纽约-新生儿筛查(NBS)几十年来一直是许多国家公共卫生项目的一部分，重点是在儿童早期发病的少数罕见疾病和已有的治疗方法。
串联质谱法是目前大多数NBS项目的首选技术。vwin德赢ac米兰合作但随着基因组测序变得更便宜、更快捷，以及它在诊断患病婴儿的罕见遗传疾病方面取得的成功，研究人员已经开始探索它是否也能在新生儿筛查中占有一席之地，作为现有项目的补充。
这个想法并非没有争议。专家和公众已经对数据隐私和安全提出了担忧，尤其是如果儿童的基因组被无限期存储的话。比如，父母们一直在担心最近的报告美国警方在刑事调查中使用了对现有新生儿筛查项目样本的DNA分析。
普遍的新生儿基因组筛查是否具有成本效益，以及通过更早地诊断罕见疾病并及时为他们提供有效的、可能挽救生命的治疗，它能给患有罕见疾病的儿童带来多大的好处，这也是一个悬而未决的问题。
在已知的7000种罕见疾病中，许多疾病的发病率很低——尽管在美国，这些疾病的患者总数加起来达到2500万到3000万——针对罕见疾病开发药物的制药公司迫切希望找到临床试验的潜在参与者，而且参与者的年龄要更年轻。
随着被认为“可治疗”的遗传疾病的数量迅速增加，用于新生儿遗传筛查的基因和变异列表也需要经常调整。然而，目前尚不清楚带有致病性突变但尚未表现出疾病症状的婴儿应如何治疗或管理。
最后，对于想要在孩子身上了解什么类型的情况，父母可能与研究人员有不同的想法。在不同人群中，新生儿基因组筛查研究的登记情况也可能不同，这可能导致差异。
为了解决其中的许多问题，世界各地的研究研究开始起步，研究的规模从1000个婴儿到10万多个婴儿不等。上周在波士顿举行的首届新生儿测序国际会议(ICoNS)上，其中8个研究项目——位于美国、欧洲和澳大利亚——概述了它们的计划和目标。
BabySeq
最初的BabySeq项目是在布里格姆妇女医院和波士顿儿童医院进行的新生儿基因组测序的随机对照试验开始2013年哈佛医学院医学教授、该研究的主要研究员之一罗伯特·格林回忆说，该研究得到了美国国立卫生研究院基因组医学和公共卫生(NSIGHT)新生儿测序项目的资助，但遭到了“不道德和不恰当”的强烈批评。当时的吸收是有限的——格林说人们通常不喜欢参加随机研究，因为在随机研究中他们可能不会得到干预——该项目最终登记了325个新生儿，并对159个的外显子进行了测序。其中9%被发现患有儿童期发病疾病的风险变异和患有晚发型疾病的风险变异分别为2%。格林指出，在这18名有单基因疾病风险的儿童中，许多人的医疗护理发生了变化MedRxiv预印今年早些时候他的团队。这个项目的新迭代，BabySeq2该计划旨在招募来自波士顿、纽约市、费城、底特律和阿拉巴马州伯明翰不同人群的至少1000名婴儿，并使用全基因组测序来确定他们的疾病风险。
《卫报》
与此同时，纽约的研究人员正计划进行两项更大规模的研究。的《卫报》项目由哥伦比亚大学欧文医学中心的Wendy Chung领导，与纽约长老会医院、纽约卫生部、Sema4公司的GeneDx和Illumina公司合作，希望在未来四年登记10万新生儿。这项研究由Sema4、Illumina和慈善机构资助，计划使用全基因组测序来评估最初250种疾病的风险，其中大多数是可治疗的，这个数字将随着时间的推移而增加。钟说，到目前为止，这一比例已经达到了70%，已有250名婴儿注册。
ScreenPlus
另一方面，由爱因斯坦医学院(Albert Einstein College of Medicine)和蒙特菲奥里儿童医院(Children’s Hospital at Montefiore)的梅丽莎·瓦瑟斯坦(Melissa Wasserstein)领导的ScreenPlus研究项目，正在与纽约州卫生部合作，使用生化测试对婴儿进行筛查，尽管未来可能会与其他一些以基因组为中心的项目合作。这项研究于2019年宣布，由NIH以及一长列制药和患者倡导赞助商资助，计划在纽约九家医院登记17.5万名婴儿，其中包括西奈山医院、北岸大学医院、纽约大学朗格尼医院和石溪大学医院。
除了常规的新生儿筛查外，纽约州实验室还对参与研究的婴儿进行了另外14种疾病的检测，所有这些疾病都有fda批准的治疗方法或临床试验中的治疗方法。那些筛查呈阳性的人会继续进行第二或第三层的确认性检测，包括疾病基因测序。该研究还希望对患者进行长期跟踪观察，以确定早期检测是否有好处，并制定随访指南。沃瑟斯坦说，尽管COVID大流行期间注册面临挑战，但迄今为止，约65%的家长已经决定加入ScreenPlus，而拒绝参与的最大原因是对隐私的担忧。
早期检查
与此同时，由位于三角研究园的非营利研究机构RTI International领导的北卡罗莱纳州正在进行的早期检查研究，与北卡罗莱纳州公共卫生州立实验室、北卡罗来纳大学教堂山分校、维克森林医学院和杜克大学合作，正准备扩展到基因组测序领域。Early Check得到了NIH国家先进转化科学中心项目的支持，以及包括行业和患者倡导组织在内的团体的支持，新的测序部分的新资金将在未来几周宣布。
