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栽培棉田基因组揭示作物具有相关的结构变体

纽约 - 河北农业大学调查人员领导的团队和中国的诺二烯生物信息学研究所已经提出了两种栽培棉种类的高质量基因组大会,揭示了随后在近1,100种更多的棉花中评估的特征相关的结构变体加入。

使用太平洋生物学测序,Illumina成对结束测序,10x基因组学映射和Hi-C染色质相互作用分析,研究人员将高质量的参考基因组合在一起Gossypium hirsutum来自NDM8品种,通常在中国的黄河谷和G. Barbadense.加入PIMA90,用作分子育种的来源。

“改善纤维和抗病性G. Hirsutum,提出的方法是转移卓越的相关特征G. Barbadense.进入G. Hirsutum,“作者解释说明出版于自然遗传学星期一,注意到过去的研究没有拼写了物种之间的完整基因组差异套件。

在2.3千兆位NDM8基因组和2.2千兆酶基因组中,为PIMA90加入,该团队分别跟踪了80,124和79,613个预测的蛋白质编码基因。通过联动不平衡数据和其他线索,它们发现了900多种基因,潜在的棉花纤维质量或产率,以及60个基因,似乎与耐霉菌真菌疾病的抗性相一致。

通过再次重构1,081个棉花加入,同时,它们描述了超过1,400个新鉴定的基因G. Hirsutum基因组在数百种棉花加入中保存,并在近450个结构变体上缩小,具有明显的与农业相关的棉花特征。

“作者报道,”分析了两种基因组和重量的分析表明,在繁殖期间发生了大规模的基因组变异,为棉花作物改善提供资源。“

虽然棉花品种的A-exguomome倾向于由相对较大的反转的优势标记,但研究人员指出,所选性状相关的结构变体经常在较小的D-亚基中更频繁地调整,暗示可能更多明显的选择压力Gossypium.棉花驯化和特征选择过程中的D-亚群。

此外,报告的作者“每种染色体的插入密度和缺失表现出端粒附近的最强偏见,类似于人类基因组中报道的内容。这些将增强棉花改善的基因组资源,并提供对物种形成的洞察力品种发展。“

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