纽约(基因组网)-一个梅奥诊所领导的团队发现了突变、甲基化、表达和拷贝数谱，似乎可以区分结直肠癌邻近息肉和非癌症个体的结直肠癌息肉。
研究人员使用全基因组测序、RNA测序和还原亚硫酸氢盐测序(RRBS)相结合的方法，对数十名患有或不患有结直肠癌的个体的癌旁或无癌结直肠癌腺瘤息肉样本进行了分析。的结果，出现在科学报告今天，他指出了发生在癌旁息肉(CAPs)和无癌息肉(CFPs)中的改变，以及有希望区分cap和CFPs的分子谱。
罗切斯特梅奥诊所的消化病学和肝病学研究员、资深作者Lisa Boardman和她的同事们写道:“这些发现提供了一种区分患有和不患有癌症的息肉的分子资源，这有可能提高息肉的诊断、风险评估和管理。”
研究小组解释说，尽管人们普遍认识到良性腺瘤性息肉随着时间的推移容易发展为结直肠癌(CRC)，但仍有关于特定突变、表达变化和表观遗传转移的未解问题，这些问题决定了息肉是否会保持无害或演变为癌症。
作者指出:“区分cap和CFPs的分子谱的鉴定有可能导致量身定制的结肠镜检查监测间隔。”“增加明确的分子特征来评估息肉的恶性风险，将提高监测对CRC预防的影响。”
这项分析集中于10多年来在梅奥诊所收集的90份样本，这些样本来自31名患有无癌病变或已发展为结直肠癌的息肉的患者。他们指出，从16例CAP病例的crc邻近部位提取的CAP组织包括“残留的起源息肉和连续的癌症组织”。另一方面，cfp来自15名未发展为癌症的病变患者。
布罗德研究所的合作者使用Illumina HiSeq X仪器对所有可用的息肉样本进行了全基因组测序，对这些样本进行了30倍的平均基因组覆盖。他们还分别用Illumina HiSeq 2000和/或2500仪器对69个和76个样本进行了RNA-seq和RRBS配对端测序。
随着体细胞突变的显著增加，研究小组注意到，与CFP相比，CAPs显示出GREM1或IGF2等基因的表达改变，基因组许多部分的甲基化急剧上升。虽然APC、KRAS和BRAF等基因在无癌和癌旁息肉中显著突变，但其他基因似乎具有cap特异性突变——包括TP53、SMAD2/4和PIK3CA。
研究人员的综合分析汇集了用于表征样本的所有三种方法的分子数据，突出了124个由两种或多种分子改变类型揭示的cap相关改变的基因。
尽管他们警告说，需要更大规模的分析来验证和扩大目前的发现，但作者指出，“与息肉发展为癌症相关的分子变化的定义可能导致化学预防或其他预防性干预的可修改目标，也可能为筛查提供候选标记。”