及新的变异”。
一个由遗传顾问、病人的医生、生物伦理学家和医院内主要联络点的20名医生组成的委员会开会讨论外显子组测序的潜在候选人。如果研究小组决定继续进行，则获得适当的同意和同意表格，在测序和分析完成后，委员会再次召开会议讨论结果，讨论他们对结果的信心程度，应该进行何种类型的验证，以及将哪些结果返回给医生。
展望未来，丁威迪说，儿科基因组医学中心也将寻求开发用于新生儿诊断的测试，并最终用于产前诊断。
该公司还在评估其Torrent PGM的临床应用。他说，PGM将特别适用于较小的基因面板，或者在快速周转时间至关重要的情况下。
该团队将继续在HiSeq上进行592疾病测试，因为每次测试的测序量很大，也因为该团队可以重复多达96个样本。但对于新生儿检测等应用，PGM可能是理想的，Dinwiddie说，特别是在“为了开始治疗和挽救病人的生命，在生命的最初几天需要诊断”的情况下。
此外，PGM可用于筛选药物代谢标志物，以确定特定治疗是否对患者有效且无毒。
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