生物医学软件初创公司BostonGene和威尔·康奈尔医学公司的一项合作研究发现，肿瘤微环境影响弥漫性大b细胞淋巴瘤(DLBCL)患者的预后，这表明单靠基因组学可能无法提供患者疾病轨迹的完整图像。
他们的研究结果,提出了在本月早些时候举行的美国血液学学会年会上，这项研究可能有助于为患者设计更精确的诊断方法和临床试验，并有助于更好地理解为什么有些癌症患者对靶向治疗和免疫疗法有反应，而有些则没有。
“DLBCL的治疗在过去20年里没有改变，它是基于化疗免疫疗法，”威尔康奈尔医学院的癌症研究员、该研究的第一作者Leandro Cerchietti说。他说，尽管一些患者在治疗中表现良好，但“仍然有很大一部分患者要么没有反应，要么在治疗后复发。”“还有一部分患者被这种方法过度治疗了。”
Cerchietti指出，在这种情况下，需要精确的肿瘤学方法，这可能通过对淋巴瘤细胞及其环境的更细粒度的表征来实现。
在过去的几年里，研究人员对淋巴瘤的基因组进行了分析，确定了预后好坏的突变，并发现了几种临床可操作的突变。
但根据Cerchietti的说法，“突变并不能解释这种疾病的全貌。”
例如，逗留在肿瘤微环境中的非淋巴瘤细胞可以改变突变的效果，他说。微环境包括周围的血管、免疫细胞、成纤维细胞、信号分子和包裹癌细胞的细胞外基质。虽然驱动肿瘤的基因改变提供了关于癌细胞侵袭性的信息，但肿瘤微环境中的非恶性细胞有可能通过支持免疫逃避和促进新血管的发育来促进恶性生长。
波士顿基因公司和威尔康奈尔大学的研究人员想要探索肿瘤环境和肿瘤突变如何共同促进恶性肿瘤的发生。通过从13个数据集中提取3000多个DLBCL样本，包括在威尔康奈尔大学(Weill Cornell)观察的127名患者的新队列，研究人员确定了淋巴瘤微环境中细胞和通路的转录组特征。超过560例患者样本有可获得的基因突变信息，来自新队列的22例患者对匹配的肿瘤和正常样本进行了全外显子组测序。
然后，研究人员应用基于密度的聚类来识别四种淋巴瘤微环境特征，这些特征提供了淋巴瘤细胞转录组和突变之外的预后信息。其中两个被称为“免疫抑制”和“间充质”的特征与使肿瘤突变表现更好有关，另外两个被称为“抗肿瘤免疫”和“耗尽”的特征则与使突变表现更糟有关。
他们表明，当患者在良好的肿瘤微环境中发生与预后不良相关的肿瘤突变时，该突变可能并没有那么糟糕。相反，当患者的肿瘤突变通常表明预后良好，但它是在一个糟糕的微环境中，这种突变可能是有害的。
例如，双击打(DH)淋巴瘤是众所周知的两种亚型BCL2而且MYC基因易位。仅从遗传学角度考虑，这一亚组通常与不良预后有关。然而，当DH淋巴瘤表现为微环境亚型且预后良好时，Cerchietti及其同事的研究表明，这些DH淋巴瘤患者的预后通常会得到改善。
Cerchietti说:“我们对肿瘤进行了分类，我们考虑了以前没有考虑过的新类别，以提高诊断的准确性。”“现在我们已经为患者提供了这些信息，这也为进行更精确的临床试验提供了可能性。”
波士顿基因公司正计划基于肿瘤的分子特征及其微环境与不同的治疗武器进行临床试验。波士顿基因公司的一位发言人举了一个例子，一种被称为激活B细胞的DLBCL亚型具有“耗尽”的微环境，往往患有最具侵袭性的淋巴瘤，并伴有频繁的基因组高甲基化。这种类型的淋巴瘤可以从低甲基化药物如氮胞苷和地西他滨的治疗中获益。
Cerchietti说，他认为肿瘤突变和微环境之间的关系是一个机会，可以检验目前关于为什么某些药物对某些癌症患者有效而对另一些患者无效的知识缺口。他说:“例如，检查点抑制剂在实体瘤中非常有效，但在淋巴瘤中却不那么有效，我们不知道为什么。”“如果我们结合微环境信息，我们就可以识别出一小群淋巴瘤患者，他们更有可能对这种类型的治疗产生反应。”
此外，Cerchietti还想研究不同类型的突变和微环境组合是否存在可被现有的、改头换面的微环境靶向剂或淋巴瘤临床前研究中的新分子靶向的脆弱区域。
最新收集的关于肿瘤微环境的数据是基于波士顿基因公司推进所谓的“分子功能的肖像波士顿基因公司(BostonGene)临床基因组学高级总监纳瓦·阿尔莫格(Nava Almog)说。
MF画像是病人肿瘤的数字重建。它可视化的肿瘤微环境组成，肿瘤遗传，和肿瘤相关通路的活动为个别患者。该专利技术可用于评估免疫适vwin德赢ac米兰合作应度，更好地了解肿瘤微环境对靶向药物或免疫治疗是否敏感。
通过这样做，波士顿基因公司希望能让医生更好地估计可能对患者最有效的药物组合，并帮助他们选择患者进行临床试验。Almog说，该公司正在寻求与美国各地的癌症中心合作。
Almog说:“当我们展望未来，并从临床试验和所有正在测试的试验性药物中获得更多信息时，我们希望全面的基因组测试将在临床中变得更加普遍和普遍。”“我们需要对患者基因组学的全面分析——不仅是肿瘤细胞，还有微环境。”