David Johnson, GigaMune的CEO和联合创始人，计划在3月和4月为他公司的T细胞受体(TCR)分析方法开发商机。
本月早些时候，GigaMune及其学术合作者在自然生物技vwin德赢ac米兰合作术，描述了一种从人类基因组中捕获单个原代T细胞的方法，对TCR成分进行测序，并在永生细胞系中表达这些蛋白质，从而创建了对特定抗原反应性的可重复使用的检测方法。在他们的研究中，他们从6个巨细胞病毒血清阳性的人类捐献者中捕获了大约290万TCR α和β对。
具体来说，约翰逊希望吸引从事肿瘤细胞疗法的制药公司，这是该公司技术的主要应用。“我们每小时处理几百万个细胞，”他说，而竞争的技术一次只能处理数万个细胞。此外，这种方法可以进行功能筛选，“而不是根据测序进行猜测，”他补充说。
然而，在3月18日，这家位于湾区的公司面临着该地区两天前为应对COVID-19爆发而颁布的就地隔离令，三名员工都在忙着确保他们的抗原反应TCR库能够保存下来，约翰逊称这些库价值数百万美元。
他刚刚得知，该公司的液氮供应商今后只会为医院服务。约翰逊上周说:“我们花了一整天的时间到处打电话，看我们是否能自己弄到它。”“我们终于找到了一家愿意交货的供应商，但那是在经历了很多恐慌之后，现在我甚至不相信这种供应链会发生。实验室里没有进行任何工作，我们基本上只是在分诊。”
与此同时，GigaMune所面临的情况已经有所稳定。约翰逊本周表示，他和他的同事能够找到一个液氮供应商，以保持他们的细胞库完好无损。“供应链目前是稳定的，”他说，“但谁知道未来会发生什么。”
对于这家没有收入，也没有合作关系的初创公司来说，这是一个艰难的时刻。约翰逊说:“我们真的很失望，这篇论文是在其他事情发生的时候发表的。”“我们希望能引起轰动，让潜在的合作伙伴看到我们，但我认为没有人知道这一点，太糟糕了。但我确实认为，我们的技术将对许多从事细vwin德赢ac米兰合作胞疗法的大公司有用。”
“这种方法比其他方法能够处理更多的细胞，”比如10x基因组公司的免疫细胞分析德国基尔大学临床分子生物学研究所T细胞受体测序专家安德烈·弗兰克(Andre Franke)说，他没有参与该论文的发表。他也认为，该公司的可重复使用的细胞受体库在抗原筛选方面“可能是一个巨大的优势”，相比之下，基于原代细胞的受体库只有一次用途。
GigaMune的TCR分析技术可以追溯到它的兄弟vwin德赢ac米兰合作公司GigaGen，约翰逊也是该公司的联合创始人。在最初计划做一个诊断平台后，2016年左右，GigaGen转向免疫序列测序此后，他再次改变方向，致力于抗体疗法。2018年，在GigaGen获得5000万美元的A轮融资后，该公司剥离了GigaMune，继续进行TCR分析工作。
Johnson表示，GigaMune已经通过股票换技术的方式从GigaGen获得了TCR测序相关的知识产权，而GigaGen则保留了抗体相关的技术。vwin德赢ac米兰合作
虽然从技术上讲，这两家公司是独立的实体，但实际上它们关系密切，都在加州南旧金山的同一个实验室里办公。到目前为止，GigaMune获得的唯一资金是美国国家癌症研究所的第一阶段小企业创新研究资助，总额为30万美元，于2018年授予，将于8月到期。
GigaMune最接近的竞争对手可能是Adaptive Biotechnologies，这家位于西雅图的上市公司的下一代基于测序的免疫图谱分析方法已被基因泰克收购伙伴关系去年，这一数字相当于3亿美元的预付款，可能还会增加数十亿美元。但与Adaptive不同的是，GigaMune似乎已经放弃了诊断应用。
“我们的方法可能过于昂贵，无法应用于诊断领域，”约翰逊说。具体来说，该公司使用液滴微流体技术制备单细胞文库，以便在Illumina MiSeq仪器上测序。GigaMune方法从细胞中捕获RNA，并放大液滴中的TCR成分。该方法还调整了Illumina测序，使用自定义引物对扩增子进行测序。他们还开发了自己的信息学管道来处理由于序列的同质性而使Illumina图像和错误处理算法混淆的TCR序列。
然后，该公司将tcr - α和β序列配对，将它们拼接到慢病毒载体中，并在Jurkat细胞系中表达tcr。
弗兰克说，这种方法看起来“费力”且难以实现，并补充说，它不能像10x的免疫细胞剖析法那样，同时提供RNA-seq信息。“在我看来，最有趣的部分是慢病毒TCR α - β文库，”他说。
但约翰逊说，GigaMune的方法在一件事上高度优化:发现患者样本中罕见的TCRs。而且，它提供的每个样本的细胞数量可以弥补任何已知的缺陷。他说:“我们捕获的一些活性tcr极其罕见，只有万分之一。”“如果你(一次)只处理2万个细胞，你做得并不比96孔板好多少。”
约翰逊补充说:“在这类(治疗发现)工作上，我们的技术比[Adaptive的]要好得多。”Adaptive的方法可以处理很多样本，但“你得到的信息不如我们能做的深入，”他说。Adaptive没有立即回应记者的置评请求。
弗兰克说，GigaMune的方法“定性多于定量，其目标是识别新的克隆型，而不是在原始样本中量化它们。”他补充说，如果不使用唯一分子标识符(UMIs)，该方法可能无法将PCR伪产物与真正的生物多样性区分开来。
但GigaMune尝试了ui，发现它们没什么用。“一个问题是uis有自己的高错误率，”Johnson说，并补充说，它们也会对Jurkat细胞系中的TCR表达产生负面影响。
尽管GigaMune方法可能不会用于诊断，Johnson希望它能成为基础免疫学研究的有用资源。该研究的作者在他们的论文中写道，这种方法可以“大大加快识别TCRαβ原生配对序列及其同源抗原特异性的速度”。他们补充说，该量表提供了“一个全面分析人类TCR对多种抗原反应的机会”。
约翰逊说，数据集来自自然生物技术vwin德赢ac米兰合作论文已经发布了，但他不确定是否有人下载了。