纽约-据俄勒冈健康与科学大学(OHSU)、奈特癌症研究所和俄勒冈国家灵长类动物研究中心的研究人员称，在3月至7月间，SARS-CoV-2被引入俄勒冈州数十次。
利用2月下旬至7月期间与该地区有关的537株SARS-CoV-2分离株的序列，重点关注基因组覆盖率超过90%的样本，由测序、病理学和临床专家组成的多学科团队跟踪了该地区谱系的传入和感染动态，确定了一个超级传播者事件以及一些似乎已被消灭的菌株。
“我们的主要项目之一是通过使用残留的临床样本，进行全基因组测序，来识别和跟踪俄勒冈州的病毒传播链，”博士后研究员Brendan O'Connell解释说，他在周三的美国人类遗传学学会虚拟会议上分享了这项研究的数据。
3月23日，OHSU关闭了校内研究理查德·道金斯他回忆说，俄勒冈州报告了191例COVID-19病例，但尚未对该州的SARS-CoV-2基因组进行测序。受华盛顿州病毒测序项目成功的启发，该团队提交了一份提案，在蓬勃发展的“俄勒冈州新冠病毒基因组测序中心”开始自己的测序分析，并于4月中旬开始处理样本。
到那时，华盛顿大学已经对俄勒冈州的10个SARS-CoV-2基因组进行了测序，美国疾病控制和预防中心已经从俄勒冈州的两个分离株生成了序列，包括2月27日在该州发现的第一个病例th．
O'Connell和他的同事们利用RNA提取和RT-PCR技术，在将病毒RNA转化为互补DNA进行扩增、索引文库制备、Illumina短读测序和组装之前，生成了数百个新的SARS-CoV-2基因组。
随着大流行规模的增加，该团队的基因组分析在3月至7月期间大幅增加，从3月的3个SARS-CoV-2基因组增加到7月产生的250个病毒基因组。
俄勒冈州新冠病毒基因组测序中心分析的92%以上的基因组来自俄勒冈州，不过研究人员也研究了来自华盛顿南部、加利福尼亚州、阿拉斯加、爱达荷州和德克萨斯州的少量新冠病毒阳性样本。
奥康奈尔说:“我们一直在努力跟上疫情在俄勒冈州的传播。”他指出，以俄勒冈州为中心的习俗Nextstrain分析有助于理清对国家的介绍，并将它们置于更大的大流行背景中。
基于俄勒冈州立大学和其他地方从俄勒冈州样本中生成的685个可用病毒基因组，研究人员缩小了29个可能的SARS-CoV-2传入该州的范围，包括2月至4月间明确传入的14个带有多个分离株的病毒。奥康奈尔解释说，虽然序列数据没有很好地支持更多的一些疑似传入，但它们都涉及单个SARS-CoV-2基因组。
该团队指出，俄勒冈州大流行最初几个月发现的许多病例似乎都与四个主要传播群有关。这些传播事件与俄勒冈州在那段时间测序的约三分之二的SARS-CoV-2基因组有关。
奥康奈尔解释说，随着大流行从5月到7月的进展，研究人员又看到了三次多成员传入该州和另一个主要传播链，以及另外8次由单个SARS-CoV-2基因组代表的潜在传入事件。他补充说，值得注意的是，到7月为止，在引入该地区的病毒菌株中，只有12种仍在通过病毒测序进行检测，这表明“许多传播链似乎已经断裂”。
有了现有的基因组序列，该团队还调查了5月初在波特兰退伍军人医疗中心发生的一起明显的超级传播者事件，在那里，至少6名患者、24名工作人员和一名医疗培训生在两个住院病房中感染了SARS-CoV-2。
研究人员利用那次疫情中除一个外的所有SARS-CoV-2样本共有的三联体突变，以及额外的亚克隆突变，回溯了医院的传播事件，将疫情与当时显然在社区中传播的一种亚株联系起来。
奥康奈尔说:“在我们自5月以来测序的400多个样本中，我们没有看到任何这种疫情的特征。”他指出，“退伍军人管理局一直致力于将我们的基因组数据与他们的接触者追踪数据联系起来，到目前为止，它们非常吻合。”
奥康奈尔说，几个月来来自一个州的发现突出表明，使用新冠病毒基因组测序不仅可以识别新病毒的传入和传播，还可以发现和跟踪COVID-19暴发，同时更深入地研究新冠病毒的生物学、进化和潜在脆弱性。
他说，到目前为止，调查人员已经确定了“来自各个大洲的毒株出现在俄勒冈州”，尽管国内旅行似乎是该地区病毒传播的主要原因。
奥康奈尔和他的合著者在报告摘要中写道:“总的来说，这些数据强有力地支持俄勒冈州新病毒传入的主要来源是国内旅行。”奥康奈尔和他的合著者在报告摘要中写道，并补充说，这些数据有望“为跟踪我们地区内现有的和新的SARS-CoV-2传入提供有价值的资源。”