单细胞基因组学初创公司Factorial Biotechnologies正在将一种细胞内文库制备技术商业化，该公司表示，该技术可以“极大地简化”单细胞测序的工作流程。vwin德赢ac米兰合作
这家总部位于加州圣卡洛斯的初创公司计划今年向早期客户发布其产品，并希望在2024年投入商业使用。
Factorial生物技术公司成立于2020年，由联合创始人兼首席执行官约翰·威尔斯(John Wells)构想，他来自Lasergen公司，该公司后来被安捷伦科技公司收购。
“几年前，我第一次看到单细胞数据规模化。这让我对它的潜力感到非常兴奋。”“我花了大约一年的时间四处寻找单细胞技术，但没有找到任何我认为可以像Illumina为NGS市场所做的那样，为单细胞市场带来广泛接入的技术。”
为此，Wells考虑开发一种技术，以摆脱对典型单细胞工作流程的物理细胞分离和DNA提取的需求vwin德赢ac米兰合作。“人们以前在细胞内做过PCR，”他说。“这就是我的想法:如果你能在细胞内做PCR，你能在细胞内做整个图书馆的准备工作吗?”
Factorial的另一位联合创始人兼首席战略官凯蒂·佐贝克(Katie Zobeck)也是一名分子生物学家，她帮助威尔斯把想法变成了实际的工作流程。
Wells表示:“在过去两年半的时间里，我们一直在努力让这项技术运行得足够好，以便开始拥有早期用户。”vwin德赢ac米兰合作他补充说，该公司的团队在2020年初实现了概念验证，并于同年开始融资。他说，到目前为止，Factorial已经从投资者那里“筹集了相当少量的资金”，并正在筹集更大规模的a轮融资。
Factorial的核心技术依赖于vwin德赢ac米兰合作所谓的无提取库准备，独立于单个细胞。虽然该公司最近退出了隐形模式，尚未公布有关其方法的细节，但Wells提供了对工作流程的大致概述。
文库准备过程从固定和渗透细胞开始，然后是文库准备，包括酶DNA碎片、末端修复、a尾和连接。在那之后，图书馆是pcr扩增的原位使用Illumina引物。然后裂解细胞，用SPRI珠清理纯化文库。Wells说，值得注意的是，该公司还设计了一种化学物质，可以将细胞附着在磁珠上，以促进工作流程中的缓冲交换。
Wells说，除了这一核心技术，该公司还开发了一vwin德赢ac米兰合作种条形码方案，以实现单细胞的细胞内库准备。
为此，在扩增过程中，不使用标准的Illumina引物培养细胞，而是将含有不同条形码的定制低聚糖引入反应并进行等温扩增，将其转化为扩增前体库的引物。当前体库被条形码寡核苷酸放大时，它们被标记为一对独特的条形码，随后进行测序和计算反卷积以获得单细胞数据。
除此之外，Wells说，细胞内库准备产品还兼容液滴微流体或分裂池方法，以实现单细胞分辨率。他指出:“我们的免提取图书馆准备(技术)可以在很多方面发挥上游作用。”vwin德赢ac米兰合作
总的来说，Wells认为该公司的免提取库准备技术与传统技术相比有很多优势。vwin德赢ac米兰合作他指出，首先，从细胞到文库的周转时间为4到5小时，该技术可以加快样品准备过程。vwin德赢ac米兰合作此外，传统的文库准备方法通常需要在管之间进行试剂转移，从工作流程的角度来看，这既麻烦又会造成材料损失。相比之下，该公司的方法是在一个管道中完成的，降低了复杂性。
到目前为止，Factorial已经在哺乳动物和酵母细胞悬浮液中证明了它的方法。威尔斯说，在一次内部实验中，该公司将人类细胞和小鼠细胞混合，并在两种样本类型之间显示出“非常好的分离”。“超过95%的细胞是纯的，”他指出，“这表明我们没有核酸或条形码从一个细胞泄露到另一个细胞。”
然而，威尔斯表示，在全面商用之前，该公司仍有许多问题需要解决。“我们有很好的概念验证数据，”他说。“这只是一个优化工作流程的问题，这样我们就可以生成高质量的数据。”
例如，该公司的标准工作流程目前已优化到处理16,000个细胞，这些细胞的数量可以生成100纳克的基因组DNA，这是文库准备的标准输入。然而，Wells表示，该公司还在进一步推动其技术，以便它可以同时容纳更多和更少的细胞数量。vwin德赢ac米兰合作
此外，除了哺乳动物和酵母细胞外，Factorial还致力于使该方法与其他样本类型兼容，如新鲜和福尔马林固定，石蜡包埋(FFPE)组织。“这对我们来说是一个非常重要的市场，”威尔斯说。“我认为能够与固体组织和FFPE兼容对我们来说绝对重要。”
尽管该公司目前只使用Illumina平台对其文库进行测序，但Wells表示，它当然也对长读测序平台感兴趣，并且“[没有]看到任何理由”其无提取的文库准备技术不能与它们兼容。vwin德赢ac米兰合作
在成本方面，Wells表示，该公司方法的材料成本“明显低于”基于微流体的单细胞技术。不过，他说，公司目前“更关注工作流程、内容和(数据)质量”，而不是在成本上竞争。
为了增强其产品，Wells说Factorial目前正在与Twist Bioscience合作进行单细胞杂交捕获。未来，该公司还计划通过支持RNA和DNA应用提供多组学产品。
从短期来看，Factorial计划在第二季度向早期用户提供免萃取的产品。“我们有客户在排队，”Wells说，并指出该公司即将开始与基因组工程公司Inscripta合作，但仍在寻找其他合作伙伴。
Wells说，单细胞库准备产品计划在今年下半年进行早期访问。随着该公司推出其项目，人们也可以期待看到更多将Factorial的技术与其他库准备和单细胞工作流进行比较的数据。vwin德赢ac米兰合作
展望未来，Wells表示，公司目前有10名员工，将继续扩大研发和商业团队。除了位于圣卡洛斯的总部外，该公司还在休斯顿设有办事处。
在知识产权方面，Wells表示，该公司已经获得了与其免提取文库准备技术和细胞条形码有关的专利，以及在样品准备过程中将细胞结合到珠上的化学技术。vwin德赢ac米兰合作他指出:“我们从一开始就非常重视(IP)。“作为一家处于我们这个阶段的公司，我们感觉已经很好了。”
在应用方面，Wells表示，该公司将把其技术应用于CRISPR、细胞和基因治疗、免疫肿瘤研究等领域。vwin德赢ac米兰合作
“这真的是一项基础技术，”威尔斯在谈到无需抽取的图书馆备vwin德赢ac米兰合作课时表示。“我很兴奋地看到人们可以用它做一些我们可能还没有想到的事情。”