研究RNA甲基化模式的研究人员有了一套新的高分辨率、基于测序的工具，无需依赖昂贵的抗体。
杜克大学(Duke University)教授凯特·迈耶(Kate Meyer)说，推动这一领域发展的技术“似乎越来越多”。她是2012年第一篇引入基于抗体的测序方法检测rna中n6 -甲基腺苷(m6A)修饰的论文的第一作者。现在，她又用Dart-seq实现了技术上的又一次飞跃，Dart-vwin德赢ac米兰合作seq的意思是“RNA修饰靶标测序邻近脱氨”。
这种方法不仅更便宜，而且需要的样品材料也少得多:Meyer说，与基于抗体的方法的10微克相比，这种方法只需要10纳克。迈耶上个月发表了一篇描述Dart-seq的论文自然方法．
Dart-seq是发现这些RNA修饰的几种高分辨率方法之一。威尔康奈尔医学院的研究人员克里斯·梅森(Chris Mason)说:“这绝对是对几乎所有其他提供甲基化区域的方法的改进。”他研究了几种检测RNA中m6A修饰的方法。梅森没有参与Dart-seq，迈耶说这是她独自开发的，但他们共同撰写了一篇论文，介绍了第一个基于抗体的测序方法。他还参与了一种基于纳米孔测序的检测m6A修饰的新方法，该方法于上个月在自然通讯．
今年7月，中国广州中山大学的罗冠正和芝加哥大学的何川领导的研究人员公布了另一种无需抗体就能绘制m6A基因图谱的方法，称为m6A敏感rna -核糖核酸内切酶辅助测序(m6A- ref -seq)。他们把论文发表在科学的进步．
m6A只是可以在rna上发现的100多种表观遗传修饰之一。研究人员也在开发基于测序的方法。
Mason说:“我们有十几种不同的方法，适用于不同的平台。“观察这种生物学的能力从未如此之大。”
m6A修饰是一个主要的靶点，因为它是真核mRNA中最常见的修饰之一。但是这个领域太新了，“还有很多需要研究的地方，”迈耶说。
就在七年前，她、梅森和资深作家萨米·杰弗瑞等人在《纽约时报》上发表了文章甲基化RNA免疫沉淀测序(MeRIP-Seq)，使用抗体提取带有m6A修饰的rna。该方法开启了对这一表观遗传标记的研究，并加入了亚硫酸氢盐测序等方法。
但是抗体价格昂贵，而且MeRIP-Seq不能提供单碱基分辨率。此外，它需要大量的RNA。“这是一项伟大的技术，但总的来说，我听到最多的问题是，‘我们真的需要这么多RNA吗?因为这对我们的研究不可行，’”迈耶说。梅耶现在是杜克大学的终身教授，她一直在研究Dart-seq——她的“副业”——大约一年半了。
该方法使用工程蛋白翻转m6A位点附近的碱基。Meyer说，关键是将胞嘧啶到尿嘧啶碱基翻转蛋白APOBEC1融合到YTH蛋白结构域，YTH蛋白存在于五种人类蛋白质中，所有这些蛋白质都与m6A结合。最近的研究使用Illumina测序读出了这些翻转的碱基，但她说任何平台都可以工作。
“这样做的好处是你可以获得单碱基分辨率，”审阅了Dart-seq论文的梅森说。“但同时也显示出一定程度的量化。”Meyer补充说，Dart-seq可以区分m6A和n6,2 ' - o -二甲基腺苷(m6Am)，而一些抗体由于交叉反应而不能。
Dart-seq确实需要提前侦察。迈耶说，有必要研究样本基因组中可能存在的c到u的自然转变，而且必须考虑snp。另一项对照研究是观察APOBEC1在未融合到m6A结合域的情况下诱导的所有碱基翻转。
与之竞争的m6a-REF-seq方法也使用蛋白质来帮助识别修饰位点。在这里，研究人员使用m6a敏感的核糖核酸内切酶来切割rna，然后将它们连接到测序适配器上。他们还使用了Illumina测序。在他们的论文中，研究人员写道，他们的结果导致了m6A的可量化的单碱基映射，这“表明两个相邻的m6A位点在统计上容易聚集在200 nt区域内……支持了m6A作为修饰集群的假设。”
上个月，由巴塞罗那科学技术学院伊娃·玛丽亚·诺沃亚领导的研究人员，包括梅森在内，在《柳叶刀》杂志上发表了一篇论文vwin德赢ac米兰合作自然通讯这表明其他测序平台可以帮助识别RNA修饰。他们的论文使用牛津纳米孔技术公司的平台来识别m6A。
“我们假设目前的强度由RNA修饰引起的变化可能会导致'错误'增加，并且不模拟碱基修饰的碱基调用算法输出的质量下降，”研究人员写道。“事实上，在这里我们发现碱基调用的‘错误’可以准确地识别原生RNA序列中的m6A RNA修饰，并提出了一种新的算法EpiNano，该算法可用于从RNA读取中识别m6A RNA修饰，总体准确度约为90%。”
他们指出，该结果为使用碱基特征来识别RNA修饰提供了概念证明直接RNA测序。
应用及商业化
“在论文中，我们只是介绍了这项技术，”迈耶谈到Dart-seq时说。她说，新vwin德赢ac米兰合作技术一直在推动这一领域的发展，即“发现和测量大量变化的能力”，以及“它们如何变化，以及是否在变化”。由于这些修饰存在于数千个信使RNA以及长非编码RNA中，她预计它们将在“RNA生命周期的各个方面”发挥作用。
这些基于测序的方法可能会扰乱m6A抗体的市场，包括赛默飞世尔科技公司在内的几家公司都在销售m6A抗体。
对于学术研究人员来说，梅耶的质粒可以在非营利质粒库Addgene上获得，但她和杜克正在探索商业化。她为这种方法申请了专利，虽然她说她的首要任务是“让尽可能多的人拥有这项技术”，但如果有经济机会，她也会对此持开放态度。vwin德赢ac米兰合作
“杜克大学正在与多家公司洽谈授权事宜，”杜克大学负责授权的副总监克里斯蒂·弗格森(Christy Ferguson)说;不过，她拒绝透露是哪些公司。“最初，它可能会被用作研究工具;最终我们希望它能用于临床应用。我们的授权谈判仍处于早期阶段，但我们有很多商业利益。”
另一种可能是分拆，但梅耶指出，她“仍然是一名助理教授，试图获得终身教职。”
“我的实验室才成立三年，”她说。“我必须权衡这将占用多少时间，但在这一点上，我完全愿意接受。”