纽约-根据西奈山伊坎医学院、纽约大学格罗斯曼医学院和威尔康奈尔医学院的研究人员进行的独立病毒基因组测序研究，导致COVID-19大流行的SARS-CoV-2病毒似乎主要是从欧洲进入纽约市的。
纽约州是美国新冠肺炎大流行的重灾区，截至周三晚间，已有16万例病例和7000多例与冠状病毒相关的死亡，其中仅纽约市就有8.7万例病例和5000多例死亡。
为了追踪该疾病在纽约市的起源和传播，研究人员迄今已经对该市数百名COVID-19患者的SARS-CoV-2基因组进行了测序，进行了系统发育分析，得出了类似的结论。
西奈山的Harm van Bakel、Viviana Simon和Emilia Sordillo领导的团队从2月29日至3月18日期间在西奈山卫生系统所属医院就诊的84名患者中提取了SARS-CoV-2基因组序列。
根据他们最近提交的论文预印本MedRxiv在美国，该病毒可能是通过“主要来自欧洲和美国其他地区的多次、独立但孤立的传入”来到纽约的。此外，他们写道，“在居住在城市不同社区的患者中发现的相关病毒簇表明，有证据表明SARS-CoV-2在社区传播”。
在他们的研究中，西奈山的研究人员对来自84名患者的90个SARS-CoV-2基因组进行了测序，这些患者来自曼哈顿、布朗克斯、皇后区和布鲁克林的21个社区，以及韦斯特切斯特县的两个城镇。病毒基因组全基因组扩增后，在Pacific Biosciences Sequel 1和Illumina MiSeq仪器上对样本进行测序，然后进行基因组组装和系统发育分析。VWIN娱乐网站
在他们的分析中，科学家们将纽约分离的病毒与GISAID(全球共享所有流感数据倡议)EpiCoV数据库中的2363个病毒基因组序列进行了比较。结果发现，纽约市的分离株分布在整个系统发育树中，他们说，这与多次独立的引种一致。
近90%的分离株与一个主要由来自欧洲COVID-19患者的分离株组成的分支聚集在一起，这表明来自欧洲的传入占了3月头几周发现的纽约市病例的大多数。少数病例与其他支聚集在一起，可能起源于国内，包括华盛顿州。
他们总结说:“综合来看，我们的结果表明，纽约的SARS-CoV-2流行主要来自美国和欧洲之间未追踪的传播，有有限的证据表明，病毒来自中国。”
西奈山医学院微生物学和传染病教授西蒙在一份声明中说:“这项研究还表明，早在2020年1月底，这种病毒就可能在纽约市地区传播。”“这突显出迫切需要进行早期和持续的广泛检测，以确定社区中未被追踪的传播群集。”
然而，研究人员警告说，他们来自3月初的数据尤其稀缺，而且他们的分析依赖于GISAID数据库中的可用数据。他们写道，随着更完整和有代表性的SARS-CoV-2基因组的出现，他们的一些推断可能会在未来发生变化。
西奈山的研究结果与纽约大学医学院的研究结果非常吻合。“我们西奈山的同事从患者样本中得出了相同的结论，这太棒了，”纽约大学朗格尼健康中心(NYU Langone Health)基因组技术中心主任阿德里亚娜·赫吉(Adriana Heguy)在一封电子邮件中说，她称这项研究是“很好的独立复制”。vwin德赢ac米兰合作
到目前为止，由Heguy和其他人领导的纽约大学团队已经对在三家纽约大学朗格尼健康医院接受COVID-19检测的91名患者的SARS-CoV-2基因组进行了测序，发现大多数病毒可能来自欧洲。她说，研究人员正在撰写一份描述研究结果的手稿。
Heguy在一份声明中表示，该项目仍在进行中，研究人员计划很快每周对192个病毒样本进行测序，目标是生成数千个病毒序列用于未来的分析。
西奈山医学院遗传学和基因组科学助理教授哈姆·范·巴克尔在一封电子邮件中说，纽约大学的研究结果“与我们的研究基本一致，即病毒到达纽约的主要途径是通过欧洲。”
同样，威尔康奈尔医学院的研究人员也一直在对COVID-19患者样本进行测序。生理学和生物物理学系副教授克里斯·梅森(Chris Mason)在一封电子邮件中说，他的团队迄今已经对约350名在纽约长老会/威尔康奈尔医学院(New York Presbyterian/Weill Cornell Medicine)就诊的患者的病毒进行了测序，西奈山和纽约大学团队的系统发育结果“与我们迄今在这里看到的数据也相符”。
他说，他的团队一直在使用Illumina NovaSeq仪器上的扩增子、Twist生物科学面板和核糖耗尽rna序列生成全长病毒序列。他计划下周在纽约基因组中心(New York Genome Center)即将举行的虚拟会议上展示研究结果，并正在撰写预印本。
梅森说:“病毒测序是抗击COVID-19大流行的关键部分。“它可以追踪病毒的移动、起源、突变率和突变位点，所有这些都是未来病毒监测和疫苗开发所需要的。”