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早期用户吹捧1CellBio的inDrop单细胞RNA-Seq技术的优势是公司的图增强

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纽约(GenomeWeb) - 1CellBio是哈佛大学最近的一个分支,正计划将细胞分选技术合并到其单细胞捕获技术中,用于RNA测序。vwin德赢ac米兰合作

1CellBio首席执行官科林·布伦南说:“我们将这些技术整合在一起,这样你就可以识别出感兴趣的细胞,并从该细胞中获得具体的RNA信息。”“这就是所有这些高通量单细胞方法的发展轨迹。我不认为只有我们会这样。其他人也在这么想。”

这家总部位于马萨诸塞州马布尔黑德(Marblehead)的公司已有一年历史,目前正在将哈佛大学授权的drop图书馆准备技术商业化。vwin德赢ac米兰合作它已经放置了10台仪器,其中6台通过早期采用计划,追求一种仪器设计理念,邀请更深入地了解技术,并吸引那些希望在快速发展的领域突破界限的研究人员。vwin德赢ac米兰合作

哈佛大学的Allon Klein是1CellBio的联合创始人,但没有参与该公司的运营,他说:“普遍的感觉是,我们正处于革命的开端,在这一点上,一个封闭的、戒备森严的系统不是最好的事情。”

虽然微流体技术不能定制,但试剂是可以定制的。vwin德赢ac米兰合作“它可以让你想象不同的单细胞分析。你可能对生成一个完整的转录组平铺文库而不是生成一个3'文库感兴趣,”他说。“你可以等别人帮你解决,或者,如果你能接受挑战,你可以自己解决。”

这种平台吸引了专注于方法开发的研究人员,比如德国马克斯·德尔布鲁克分子医学中心的发育生物学家菲利普·容克。

他计划使用今年1月获得的inDrop系统,作为早期采用者计划的一部分,观察斑马鱼胚胎,以更好地了解细胞命运的决定。他说:“我们不仅想用inDrop来测量转录组,还想用它来测量含有细胞历史信息的条形码。”这需要更有针对性的RNA测序,这是他自己正在开发的一项改进。

“对于我们正在做的事情,1CellBio可能是一种更强大的方法,”他说。“如果你想让技术人员检测你的样本,10x(基因组公司的铬平台)可能更好。对于我们这些想要修补东西的人来说,1CellBio是完美的选择。”

定向测序也是Brenan为1CellBio更广泛地计划的事情。“在整个转录组[测序]之后,问题是,你能做靶向rna测序吗?我们用同样的方法来处理抗体序列。下一个问题是,你能否对细胞进行分类,利用生物标志物选择一个群体?”

他坚持认为1CellBio的下一个版本的仪器——计划在2018年年中发布——将具有这种能力,融合流式细胞术和微流体技术。

哈佛大学教授戴夫·韦茨是1CellBio的核心人物。是他的微流体技术帮他开车的vwin德赢ac米兰合作两个单细胞平台上的合作同时发表于细胞2015年:inDrop与哈佛同事Klein和Marc Kirschner合作,Drop-Seq与同样来自哈佛的Steve McCarroll合作(主要区别是Drop-Seq使用条形码珠子,而inDrop使用软绵绵的凝胶微球)。

他的技术将帮助驱动下一代1CellBivwin德赢ac米兰合作o仪器的细胞分选。

Weitz也是HiFiBio公司的联合创始人,该公司使用高通量单细胞液滴技术来挖掘免疫细胞抗体库,以发现新的治疗方法。vwin德赢ac米兰合作当inDrop问世时,身为HiFiBio创始人兼首席商务官(在生物技术领域担任其他职务)的布伦南看到了一个机会,可以尝试构建一个更好的inDrop版本来销售。HiFiBio和1CellBio是两家独立的公司,但共享很多信息;这两家公司不仅涉及同一个人,而且从哈佛大学获得了一些相同的技术许可。vwin德赢ac米兰合作

布伦南说:“在HiFiBio,作为抗体发现技术的一部分,我们已经将液滴过程工业化了。”“有了1CellBio,我们可以迅速从inDrop的原型转向商业版本。”

尽管布伦南将1CellBio公司描述为在inDrop上冒险,但在该公司成立时,已经有很多学术界的兴趣。哈佛大学拥有建立了单细胞核心专门用于inDrop的设备,以帮助防止对合作的兴趣压倒克莱因的实验室。比利时制药公司UCB也有签署合作协议与1 cellbio。

克莱因说:“在这一点上,这不是一个完全白痴的按钮系统。”“与最简单的系统相比,它需要更多的专业知识,但代价是,经过几天的训练,你可以更好地控制实验。”

该系统是如此开放,以至于研究人员可以使用现成的部件和克莱因实验室的公开协议来构建自己的inDrop机器。

在马克斯·德尔布吕克中心(MDC),破车说不同的实验室开始建立自己的DIY单细胞基于Drop-Seq和inDrop工具。他说:“但这些公司vwin德赢ac米兰合作的技术发展让我们觉得,也许买一个会更好地利用我们的时间。”

争取民主变革运动还购买了一个10x基因组铬该仪器为研究人员提供了另一种高通量单细胞分离的选择。虽然现在比较两个系统的性能还为时过早,但inDrop的开放性已经给Junker留下了深刻的印象。他说:“实际使用(inDrop)可能会有一个更陡峭的学习曲线,但一旦出现问题,就更容易排除故障,我们可以定制一些东西。”“这有一点科学合作的意味。它不是每个人的理想乐器;如果你想让技术人员检测样品,10倍可能更好。”

至于将细胞分选技术添加到1CellBio平台,容克认为vwin德赢ac米兰合作这可能是一个“非常强大”的想法。他说:“除了转录组外,用荧光报告器测量蛋白质水平将非常有趣。”

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