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进化分析揭示了癌症正选择下突变的数量和性质

纽约(基因组网)-通过分析数千种肿瘤的基因组数据,一个来自英国和比利时的研究小组得出结论,根据癌症类型和受影响的基因,少则一种,多则10种的突变都能刺激癌症的发展。

来自维康信托基金会桑格研究所、剑桥大学和其他地方的研究人员采用了分子进化的方法,在超过7600个肿瘤中检查了积极和消极的选择模式——以及驱动癌症形成的改变。他们的发现,于今日在网上出版细胞,表明许多突变是可耐受的,不受负选择的影响,而正选择在癌症的形成中起着突出的作用。

当研究小组把注意力集中在肿瘤集合中蛋白质编码序列中的癌症驱动突变上时,他们发现平均有四种替代突变通常在癌症中受到正选择的影响。尽管如此,在29种被考虑的癌症类型中,阳性选择下的驱动基因突变数量差异巨大,从每个甲状腺或睾丸肿瘤的一个或更少的编码突变,到结肠直肠癌或子宫内膜癌等癌症类型的近10个肿瘤驱动基因。

该研究的合著者、桑格研究所主任迈克尔·斯特拉顿在一份声明中说:“研究表明,在各种癌症类型中,将单个正常细胞转化为癌细胞需要相对一致的少量突变基因,但根据癌症类型选择的特定基因不同。”

在他们的分析中,他和他的同事建立了模型,在癌症基因组图谱项目评估的7,664个肿瘤和5个健康组织的数据中,缩小在选择下的驱动突变,标记出在给定基因、基因集或外显子组中增强或减弱的突变实例。

通过考虑非同义突变与同义突变的比例,以及肿瘤可用基因组图谱中的其他特征,研究小组量化了癌症类型中阳性选择和阴性选择的影响。

特别是深入研究积极选择的基因,可以让我们一窥驱动突变的数量以及最常受影响的基因。在那里,研究人员在癌症的积极选择下发现了近200个突变基因——包括已知的癌症贡献者和之前没有被认为是癌症驱动候选者的基因。

“人们已经对与癌症有关的最重要基因有了很多了解;但还有更多的基因有待发现,”第一作者Iñigo Martincorena在一份声明中说,他是桑格研究所的研究人员。“我们将需要通过DNA测序研究更多的癌症,达到数万个,以找到这些难以捉摸的基因。”

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