在过去的四年里，RTI的Don Bailey和Holly Peay在图标大会上展示了这项研究，在北卡罗莱纳州登记了近2.3万名婴儿，显示出他们种族构成的“显著多样性”，Bailey说。它从筛查脊髓性肌萎缩症和脆性X染色体综合征开始——尽管它不再包括这些疾病——并在2019年增加了杜氏肌营养不良症。
新的测序项目最初计划为期三年，目的是分析1万名新生儿的基因组，针对最初的200种儿童期发病的单基因疾病，研究父母的接受程度，实施短期随访程序，并跟踪检测呈阳性的儿童及其照顾者12个月。父母将有两个小组的选择，一个是在生命的头两年内非常可采取行动的情况，另一个是在两岁以后可采取行动的情况，或在临床开发中有治疗。从2023年夏秋开始，父母还可以为他们的孩子获得1型糖尿病的遗传风险评分。
开始重审
开始重审,财团由Rady儿童基因组医学研究所(RCIGM)的Stephen Kingsmore带头，与Alexion Pharmaceuticals、Travere Therapeutics、Inozyme Pharma、Fabric Genomics、Genomenon、Illumina和TileDB合作，不同于其他更本地化的项目，因为它想提供一个平台，实现新生儿筛查、疾病管理和干预的全基因组测序，并为世界各地的合作伙伴开发罕见病药物。在Rady进行了一项聚焦约400种疾病的小型试点研究后，begins计划在美国和希腊的7个或更多地点招募约2000名婴儿，并将研究范围扩大到500种疾病。它的基因组治疗(GTRx)工具正在为筛查呈阳性的婴儿提供治疗指南。
本月早些时候在美国，RCIGM与医疗数据公司PlumCare RWE以及希腊的研究人员签署了合作协议，将在该国启动一个试点项目。PlumCare联合创始人兼首席执行官彼得罗斯·齐普拉斯表示，在慈善机构的资助下，研究人员计划从2023年初开始在希腊的三个学术中心招募1000名婴儿。Kingsmore说他希望在20个国家实施类似的项目，为合作者提供来自生物技术和制药赞助商的协议、知识和资源。vwin德赢ac米兰合作
基因组学英格兰
英格兰基因组学正在计划一项新生儿基因组筛查研究，该研究将于明年启动。它的目标是每年登记超过10万名新生儿，以便每年找到大约500名有儿童期发病、可采取行动的儿童。今年晚些时候，该项目由首席医疗官理查德·斯科特(Richard Scott)和英格兰基因组公司(Genomics England)新生儿基因组项目负责人爱丽丝·塔夫-莱西(Alice Tuff-Lacey)在图标大会上介绍，计划公布一份初步筛选的基因、条件和变异清单。他们的团队目前也在进行一项研究，以帮助确定哪种类型的样本最适合新生儿基因组测序。新项目将研究新生儿基因组筛查的临床应用，以及其成本效益和长时间存储基因组数据的影响。
Screen4Care
在英吉利海峡对岸的欧洲，Screen4Care项目正在准备一项跨国研究。一年前推出该公私伙伴关系项目的预算为2540万欧元(2470万美元)，由欧盟、制药行业和学术机构提供资金。Screen4Care在意大利费拉拉大学医学遗传学负责人亚历山德拉·费里尼(Alessandra Ferlini)和辉瑞公司肿瘤和罕见疾病患者宣传负责人尼古拉斯·加尼耶(Nicolas Garnier)的协调下，在15个国家拥有36个合作伙伴。在一项即将完成设计的试点研究中，Screen4Care计划为至少1.8万名婴儿生成靶向或全基因组测序数据，并寻找可治疗或可采取其他行动的疾病。此外，该公司还希望使用新的算法来检测婴儿电子健康记录中的早期疾病症状。
婴儿之外
在澳大利亚，墨尔本默多克儿童研究所(Murdoch Children’s Research Institute)的研究人员和他们的同事正准备启动一个名为“超越婴儿”(Baby Beyond)的新项目，该项目获得了澳大利亚政府1200万澳元的资助，计划招募1000名新生儿进行全基因组测序。
在怀孕期间，父母将得到同意，婴儿的基因组将被分析为大约500种可治疗的、儿童期发病的疾病。结果将进入儿童的电子病历，他们的数据将被存储起来，以便未来在他们的医疗保健背景下进行分析。墨尔本基因组学健康联盟的临床遗传学家莉莲·唐尼解释说，该项目源于一种之前的努力该项目名为“失聪的婴儿”，旨在检测被诊断为听力损失的婴儿，但同时也让父母可以选择了解其他遗传疾病，包括有已知治疗方法的疾病和没有明确干预措施的疾病。她说，这个新项目目前正在定义它的基因列表，研究人员正在“热烈讨论什么是可治疗的”。她补充说，对扩大规模的可行性仍存在担忧。
编者注:首届国际新生儿测序会议(ICoNS)由genome 2people和Ariadne实验室与GenomeWeb合作组织。