本文最初发表于3月21日。
临床测序根据最近一次会议上的讨论，肯定会影响诊断、治疗和患者护理，尽管人们对这种方法的具体短期和长期影响意见不一。
上周参加了在圣地亚哥举行的X-Gen大会的研究人员、临床医生、行业领袖和付款人对临床测序的当前和未来应用都有略微不同的想法，但几乎所有人都认为，尽管存在迫在眉睫的问题和障碍，它仍将对医疗保健产生巨大影响。
“下一代测序将彻底颠覆诊断技术，”genome equest首席执行官理查德·雷斯尼克(Richard Resnick)在会议期间关于基于下一代测序的诊断技术的小组讨论中说。
Althea Dx的首席执行官François Ferré表示:“它将无处不在，并为未来提供信息。”
许多人预测，全基因组测序将在指导癌症治疗方面有最直接的用途，其他应用也将随之而来。疾病诊断的靶向测序已经开始，一些公司和学术实验室推出了针对x -连锁精神发育迟缓、心肌病等疾病的研究小组，大多数人认为这一趋势将继续下去。
然而，大多数人似乎认为，由于解释全基因组测序的复杂性以及监管障碍，全基因组测序在疾病风险预测和诊断更复杂疾病方面的应用将远远落后。
测序的最佳点
下一代测序技术的进步在癌症研究中最为明显。在去年的X-Gen大会上，研究人员仍在质疑肿瘤基因组测序的临床应用。是3/23/2010)，今年大多数人都同意，这种方法不仅在临床上有用，而且下一代测序可能会在癌症诊断和指导治疗方面产生最大的初步影响。
一些研究小组已经开始使用测序来指导治疗。例如，梅奥诊所(Mayo Clinic)和转化基因组研究所(Translational Genomics Research Institute)的研究人员上个月证明，肿瘤的全基因组测序可用于制定治疗决策(是2/22/2011）.
Illumina公司高级副总裁兼诊断学董事总经理格雷戈里·希斯(Gregory Heath)vwin德赢ac米兰合作说:“癌症绝对是这项技术的最佳应用点。”
Heath说，在Illumina的CLIA实验室，全肿瘤基因组测序在帮助诊断罕见癌症亚型和确定最佳治疗方案方面特别有用。
“癌症遗传学无疑是最大、最受欢迎的方法，”凯泽永久医疗集团(Kaiser Permanente)遗传学部门运营总监迈克·莫拉迪安(Mike Moradian)说。他建议使用全基因组测序来建立所有已知癌症致癌基因、肿瘤抑制基因和转录因子的测定方法是有用的。
Althea Dx的Ferré补充说，癌症肿瘤的全基因组测序开始引起制药公司的注意。他说:“制药公司终于意识到癌症是一种遗传疾病。”他补充说，现在每个制药公司都有一个团队，专注于寻找新的癌症生物标志物，用于诊断和治疗。他说，下一代测序“正在真正改变我们治疗病人的方式”。
会议上的专家说，紧随癌症之后的还有其他应用，比如确定像HIV这样的病毒是如何获得耐药性的，以及为患者创建药物敏感性档案。
Illumina公司的希斯说，除了癌症，下一代测序将开始在诊断传染病和确定病毒耐药性方面对临床产生影响。
他说，对于难以培养的真菌疾病，以及其他可能难以诊断的细菌和病毒疾病，测序将特别有用。在这些情况下，他预计测序将在医院进行。
在关于此事的圆桌讨论中，测序服务公司Eureka Genomics的科学家Tudor Constantin同意Heath的观点，并补充说，他收到的最常见的问题是关于对艾滋病毒进行测序以确定耐药性和研究突变模式。
[分页]
此外，Kaiser的Moradian说，测序的一个直接应用将是创建细胞色素氧化酶面板——生殖系突变，这将告诉临床医生对特定患者有效的药物类型。他说:“对医生来说，解读这些信息将是简单易行的。”
靶向vs.全基因组
虽然全基因组测序在癌症诊断和治疗中很重要，但它对于其他类型的疾病的诊断仍然并不总是有意义，爱荷华大学的医学博士候选人Eliot Shearer正在开发一种基于测序的耳聋测试(CSN 3/17/2011)在小组讨论上说。
他说，他的团队正在采取有针对性的测序方法，因为他们已经研究了听力损失的遗传学，在该领域有专业知识，并且很容易解释这些基因的序列信息。对患者的全基因组进行测序来诊断耳聋是没有意义的，因为测序将不可避免地发现意义不明的突变，以及对其他疾病具有致病性的变异。
“这就是为什么我们专注于有针对性的测试。我们是这些基因方面的专家，可以开发一个良好的数据库来处理这些信息，”他说。
靶向测序“可以直接翻译给患者”。我们对发现意义未知的变异或我们不知道如何处理的变异不感兴趣，”他补充道。
Kaiser的Moradian表示同意:“如何培训人员以及如何将结果转化为临床医生，以便他们能够以正确的方式使用它们”是将测序技术引入临床的主要障碍，他说。
Abbott Molecular公司负责评估新技术的高级科学家托尼•马博(Tony Marble)表示，将全基因组测序用于诊断也将带来监管方面的挑战。vwin德赢ac米兰合作
大理石说，美国食品和药物管理局“不愿意报告替代适应症”。因此，如果临床医生对患者的基因组进行测序以诊断，例如，耳聋，但发现了另一种疾病的致病突变，目前尚不清楚临床医生是否以及如何能够根据FDA的指导方针报告这种突变。
诊断测试必须证明可重复性和特异性，如果使用全基因组测序方法，这可能是难以达到的标准。尽管如此，测序的价格很快就会达到一个点，做全基因组测序比定向测序更有意义，Illumina的Heath说。
云中的基因组
在未来，每个人在出生时都将进行基因组测序，临床医生将能够为患者做疾病风险分析，并在做出治疗决定时调用每个患者的基因组。与会专家不想确定这种情况的具体时间表，不过大多数人都认为短期内不会出现这种情况。
Moradian说:“我认为，在不久的将来，为每个人支付全基因组测序来进行诊断和治疗是不可能的。”然而，他补充说，虽然在临床中广泛采用下一代测序还没有发生，但它正在迅速接近，并有可能改变患者的护理。他说:“我们将通过早期诊断和缩短住院时间来节省开支。”
其他人指出，测序的具体应用还有待进一步研究，可能会出现几种情况。
希斯认为，全基因组测序要么变得非常便宜，就像血型测序一样，不需要存储基因组信息，要么不存储人类的整个基因组，只存储基因组的相关成分，比如药物基因组成分或个体变异。
“我们现在只是看到了冰山一角，”希斯说。
有你想看到的主题吗临床测序新闻？联系编辑:Mheger [at] genomeweb [.]] com．